schema/human_9606_schema/human_9606_table.sql

   1 CREATE TABLE [AlleleFreqBySsPop]
   2 (
   3 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
   4 [pop_id] [int] NOT NULL ,
   5 [allele_id] [int] NOT NULL ,
   6 [source] [varchar](2) NOT NULL ,
   7 [cnt] [real] NULL ,
   8 [freq] [real] NULL ,
   9 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
  10 )
  11 GO
  12
  13 CREATE TABLE [Batch]
  14 (
  15 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  16 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
  17 [loc_batch_id] [varchar](64) NOT NULL ,
  18 [loc_batch_id_upp] [varchar](64) NOT NULL ,
  19 [batch_type] [char](3) NOT NULL ,
  20 [status] [tinyint] NULL ,
  21 [simul_sts_status] [tinyint] NOT NULL ,
  22 [moltype] [varchar](8) NOT NULL ,
  23 [method_id] [int] NOT NULL ,
  24 [samplesize] [int] NULL ,
  25 [synonym_type] [varchar](255) NULL ,
  26 [submitted_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
  27 [linkout_url] [varchar](255) NULL ,
  28 [pop_id] [int] NULL ,
  29 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
  30 [success_rate_int] [int] NULL ,
  31 [build_id] [int] NULL ,
  32 [tax_id] [int] NOT NULL ,
  33 [ss_cnt] [int] NULL
  34 )
  35 GO
  36
  37 CREATE TABLE [BatchCita]
  38 (
  39 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  40 [position] [int] NOT NULL ,
  41 [pub_id] [int] NOT NULL ,
  42 [citation] [varchar](255) NOT NULL ,
  43 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  44 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  45 )
  46 GO
  47
  48 CREATE TABLE [BatchCommLine]
  49 (
  50 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  51 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  52 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
  53 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  54 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  55 )
  56 GO
  57
  58 CREATE TABLE [BatchCultivar]
  59 (
  60 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  61 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  62 [line] [varchar](255) NULL ,
  63 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  64 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  65 )
  66 GO
  67
  68 CREATE TABLE [BatchMeExLine]
  69 (
  70 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  71 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  72 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
  73 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  74 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  75 )
  76 GO
  77
  78 CREATE TABLE [BatchStrain]
  79 (
  80 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  81 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
  82 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
  83 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
  84 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
  85 )
  86 GO
  87
  88 CREATE TABLE [BatchValCode]
  89 (
  90 [batch_id] [int] NOT NULL ,
  91 [validation_status] [tinyint] NOT NULL
  92 )
  93 GO
  94
  95 CREATE TABLE [ClinSigCode]
  96 (
  97 [code] [int] NOT NULL ,
  98 [abbrev] [varchar](64) NULL ,
  99 [descrip] [varchar](255) NULL ,
 100 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 101 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 102 )
 103 GO
 104
 105 CREATE TABLE [Contact]
 106 (
 107 [batch_id] [int] NOT NULL ,
 108 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
 109 [name] [varchar](255) NOT NULL ,
 110 [fax] [varchar](255) NULL ,
 111 [phone] [varchar](255) NULL ,
 112 [email] [varchar](255) NULL ,
 113 [lab] [varchar](255) NULL ,
 114 [institution] [varchar](255) NULL ,
 115 [address] [varchar](255) NULL ,
 116 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 117 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 118 )
 119 GO
 120
 121 CREATE TABLE [FreqSummaryBySsPop]
 122 (
 123 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 124 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 125 [source] [varchar](1) NOT NULL ,
 126 [chr_cnt] [float] NULL ,
 127 [ind_cnt] [float] NULL ,
 128 [non_founder_ind_cnt] [int] NOT NULL ,
 129 [chisq] [float] NULL ,
 130 [df] [int] NULL ,
 131 [hwp] [float] NOT NULL ,
 132 [het] [int] NULL ,
 133 [het_se] [int] NULL ,
 134 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 135 )
 136 GO
 137
 138 CREATE TABLE [GeneIdToName]
 139 (
 140 [gene_id] [int] NOT NULL ,
 141 [gene_symbol] [varchar](64) NOT NULL ,
 142 [gene_name] [varchar](255) NULL ,
 143 [gene_type] [varchar](255) NULL ,
 144 [tax_id] [int] NOT NULL ,
 145 [last_update_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 146 [ref_tax_id] [int] NOT NULL ,
 147 [dbSNP_tax_id] [int] NOT NULL ,
 148 [ins_time] [smalldatetime] NULL
 149 )
 150 GO
 151
 152 CREATE TABLE [GtyFreqBySsPop]
 153 (
 154 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 155 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 156 [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 157 [source] [varchar](1) NULL ,
 158 [cnt] [real] NULL ,
 159 [freq] [real] NULL ,
 160 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 161 )
 162 GO
 163
 164 CREATE TABLE [IndGrpCode]
 165 (
 166 [code] [tinyint] NOT NULL ,
 167 [name] [varchar](32) NOT NULL ,
 168 [descrip] [varchar](255) NOT NULL
 169 )
 170 GO
 171
 172 CREATE TABLE [IndivBySource]
 173 (
 174 [ind_id] [int] NOT NULL ,
 175 [src_id] [int] NOT NULL ,
 176 [src_ind_id] [varchar](64) NOT NULL ,
 177 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 178 [src_ind_grp] [varchar](64) NULL
 179 )
 180 GO
 181
 182 CREATE TABLE [IndivSourceCode]
 183 (
 184 [code] [int] NOT NULL ,
 185 [name] [varchar](22) NOT NULL ,
 186 [descrip] [varchar](255) NULL ,
 187 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 188 [src_type] [varchar](10) NULL ,
 189 [display_order] [tinyint] NULL
 190 )
 191 GO
 192
 193 CREATE TABLE [Individual]
 194 (
 195 [ind_id] [int] NOT NULL ,
 196 [descrip] [varchar](255) NULL ,
 197 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 198 [tax_id] [int] NULL ,
 199 [ind_grp] [tinyint] NULL
 200 )
 201 GO
 202
 203 CREATE TABLE [OmimVarLocusIdSNP]
 204 (
 205 [omim_id] [int] NOT NULL ,
 206 [locus_id] [int] NULL ,
 207 [omimvar_id] [char](4) NULL ,
 208 [locus_symbol] [char](10) NULL ,
 209 [var1] [char](20) NULL ,
 210 [aa_position] [int] NULL ,
 211 [var2] [char](20) NULL ,
 212 [var_class] [int] NOT NULL ,
 213 [snp_id] [int] NOT NULL
 214 )
 215 GO
 216
 217 CREATE TABLE [Pedigree]
 218 (
 219 [ped_id] [numeric] NOT NULL ,
 220 [curator] [varchar](12) NOT NULL ,
 221 [curator_ped_id] [varchar](12) NOT NULL ,
 222 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 223 )
 224 GO
 225
 226 CREATE TABLE [PedigreeIndividual]
 227 (
 228 [ped_id] [decimal] NOT NULL ,
 229 [ind_id] [int] NOT NULL ,
 230 [ma_ind_id] [int] NULL ,
 231 [pa_ind_id] [int] NULL ,
 232 [sex] [char](1) NULL ,
 233 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
 234 )
 235 GO
 236
 237 CREATE TABLE [PopLine]
 238 (
 239 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 240 [line_num] [int] NOT NULL ,
 241 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
 242 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 243 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 244 )
 245 GO
 246
 247 CREATE TABLE [PopMandLine]
 248 (
 249 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 250 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 251 [line] [varchar](255) NOT NULL ,
 252 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 253 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 254 )
 255 GO
 256
 257 CREATE TABLE [Population]
 258 (
 259 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 260 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
 261 [loc_pop_id] [varchar](64) NOT NULL ,
 262 [loc_pop_id_upp] [varchar](64) NOT NULL ,
 263 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 264 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 265 [src_id] [int] NULL
 266 )
 267 GO
 268
 269 CREATE TABLE [RsMergeArch]
 270 (
 271 [rsHigh] [int] NULL ,
 272 [rsLow] [int] NULL ,
 273 [build_id] [int] NULL ,
 274 [orien] [tinyint] NULL ,
 275 [create_time] [datetime] NOT NULL ,
 276 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL ,
 277 [rsCurrent] [int] NULL ,
 278 [orien2Current] [tinyint] NULL ,
 279 [comment] [varchar](255) NULL
 280 )
 281 GO
 282
 283 CREATE TABLE [SNP]
 284 (
 285 [snp_id] [int] NULL ,
 286 [avg_heterozygosity] [real] NULL ,
 287 [het_se] [real] NULL ,
 288 [create_time] [datetime] NULL ,
 289 [last_updated_time] [datetime] NULL ,
 290 [CpG_code] [tinyint] NULL ,
 291 [tax_id] [int] NULL ,
 292 [validation_status] [tinyint] NULL ,
 293 [exemplar_subsnp_id] [int] NULL ,
 294 [univar_id] [int] NULL ,
 295 [cnt_subsnp] [int] NULL ,
 296 [map_property] [tinyint] NULL
 297 )
 298 GO
 299
 300 CREATE TABLE [SNP3D]
 301 (
 302 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 303 [protein_acc] [char](50) NOT NULL ,
 304 [master_gi] [int] NOT NULL ,
 305 [neighbor_gi] [int] NOT NULL ,
 306 [aa_position] [int] NOT NULL ,
 307 [var_res] [char](1) NOT NULL ,
 308 [contig_res] [char](1) NOT NULL ,
 309 [neighbor_res] [char](1) NOT NULL ,
 310 [neighbor_pos] [int] NOT NULL ,
 311 [var_color] [int] NOT NULL ,
 312 [var_label] [int] NOT NULL
 313 )
 314 GO
 315
 316 CREATE TABLE [SNPAlleleFreq]
 317 (
 318 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 319 [allele_id] [int] NOT NULL ,
 320 [chr_cnt] [float] NULL ,
 321 [freq] [float] NULL ,
 322 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 323 )
 324 GO
 325
 326 CREATE TABLE [SNPAlleleFreq_TGP]
 327 (
 328 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 329 [allele_id] [int] NOT NULL ,
 330 [freq] [float] NULL ,
 331 [count] [int] NULL ,
 332 [is_minor_allele] [bit] NULL
 333 )
 334 GO
 335
 336 CREATE TABLE [SNPAncestralAllele]
 337 (
 338 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 339 [ancestral_allele_id] [int] NOT NULL ,
 340 [batch_id] [int] NOT NULL
 341 )
 342 GO
 343
 344 CREATE TABLE [SNPClinSig]
 345 (
 346 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 347 [clin_sig_id] [int] NULL ,
 348 [upd_time] [smalldatetime] NULL ,
 349 [clin_test_code] [varchar](16) NULL
 350 )
 351 GO
 352
 353 CREATE TABLE [SNPGtyFreq]
 354 (
 355 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 356 [unigty_id] [int] NOT NULL ,
 357 [ind_cnt] [float] NULL ,
 358 [freq] [float] NULL ,
 359 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL
 360 )
 361 GO
 362
 363 CREATE TABLE [SNPHWProb]
 364 (
 365 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 366 [df] [tinyint] NULL ,
 367 [chisq] [real] NULL ,
 368 [hwp] [real] NULL ,
 369 [ind_cnt] [smallint] NULL ,
 370 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 371 )
 372 GO
 373
 374 CREATE TABLE [SNPHistory]
 375 (
 376 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 377 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 378 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 379 [history_create_time] [smalldatetime] NULL ,
 380 [comment] [varchar](255) NULL ,
 381 [reactivated_time] [smalldatetime] NULL
 382 )
 383 GO
 384
 385 CREATE TABLE [SNPPubmed]
 386 (
 387 [snp_id] [int] NULL ,
 388 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 389 [pubmed_id] [int] NULL ,
 390 [type] [varchar](9) NOT NULL ,
 391 [score] [int] NOT NULL ,
 392 [upd_time] [datetime] NOT NULL
 393 )
 394 GO
 395
 396 CREATE TABLE [SNPSubSNPLink]
 397 (
 398 [subsnp_id] [int] NULL ,
 399 [snp_id] [int] NULL ,
 400 [substrand_reversed_flag] [tinyint] NULL ,
 401 [create_time] [datetime] NULL ,
 402 [last_updated_time] [datetime] NULL ,
 403 [build_id] [int] NULL ,
 404 [comment] [varchar](255) NULL
 405 )
 406 GO
 407
 408 CREATE TABLE [SNPSubSNPLinkHistory]
 409 (
 410 [subsnp_id] [int] NULL ,
 411 [snp_id] [int] NULL ,
 412 [build_id] [int] NULL ,
 413 [history_create_time] [datetime] NOT NULL ,
 414 [link_create_time] [datetime] NULL ,
 415 [link_last_updated_time] [datetime] NULL ,
 416 [orien] [tinyint] NULL ,
 417 [build_id_when_history_made] [int] NULL ,
 418 [comment] [varchar](255) NULL
 419 )
 420 GO
 421
 422 CREATE TABLE [SNPSuspect]
 423 (
 424 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 425 [reason_code] [int] NULL ,
 426 [upd_time] [smalldatetime] NULL
 427 )
 428 GO
 429
 430 CREATE TABLE [dbo].[SuspectReasonCode](
 431                 [code] [int] NOT NULL,
 432                 [abbrev] [varchar](64) NULL,
 433                 [descrip] [varchar](255) NULL,
 434                 [create_time] [smalldatetime] NULL,
 435                 [last_update_time] [smalldatetime] NULL,
 436 PRIMARY KEY CLUSTERED
 437 (
 438                 [code] ASC
 439 )WITH (PAD_INDEX  = OFF, STATISTICS_NORECOMPUTE  = OFF, IGNORE_DUP_KEY = OFF, ALLOW_ROW_LOCKS  = ON, ALLOW_PAGE_LOCKS  = ON) ON [PRIMARY]
 440 ) ON [PRIMARY]
 441
 442 CREATE TABLE [SNPVal]
 443 (
 444 [batch_id] [int] NOT NULL ,
 445 [snp_id] [int] NOT NULL
 446 )
 447 GO
 448
 449 CREATE TABLE [SNP_HGVS]
 450 (
 451 [snp_id] [int] NULL ,
 452 [hgvs_name] [varchar](4000) NULL ,
 453 [source] [varchar](3) NOT NULL ,
 454 [upd_time] [datetime] NOT NULL
 455 )
 456 GO
 457
 458 CREATE TABLE [SNP_bitfield]
 459 (
 460 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 461 [ver_code] [tinyint] NULL ,
 462 [link_prop_b1] [tinyint] NULL ,
 463 [link_prop_b2] [tinyint] NULL ,
 464 [gene_prop_b1] [tinyint] NULL ,
 465 [gene_prop_b2] [tinyint] NULL ,
 466 [map_prop] [tinyint] NULL ,
 467 [freq_prop] [tinyint] NULL ,
 468 [gty_prop] [tinyint] NULL ,
 469 [hapmap_prop] [tinyint] NULL ,
 470 [pheno_prop] [tinyint] NULL ,
 471 [variation_class] [tinyint] NOT NULL ,
 472 [quality_check] [tinyint] NULL ,
 473 [upd_time] [datetime] NOT NULL ,
 474 [encoding] [binary] NULL
 475 )
 476 GO
 477
 478 CREATE TABLE [SubPop]
 479 (
 480 [batch_id] [int] NOT NULL ,
 481 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 482 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 483 [type] [char](3) NOT NULL ,
 484 [samplesize] [int] NOT NULL ,
 485 [submitted_strand_code] [tinyint] NULL ,
 486 [submitted_rs] [int] NULL ,
 487 [allele_flag] [tinyint] NULL ,
 488 [ambiguity_status] [tinyint] NULL ,
 489 [sub_heterozygosity] [real] NULL ,
 490 [est_heterozygosity] [real] NULL ,
 491 [est_het_se_sq] [real] NULL ,
 492 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 493 [observed] [varchar](1000) NULL ,
 494 [sub_het_se_sq] [real] NULL ,
 495 [subpop_id] [int] IDENTITY(1,1) NOT NULL
 496 )
 497 GO
 498
 499 CREATE TABLE [SubPopAllele]
 500 (
 501 [batch_id] [int] NOT NULL ,
 502 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 503 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 504 [allele] [char](1) NOT NULL ,
 505 [other] [varchar](255) NULL ,
 506 [freq] [real] NULL ,
 507 [cnt_int] [int] NULL ,
 508 [freq_min] [real] NULL ,
 509 [freq_max] [real] NULL ,
 510 [data_src] [varchar](6) NULL ,
 511 [type] [char](3) NULL ,
 512 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 513 [allele_flag] [tinyint] NULL ,
 514 [cnt] [real] NULL ,
 515 [allele_id] [int] NULL ,
 516 [subpop_id] [int] NOT NULL
 517 )
 518 GO
 519
 520 CREATE TABLE [SubPopGty]
 521 (
 522 [subpop_id] [int] NOT NULL ,
 523 [gty_id] [int] NOT NULL ,
 524 [gty_str] [varchar](255) NULL ,
 525 [cnt] [real] NULL ,
 526 [freq] [real] NULL ,
 527 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL
 528 )
 529 GO
 530
 531 CREATE TABLE [SubSNP]
 532 (
 533 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 534 [known_snp_handle] [varchar](20) NULL ,
 535 [known_snp_loc_id] [varchar](64) NULL ,
 536 [known_snp_loc_id_upp] [varchar](64) NULL ,
 537 [batch_id] [int] NOT NULL ,
 538 [loc_snp_id] [varchar](64) NULL ,
 539 [loc_snp_id_upp] [varchar](64) NULL ,
 540 [synonym_names] [varchar](255) NULL ,
 541 [loc_sts_id] [varchar](64) NULL ,
 542 [loc_sts_id_upp] [varchar](64) NULL ,
 543 [segregate] [char](1) NOT NULL ,
 544 [indiv_homozygosity_detected] [char](1) NULL ,
 545 [PCR_confirmed_ind] [char](1) NULL ,
 546 [gene_name] [varchar](64) NULL ,
 547 [sequence_len] [int] NULL ,
 548 [samplesize] [int] NULL ,
 549 [EXPRESSED_SEQUENCE_ind] [char](1) NULL ,
 550 [SOMATIC_ind] [char](1) NULL ,
 551 [sub_locus_id] [int] NULL ,
 552 [create_time] [smalldatetime] NULL ,
 553 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 554 [ancestral_allele] [varchar](255) NULL ,
 555 [CpG_code] [tinyint] NULL ,
 556 [variation_id] [int] NULL ,
 557 [top_or_bot_strand] [char](1) NULL ,
 558 [validation_status] [tinyint] NULL ,
 559 [snp_id] [int] NULL ,
 560 [tax_id] [int] NOT NULL ,
 561 [chr_id] [tinyint] NULL
 562 )
 563 GO
 564
 565 CREATE TABLE [SubSNPAcc_ins]
 566 (
 567 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 568 [acc_type_ind] [char](1) NOT NULL ,
 569 [acc_part] [varchar](16) NOT NULL ,
 570 [acc_ver] [int] NULL
 571 )
 572 GO
 573
 574 CREATE TABLE [SubSNPCommLine_ins]
 575 (
 576 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 577 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 578 [line] [varchar](255) NOT NULL
 579 )
 580 GO
 581
 582 CREATE TABLE [SubSNPHGVS]
 583 (
 584 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 585 [sub_hgvs_c] [varchar](32) NULL ,
 586 [sub_hgvs_g] [varchar](64) NULL ,
 587 [sub_hgvs_p] [varchar](32) NULL ,
 588 [cal_hgvs_c] [varchar](32) NULL ,
 589 [cal_hgvs_g] [varchar](32) NULL ,
 590 [cal_hgvs_p] [varchar](32) NULL ,
 591 [upd_time] [smalldatetime] NULL ,
 592 [gene_id] [int] NULL
 593 )
 594 GO
 595
 596 CREATE TABLE [SubSNPLinkout]
 597 (
 598 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 599 [url_val] [varchar](255) NOT NULL ,
 600 [updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 601 [link_type] [varchar](3) NOT NULL
 602 )
 603 GO
 604
 605 CREATE TABLE [SubSNPMdFailLn]
 606 (
 607 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 608 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 609 [line] [varchar](255) NOT NULL
 610 )
 611 GO
 612
 613 CREATE TABLE [SubSNPNoVariSeq]
 614 (
 615 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 616 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 617 [line] [varchar](255) NOT NULL
 618 )
 619 GO
 620
 621 CREATE TABLE [SubSNPOmim]
 622 (
 623 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 624 [omim_id] [int] NOT NULL ,
 625 [allele_variant_id] [varchar](32) NULL ,
 626 [update_time] [smalldatetime] NULL ,
 627 [mutObsCount] [int] NULL
 628 )
 629 GO
 630
 631 CREATE TABLE [SubSNPPubmed]
 632 (
 633 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 634 [line_num] [int] NOT NULL ,
 635 [pubmed_id] [int] NOT NULL ,
 636 [updated_time] [smalldatetime] NULL
 637 )
 638 GO
 639
 640 CREATE TABLE [SubSNPSeq3_ins]
 641 (
 642 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 643 [type] [tinyint] NOT NULL ,
 644 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 645 [line] [varchar](255) NOT NULL
 646 )
 647 GO
 648
 649 CREATE TABLE [SubSNPSeq5_ins]
 650 (
 651 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 652 [type] [tinyint] NOT NULL ,
 653 [line_num] [tinyint] NOT NULL ,
 654 [line] [varchar](255) NOT NULL
 655 )
 656 GO
 657
 658 CREATE TABLE [SubSNPSeqPos]
 659 (
 660 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 661 [contig_acc] [varchar](20) NOT NULL ,
 662 [contig_pos] [int] NOT NULL ,
 663 [chr] [varchar](2) NULL ,
 664 [upstream_len] [int] NOT NULL ,
 665 [downstream_len] [int] NOT NULL ,
 666 [last_update_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 667 [mrna_acc] [varchar](24) NULL
 668 )
 669 GO
 670
 671 CREATE TABLE [SubSNP_top_or_bot]
 672 (
 673 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 674 [top_or_bot] [char](1) NULL ,
 675 [step] [tinyint] NULL ,
 676 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL
 677 )
 678 GO
 679
 680 CREATE TABLE [SubmittedIndividual]
 681 (
 682 [submitted_ind_id] [int] NOT NULL ,
 683 [pop_id] [int] NOT NULL ,
 684 [loc_ind_id_upp] [varchar](64) NOT NULL ,
 685 [ind_id] [int] NULL ,
 686 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 687 [last_updated_time] [smalldatetime] NULL ,
 688 [tax_id] [int] NOT NULL ,
 689 [loc_ind_alias] [varchar](64) NULL ,
 690 [loc_ind_id] [varchar](64) NULL ,
 691 [loc_ind_grp] [varchar](64) NULL ,
 692 [ploidy] [tinyint] NULL
 693 )
 694 GO
 695
 696 CREATE TABLE [Synonym]
 697 (
 698 [subsnp_id] [int] NOT NULL ,
 699 [type] [varchar](64) NOT NULL ,
 700 [name] [varchar](64) NULL
 701 )
 702 GO
 703
 704 CREATE TABLE [b135_ContigInfo_37_3]
 705 (
 706 [ctg_id] [int] NOT NULL ,
 707 [tax_id] [int] NOT NULL ,
 708 [contig_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 709 [contig_ver] [tinyint] NOT NULL ,
 710 [contig_name] [varchar](63) NULL ,
 711 [contig_chr] [varchar](32) NULL ,
 712 [contig_start] [int] NULL ,
 713 [contig_end] [int] NULL ,
 714 [orient] [tinyint] NULL ,
 715 [contig_gi] [int] NOT NULL ,
 716 [group_term] [varchar](32) NULL ,
 717 [group_label] [varchar](32) NULL ,
 718 [contig_label] [varchar](32) NULL ,
 719 [build_id] [int] NOT NULL ,
 720 [build_ver] [int] NOT NULL ,
 721 [last_updated_time] [datetime] NOT NULL ,
 722 [placement_status] [tinyint] NOT NULL ,
 723 [asm_acc] [varchar](32) NULL ,
 724 [asm_version] [smallint] NULL ,
 725 [chr_gi] [int] NULL ,
 726 [par_fl] [tinyint] NULL ,
 727 [top_level_fl] [tinyint] NOT NULL ,
 728 [gen_rgn] [varchar](32) NULL
 729 )
 730 GO
 731
 732 CREATE TABLE [b135_MapLinkHGVS_37_3]
 733 (
 734 [snp_type] [char](2) NOT NULL ,
 735 [snp_id] [int] NULL ,
 736 [gi] [int] NULL ,
 737 [accession_how_cd] [int] NOT NULL ,
 738 [offset] [int] NULL ,
 739 [asn_to] [int] NULL ,
 740 [lf_ngbr] [int] NULL ,
 741 [rf_ngbr] [int] NULL ,
 742 [lc_ngbr] [int] NULL ,
 743 [rc_ngbr] [int] NULL ,
 744 [loc_type] [tinyint] NULL ,
 745 [build_id] [int] NULL ,
 746 [process_time] [smalldatetime] NULL ,
 747 [process_status] [int] NOT NULL ,
 748 [orientation] [tinyint] NULL ,
 749 [allele] [varchar](255) NULL ,
 750 [aln_quality] [real] NULL ,
 751 [num_mism] [int] NULL ,
 752 [num_del] [int] NULL ,
 753 [num_ins] [int] NULL ,
 754 [tier] [tinyint] NULL ,
 755 [ctg_gi] [int] NULL ,
 756 [ctg_from] [int] NULL ,
 757 [ctg_to] [int] NULL ,
 758 [ctg_orient] [tinyint] NULL
 759 )
 760 GO
 761
 762 CREATE TABLE [b135_MapLinkInfo_37_3]
 763 (
 764 [gi] [int] NOT NULL ,
 765 [accession] [varchar](32) NOT NULL ,
 766 [accession_ver] [smallint] NOT NULL ,
 767 [acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 768 [version] [smallint] NOT NULL ,
 769 [status] [varchar](32) NULL ,
 770 [create_dt] [smalldatetime] NULL ,
 771 [update_dt] [smalldatetime] NULL ,
 772 [cds_from] [int] NULL ,
 773 [cds_to] [int] NULL
 774 )
 775 GO
 776
 777 CREATE TABLE [b135_MapLink_37_3]
 778 (
 779 [snp_type] [char](2) NOT NULL ,
 780 [snp_id] [int] NULL ,
 781 [gi] [int] NULL ,
 782 [accession_how_cd] [int] NULL ,
 783 [offset] [int] NULL ,
 784 [asn_to] [int] NULL ,
 785 [lf_ngbr] [int] NULL ,
 786 [rf_ngbr] [int] NULL ,
 787 [lc_ngbr] [int] NULL ,
 788 [rc_ngbr] [int] NULL ,
 789 [loc_type] [tinyint] NOT NULL ,
 790 [build_id] [int] NULL ,
 791 [process_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 792 [process_status] [int] NOT NULL ,
 793 [orientation] [tinyint] NULL ,
 794 [allele] [varchar](1024) NULL ,
 795 [aln_quality] [real] NULL ,
 796 [num_mism] [int] NULL ,
 797 [num_ins] [int] NULL ,
 798 [num_del] [int] NULL ,
 799 [tier] [tinyint] NULL ,
 800 [ctg_gi] [int] NULL ,
 801 [ctg_from] [int] NULL ,
 802 [ctg_to] [int] NULL ,
 803 [ctg_orient] [tinyint] NULL ,
 804 [source] [varchar](5) NOT NULL
 805 )
 806 GO
 807
 808 CREATE TABLE [b135_ProteinInfo_37_3]
 809 (
 810 [gi] [int] NOT NULL ,
 811 [acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 812 [version] [smallint] NOT NULL ,
 813 [prot_gi] [int] NOT NULL ,
 814 [prot_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 815 [prot_ver] [smallint] NOT NULL ,
 816 [status] [varchar](32) NULL ,
 817 [create_dt] [smalldatetime] NULL ,
 818 [update_dt] [smalldatetime] NULL
 819 )
 820 GO
 821
 822 CREATE TABLE [b135_Remapped_37_3]
 823 (
 824 [snp_type] [char](2) NOT NULL ,
 825 [snp_id] [int] NULL ,
 826 [src_gi] [int] NOT NULL ,
 827 [src_from] [int] NOT NULL ,
 828 [src_to] [int] NOT NULL ,
 829 [src_l_ngbr] [int] NOT NULL ,
 830 [src_r_ngbr] [int] NOT NULL ,
 831 [src_orientation] [tinyint] NULL ,
 832 [src_aln_quality] [real] NULL ,
 833 [tgt_gi] [int] NULL ,
 834 [tgt_from] [int] NULL ,
 835 [tgt_to] [int] NULL ,
 836 [tgt_l_ngbr] [int] NULL ,
 837 [tgt_r_ngbr] [int] NULL ,
 838 [tgt_loc_type] [tinyint] NOT NULL ,
 839 [tgt_orientation] [tinyint] NULL ,
 840 [tgt_allele] [varchar](1024) NULL ,
 841 [tgt_aln_quality] [real] NULL ,
 842 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 843 [comment] [varchar](255) NULL
 844 )
 845 GO
 846
 847 CREATE TABLE [b135_SNPChrPosOnRef_37_3]
 848 (
 849 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 850 [chr] [varchar](32) NOT NULL ,
 851 [pos] [int] NULL ,
 852 [orien] [int] NULL ,
 853 [neighbor_snp_list] [int] NULL ,
 854 [isPAR] [varchar](1) NOT NULL
 855 )
 856 GO
 857
 858 CREATE TABLE [b135_SNPContigLoc_37_3]
 859 (
 860 [snp_type] [char](2) NOT NULL ,
 861 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 862 [ctg_id] [int] NOT NULL ,
 863 [asn_from] [int] NOT NULL ,
 864 [asn_to] [int] NOT NULL ,
 865 [lf_ngbr] [int] NULL ,
 866 [rf_ngbr] [int] NULL ,
 867 [lc_ngbr] [int] NOT NULL ,
 868 [rc_ngbr] [int] NOT NULL ,
 869 [loc_type] [tinyint] NOT NULL ,
 870 [phys_pos_from] [int] NULL ,
 871 [snp_bld_id] [int] NOT NULL ,
 872 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
 873 [process_status] [tinyint] NOT NULL ,
 874 [orientation] [tinyint] NULL ,
 875 [allele] [varchar](1024) NULL ,
 876 [loc_sts_uid] [int] NULL ,
 877 [aln_quality] [real] NULL ,
 878 [num_mism] [int] NULL ,
 879 [num_del] [int] NULL ,
 880 [num_ins] [int] NULL ,
 881 [tier] [tinyint] NULL
 882 )
 883 GO
 884
 885 CREATE TABLE [b135_SNPContigLocusId_37_3]
 886 (
 887 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 888 [contig_acc] [varchar](32) NULL ,
 889 [contig_ver] [tinyint] NULL ,
 890 [asn_from] [int] NULL ,
 891 [asn_to] [int] NULL ,
 892 [locus_id] [int] NULL ,
 893 [locus_symbol] [varchar](128) NULL ,
 894 [mrna_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 895 [mrna_ver] [smallint] NOT NULL ,
 896 [protein_acc] [varchar](32) NULL ,
 897 [protein_ver] [smallint] NULL ,
 898 [fxn_class] [int] NOT NULL ,
 899 [reading_frame] [int] NULL ,
 900 [allele] [varchar](256) NULL ,
 901 [residue] [varchar](1024) NULL ,
 902 [aa_position] [int] NULL ,
 903 [build_id] [varchar](4) NOT NULL ,
 904 [ctg_id] [int] NULL ,
 905 [mrna_start] [int] NULL ,
 906 [mrna_stop] [int] NULL ,
 907 [codon] [varchar](1024) NULL ,
 908 [protRes] [char](3) NULL ,
 909 [contig_gi] [int] NULL ,
 910 [mrna_gi] [int] NOT NULL ,
 911 [mrna_orien] [tinyint] NULL ,
 912 [cp_mrna_ver] [smallint] NULL ,
 913 [cp_mrna_gi] [int] NULL ,
 914 [verComp] [varchar](7) NULL
 915 )
 916 GO
 917
 918 CREATE TABLE [b135_SNPContigProtein_37_3]
 919 (
 920 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 921 [contig_gi] [int] NOT NULL ,
 922 [contig_start] [int] NOT NULL ,
 923 [contig_stop] [int] NOT NULL ,
 924 [contig_orien] [tinyint] NOT NULL ,
 925 [contig_allele] [varchar](1024) NULL ,
 926 [mrna_gi] [int] NOT NULL ,
 927 [mrna_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 928 [mrna_ver] [smallint] NOT NULL ,
 929 [mrna_start] [int] NULL ,
 930 [mrna_stop] [int] NULL ,
 931 [mrna_orien] [tinyint] NULL ,
 932 [gene_symbol] [varchar](128) NULL ,
 933 [gene_id] [int] NULL ,
 934 [prot_gi] [int] NULL ,
 935 [prot_acc] [varchar](32) NULL ,
 936 [prot_ver] [smallint] NULL ,
 937 [prot_start] [int] NULL ,
 938 [prot_stop] [int] NULL ,
 939 [frame] [tinyint] NULL ,
 940 [var_allele] [varchar](1024) NULL ,
 941 [residue] [varchar](1024) NULL ,
 942 [mrna_codon] [varchar](1024) NULL ,
 943 [codon] [varchar](1024) NULL ,
 944 [fxn_class] [int] NOT NULL ,
 945 [in_stop_codon] [tinyint] NULL
 946 )
 947 GO
 948
 949 CREATE TABLE [b135_SNPMapInfo_37_3]
 950 (
 951 [snp_type] [char](2) NOT NULL ,
 952 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 953 [chr_cnt] [int] NOT NULL ,
 954 [contig_cnt] [int] NOT NULL ,
 955 [loc_cnt] [int] NOT NULL ,
 956 [weight] [int] NOT NULL ,
 957 [hap_cnt] [int] NULL ,
 958 [placed_cnt] [int] NOT NULL ,
 959 [unlocalized_cnt] [int] NOT NULL ,
 960 [unplaced_cnt] [int] NOT NULL ,
 961 [aligned_cnt] [int] NOT NULL ,
 962 [md5] [char](32) NULL ,
 963 [asm_acc] [varchar](32) NULL ,
 964 [asm_version] [smallint] NULL ,
 965 [assembly] [varchar](32) NULL
 966 )
 967 GO
 968
 969 CREATE TABLE [b135_SNPMapLinkProtein_37_3]
 970 (
 971 [snp_id] [int] NOT NULL ,
 972 [mrna_acc] [varchar](32) NOT NULL ,
 973 [mrna_ver] [smallint] NOT NULL ,
 974 [mrna_gi] [int] NOT NULL ,
 975 [mrna_start] [int] NULL ,
 976 [mrna_stop] [int] NULL ,
 977 [mrna_orien] [tinyint] NULL ,
 978 [allele] [varchar](1024) NULL ,
 979 [gene_symbol] [varchar](128) NULL ,
 980 [gene_id] [int] NULL ,
 981 [prot_gi] [int] NULL ,
 982 [prot_acc] [varchar](32) NULL ,
 983 [prot_ver] [smallint] NULL ,
 984 [prot_start] [int] NULL ,
 985 [prot_stop] [int] NULL ,
 986 [frame] [tinyint] NULL ,
 987 [var_allele] [varchar](1024) NULL ,
 988 [residue] [varchar](1024) NULL ,
 989 [mrna_codon] [varchar](1024) NULL ,
 990 [codon] [varchar](1024) NULL ,
 991 [fxn_class] [int] NOT NULL ,
 992 [ctg_gi] [int] NULL ,
 993 [ctg_from] [int] NULL ,
 994 [ctg_to] [int] NULL ,
 995 [ctg_orientation] [tinyint] NULL ,
 996 [source] [varchar](7) NULL
 997 )
 998 GO
 999
1000 CREATE TABLE [dn_IND_batchCount]
1001 (
1002 [batch_id] [int] NOT NULL ,
1003 [pop_id] [int] NOT NULL ,
1004 [ss_cnt] [int] NOT NULL ,
1005 [rs_cnt] [int] NOT NULL ,
1006 [ind_cnt] [int] NOT NULL ,
1007 [create_time] [datetime] NOT NULL
1008 )
1009 GO
1010
1011 CREATE TABLE [dn_IND_batch_pop]
1012 (
1013 [batch_id] [smallint] NOT NULL ,
1014 [pop_id] [int] NOT NULL ,
1015 [update_time] [datetime] NOT NULL
1016 )
1017 GO
1018
1019 CREATE TABLE [dn_PopulationIndGrp]
1020 (
1021 [pop_id] [int] NOT NULL ,
1022 [ind_grp_name] [varchar](32) NOT NULL ,
1023 [ind_grp_code] [tinyint] NOT NULL
1024 )
1025 GO
1026
1027 CREATE TABLE [dn_batchCount]
1028 (
1029 [batch_id] [int] NOT NULL ,
1030 [ss_cnt] [int] NOT NULL ,
1031 [rs_cnt] [int] NOT NULL ,
1032 [rs_validated_cnt] [int] NOT NULL ,
1033 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
1034 [pop_cnt] [int] NULL ,
1035 [ind_cnt] [int] NULL
1036 )
1037 GO
1038
1039 CREATE TABLE [dn_handleCount]
1040 (
1041 [handle] [varchar](20) NOT NULL ,
1042 [batch_type] [char](3) NOT NULL ,
1043 [ss_cnt] [int] NOT NULL ,
1044 [rs_cnt] [int] NULL ,
1045 [rs_validated_cnt] [int] NULL ,
1046 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL
1047 )
1048 GO
1049
1050 CREATE TABLE [dn_snpFxnCnt]
1051 (
1052 [build_id] [int] NOT NULL ,
1053 [fxn_class] [tinyint] NULL ,
1054 [snp_cnt] [int] NOT NULL ,
1055 [gene_cnt] [int] NOT NULL ,
1056 [create_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
1057 [last_updated_time] [smalldatetime] NOT NULL ,
1058 [tax_id] [int] NOT NULL
1059 )
1060 GO
1061
1062 CREATE TABLE [dn_table_rowcount]
1063 (
1064 [tabname] [varchar](64) NOT NULL ,
1065 [row_cnt] [int] NOT NULL ,
1066 [build_id] [int] NOT NULL ,
1067 [update_time] [datetime] NOT NULL ,
1068 [rows_in_spaceused] [int] NULL ,
1069 [reserved_KB_spaceused] [int] NULL ,
1070 [data_KB_spaceused] [int] NULL ,
1071 [index_size_KB_spaceused] [int] NULL ,
1072 [unused_KB_spaceused] [int] NULL
1073 )
1074 GO
1075