schema/extra_schema/gcrma_table.sql

   1 DROP TABLE affy_annotation;
   2 DROP TABLE gcrma_expression;
   3 DROP TABLE affy_probe;
   4 DROP TABLE gcrma_samples;
   5
   6 CREATE TABLE gcrma_samples (
   7        id SERIAL NOT NULL, -- PRIMARY KEY,
   8        tissue TEXT NOT NULL
   9 );
  10
  11 CREATE TABLE affy_probe (
  12       id SERIAL NOT NULL, -- PRIMARY KEY,
  13       probe TEXT NOT NULL
  14 );
  15
  16 CREATE TABLE affy_annotation (
  17        id SERIAL NOT NULL, -- PRIMARY KEY,
  18        probe INT NOT NULL,-- REFERENCES affy_probe,
  19        gene_symbol TEXT,
  20        gene_name TEXT,
  21        species TEXT,
  22        array_name TEXT,
  23        entrez_id TEXT,
  24        refseq_prot TEXT,
  25        refseq_transcript TEXT
  26 );
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  28 CREATE TABLE gcrma_expression (
  29        id SERIAL NOT NULL, -- PRIMARY KEY,
  30        probe INT NOT NULL,-- REFERENCES affy_probe,
  31        sample INT NOT NULL,-- REFERENCES gcrma_samples,
  32        expression FLOAT NOT NULL
  33 );
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  35 CREATE VIEW gcrma AS
  36        SELECT ge.id AS id,
  37        gs.tissue AS tissue,
  38        ap.probe AS probe,
  39        ge.expression AS expression,
  40        aa.gene_symbol AS symbol
  41        FROM gcrma_expression ge
  42        JOIN affy_probe ap ON ge.probe=ap.id
  43        JOIN gcrma_samples gs ON ge.sample=gs.id
  44        LEFT OUTER JOIN affy_annotation aa ON ap.id=aa.probe;
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