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authormartinahansen <martinahansen@74ccb610-7750-0410-82ae-013aeee3265d>
Mon, 12 Dec 2011 11:35:04 +0000 (11:35 +0000)
committermartinahansen <martinahansen@74ccb610-7750-0410-82ae-013aeee3265d>
Mon, 12 Dec 2011 11:35:04 +0000 (11:35 +0000)
git-svn-id: http://biopieces.googlecode.com/svn/trunk@1705 74ccb610-7750-0410-82ae-013aeee3265d

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diff --git a/bp_test/in/read_embl.in b/bp_test/in/read_embl.in
new file mode 100644 (file)
index 0000000..dfcd2ca
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,203 @@
+ID   U49845; SV 1; linear; genomic DNA; STD; FUN; 5028 BP.
+XX
+AC   U49845;
+XX
+DT   07-MAY-1996 (Rel. 47, Created)
+DT   25-MAR-2010 (Rel. 104, Last updated, Version 5)
+XX
+DE   Saccharomyces cerevisiae TCP1-beta gene, partial cds; and Axl2p (AXL2) and
+DE   Rev7p (REV7) genes, complete cds.
+XX
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+XX
+OS   Saccharomyces cerevisiae (baker's yeast)
+OC   Eukaryota; Fungi; Dikarya; Ascomycota; Saccharomycotina; Saccharomycetes;
+OC   Saccharomycetales; Saccharomycetaceae; Saccharomyces.
+XX
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+RP   1-5028
+RX   PUBMED; 8846915.
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+RT   membrane glycoprotein";
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+XX
+RN   [2]
+RP   1-5028
+RA   Roemer T.;
+RT   ;
+RL   Submitted (22-FEB-1996) to the INSDC.
+RL   Biology, Yale University, New Haven, CT 06520, USA
+XX
+DR   Ensembl-Gn; YIL139C; Saccharomyces_cerevisiae.
+DR   Ensembl-Gn; YIL140W; Saccharomyces_cerevisiae.
+DR   Ensembl-Gn; YIL142W; Saccharomyces_cerevisiae.
+DR   Ensembl-Tr; YIL139C; Saccharomyces_cerevisiae.
+DR   Ensembl-Tr; YIL140W; Saccharomyces_cerevisiae.
+DR   Ensembl-Tr; YIL142W; Saccharomyces_cerevisiae.
+DR   EnsemblGenomes; YIL139C; Saccharomyces_cerevisiae.
+DR   EnsemblGenomes; YIL140W; Saccharomyces_cerevisiae.
+DR   EnsemblGenomes; YIL142W; Saccharomyces_cerevisiae.
+XX
+FH   Key             Location/Qualifiers
+FH
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+FT   mRNA            <687..>3158
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+FT   CDS             687..3158
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+FT                   FVIIATDIEGFSAVEVEFELVIGAHQLTTSIQNSLIINVTDTGNVSYDLPLNYVYLDDD
+FT                   PISSDKLGSINLLDAPDWVALDNATISGSVPDELLGKNSNPANFSVSIYDTYGDVIYFN
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+FT                   QSSNLTLAGEVPKNFDKLSLGLKANQGSQSQELYFNIIGMDSKITHSNHSANATSTRSS
+FT                   HHSTSTSSYTSSTYTAKISSTSAAATSSAPAALPAANKTSSHNKKAVAIACGVAIPLGV
+FT                   ILVALICFLIFWRRRRENPDDENLPHAISGPDLNNPANKPNQENATPLNNPFDDDASSY
+FT                   DDTSIARRLAALNTLKLDNHSATESDISSVDEKRDSLSGMNTYNDQFQSQSKEELLAKP
+FT                   PVQPPESPFFDPQNRSSSVYMDSEPAVNKSWRYTGNLSPVSDIVRDSYGSQKTVDTEKL
+FT                   FDLEAPEKEKRTSRDVTMSSLDPWNSNISPSPVRKSVTPSPYNVTKHRNRHLQNIQDSQ
+FT                   SGKNGITPTTMSTSSSDDFVPVKDGENFCWVHSMEPDRRPSKKRLVDFSNKSNVNVGQV
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+FT                   /translation="MNRWVEKWLRVYLKCYINLILFYRNVYPPQSFDYTTYQSFNLPQF
+FT                   VPINRHPALIDYIEELILDVLSKLTHVYRFSICIINKKNDLCIEKYVLDFSELQHVDKD
+FT                   DQIITETEVFDEFRSSLNSLIMHLEKLPKVNDDTITFEAVINAIELELGHKLDRNRRVD
+FT                   SLEEKAEIERDSNWVKCQEDENLPDNNGFQPPKIKLTSLVGSDVGPLIIHQFSEKLISG
+FT                   DDKILNGVYSQYEEGESIFGSLF"
+XX
+SQ   Sequence 5028 BP; 1510 A; 1074 C; 835 G; 1609 T; 0 other;
+     gatcctccat atacaacggt atctccacct caggtttaga tctcaacaac ggaaccattg        60
+     ccgacatgag acagttaggt atcgtcgaga gttacaagct aaaacgagca gtagtcagct       120
+     ctgcatctga agccgctgaa gttctactaa gggtggataa catcatccgt gcaagaccaa       180
+     gaaccgccaa tagacaacat atgtaacata tttaggatat acctcgaaaa taataaaccg       240
+     ccacactgtc attattataa ttagaaacag aacgcaaaaa ttatccacta tataattcaa       300
+     agacgcgaaa aaaaaagaac aacgcgtcat agaacttttg gcaattcgcg tcacaaataa       360
+     attttggcaa cttatgtttc ctcttcgagc agtactcgag ccctgtctca agaatgtaat       420
+     aatacccatc gtaggtatgg ttaaagatag catctccaca acctcaaagc tccttgccga       480
+     gagtcgccct cctttgtcga gtaattttca cttttcatat gagaacttat tttcttattc       540
+     tttactctca catcctgtag tgattgacac tgcaacagcc accatcacta gaagaacaga       600
+     acaattactt aatagaaaaa ttatatcttc ctcgaaacga tttcctgctt ccaacatcta       660
+     cgtatatcaa gaagcattca cttaccatga cacagcttca gatttcatta ttgctgacag       720
+     ctactatatc actactccat ctagtagtgg ccacgcccta tgaggcatat cctatcggaa       780
+     aacaataccc cccagtggca agagtcaatg aatcgtttac atttcaaatt tccaatgata       840
+     cctataaatc gtctgtagac aagacagctc aaataacata caattgcttc gacttaccga       900
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+     tatctgatgc gaacaccacg ttgtatttca atgtaatact cgagggtacg gactctgccg      1020
+     acagcacgtc tttgaacaat acataccaat ttgttgttac aaaccgtcca tccatctcgc      1080
+     tatcgtcaga tttcaatcta ttggcgttgt taaaaaacta tggttatact aacggcaaaa      1140
+     acgctctgaa actagatcct aatgaagtct tcaacgtgac ttttgaccgt tcaatgttca      1200
+     ctaacgaaga atccattgtg tcgtattacg gacgttctca gttgtataat gcgccgttac      1260
+     ccaattggct gttcttcgat tctggcgagt tgaagtttac tgggacggca ccggtgataa      1320
+     actcggcgat tgctccagaa acaagctaca gttttgtcat catcgctaca gacattgaag      1380
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+     ttagttctct tcccaatatt aacgctacaa ggggtgaatg gttctcctac tattttttgc      1800
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+     agaatttcga caagctttca ttaggtttga aagcgaacca aggttcacaa tctcaagagc      1980
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+     ctcaaagcgg taaaaacgga atcactccca caacaatgtc aacttcatct tctgacgatt      3000
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+     taaaacaaag atccaaaaat gctctcgccc tcttcatatt gagaatacac tccattcaaa      3360
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+     tccaaactat cgaccctcct gtttctgtcc aacttatgtc ctagttccaa ttcgatcgca      3600
+     ttaataactg cttcaaatgt tattgtgtca tcgttgactt taggtaattt ctccaaatgc      3660
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+//
diff --git a/bp_test/in/read_embl.in.gz b/bp_test/in/read_embl.in.gz
new file mode 100644 (file)
index 0000000..132c80b
Binary files /dev/null and b/bp_test/in/read_embl.in.gz differ
diff --git a/bp_test/out/read_embl.out.1 b/bp_test/out/read_embl.out.1
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c515f4e
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@@ -0,0 +1,224 @@
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+OS: Saccharomyces cerevisiae (baker's yeast)
+OC: Eukaryota; Fungi; Dikarya; Ascomycota; Saccharomycotina; Saccharomycetes; Saccharomycetales; Saccharomycetaceae; Saccharomyces.
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+RP: 1-5028 1-5028
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