bp_bin/read_blast_tab

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Read BLAST records in tabular format from one or more files.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Filesys;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $file, $record, $line, @fields, $data_in, $num );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  41     [
  42         { long => 'data_in', short => 'i', type => 'files!', mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  43         { long => 'num',     short => 'n', type => 'uint',   mandatory => 'no', default => undef, allowed => undef, disallowed => '0'   },
  44     ]
  45 );
  46
  47 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  48 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  49
  50 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) ) {
  51     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  52 }
  53
  54 if ( $options->{ 'data_in' } )
  55 {
  56     $num = 1;
  57
  58     $data_in = Maasha::Filesys::files_read_open( $options->{ 'data_in' } );
  59
  60     while ( $line = <$data_in> )
  61     {
  62         chomp $line;
  63
  64         next if $line =~ /^#/;
  65
  66         @fields = split /\t/, $line;
  67
  68         $record->{ "REC_TYPE" }   = "BLAST";
  69         $record->{ "Q_ID" }       = $fields[ 0 ];
  70         $record->{ "S_ID" }       = $fields[ 1 ];
  71         $record->{ "IDENT" }      = $fields[ 2 ];
  72         $record->{ "ALIGN_LEN" }  = $fields[ 3 ];
  73         $record->{ "MISMATCHES" } = $fields[ 4 ];
  74         $record->{ "GAPS" }       = $fields[ 5 ];
  75         $record->{ "Q_BEG" }      = $fields[ 6 ] - 1; # BLAST is 1-based
  76         $record->{ "Q_END" }      = $fields[ 7 ] - 1; # BLAST is 1-based
  77         $record->{ "S_BEG" }      = $fields[ 8 ] - 1; # BLAST is 1-based
  78         $record->{ "S_END" }      = $fields[ 9 ] - 1; # BLAST is 1-based
  79         $record->{ "E_VAL" }      = $fields[ 10 ];
  80         $record->{ "BIT_SCORE" }  = $fields[ 11 ];
  81
  82         if ( $record->{ "S_BEG" } > $record->{ "S_END" } )
  83         {
  84             $record->{ "STRAND" } = '-';
  85
  86             ( $record->{ "S_BEG" }, $record->{ "S_END" } ) = ( $record->{ "S_END" }, $record->{ "S_BEG" } );
  87         }
  88         else
  89         {
  90             $record->{ "STRAND" } = '+';
  91         }
  92
  93         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  94
  95         last if $options->{ "num" } and $num == $options->{ "num" };
  96
  97         $num++;
  98     }
  99
 100     close $data_in;
 101 }
 102
 103 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 104 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 105
 106
 107 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 108
 109
 110 BEGIN
 111 {
 112     Maasha::Biopieces::status_set();
 113 }
 114
 115
 116 END
 117 {
 118     Maasha::Biopieces::status_log();
 119 }
 120
 121
 122 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 123
 124
 125 __END__