bp_bin/plot_scores

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2010 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Create a lineplot from quality scores in the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Fastq;
  33 use Maasha::Plot;
  34 use Maasha::Calc;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $options, $in, $out, $default, $terminals, $formats, $record, %count_hash, %sum_hash, $i, @scores, @data_list, $result, $fh, $tmp_dir );
  41
  42 $default   = "Quality Scores";
  43 $terminals = "dumb,x11,aqua,post,svg";
  44 $formats   = "solexa,phred,decimal";
  45
  46 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  47     [
  48         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  49         { long => 'data_out',   short => 'o', type => 'file',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  50         { long => 'format'  ,   short => 'f', type => 'string', mandatory => 'no',  default => "solexa", allowed => $formats,   disallowed => undef },
  51         { long => 'terminal',   short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'dumb',   allowed => $terminals, disallowed => undef },
  52         { long => 'title',      short => 'T', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $default, allowed => undef,      disallowed => undef },
  53         { long => 'xlabel',     short => 'X', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  54         { long => 'ylabel',     short => 'Y', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,      disallowed => undef },
  55     ]
  56 );
  57
  58 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  59 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  60
  61 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  62 {
  63     if ( $record->{ 'SCORES' } )
  64     {
  65         if ( $options->{ 'format' } eq "solexa" )
  66         {
  67             for ( $i = 0; $i < length $record->{ 'SCORES' }; $i++ )
  68             {
  69                 $count_hash{ $i }++;
  70                 $sum_hash{ $i } += Maasha::Fastq::solexa2dec( substr $record->{ "SCORES" }, $i, 1 );
  71             }
  72         }
  73         elsif ( $options->{ 'format' } eq "phred" )
  74         {
  75             for ( $i = 0; $i < length $record->{ 'SCORES' }; $i++ )
  76             {
  77                 $count_hash{ $i }++;
  78                 $sum_hash{ $i } += Maasha::Fastq::phred2dec( substr $record->{ "SCORES" }, $i, 1 );
  79             }
  80         }
  81         else
  82         {
  83             @scores = split ";", $record->{ 'SCORES' };
  84
  85             for ( $i = 0; $i < @scores; $i++ )
  86             {
  87                 $count_hash{ $i }++;
  88                 $sum_hash{ $i } += $scores[ $i ];
  89             }
  90         }
  91     }
  92
  93     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  94 }
  95
  96 for ( $i = 0; $i < keys %count_hash; $i++ ) {
  97     push @data_list, [ $sum_hash{ $i } / $count_hash{ $i } ];
  98 }
  99
 100 $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
 101
 102 $result = Maasha::Plot::lineplot_simple( \@data_list, $options, $tmp_dir );
 103
 104 $fh = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "data_out" } );
 105
 106 print $fh "$_\n" foreach @{ $result };
 107
 108 close $fh;
 109
 110 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 111 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 112
 113
 114 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 115
 116
 117 BEGIN
 118 {
 119     Maasha::Biopieces::status_set();
 120 }
 121
 122
 123 END
 124 {
 125     Maasha::Biopieces::status_log();
 126 }
 127
 128
 129 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 130
 131
 132 __END__