bp_bin/list_genomes

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Display available genomes.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Term::ANSIColor;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::Biopieces;
  34
  35
  36 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  37
  38
  39 my ( $options, @genomes, $genome, @formats, $format, %hash, %found, @row );
  40
  41 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  42
  43 @genomes = Maasha::Filesys::ls_dirs( "$ENV{ 'BP_DATA' }/genomes" );
  44
  45 foreach $genome ( @genomes )
  46 {
  47     next if $genome =~ /\.$/;
  48
  49     @formats = Maasha::Filesys::ls_dirs( $genome );
  50
  51     foreach $format ( @formats )
  52     {
  53         if ( $format =~ /\/([^\/]+)\/(\w+)$/ )
  54         {
  55             $hash{ $1 }{ $2 } = 1;
  56
  57             $found{ $2 } = 1;
  58         }
  59     }
  60 }
  61
  62 @row = "Genome";
  63
  64 map { push @row, $_ } sort keys %found;
  65
  66 print join( "\t", @row ), "\n";
  67
  68 foreach $genome ( sort keys %hash )
  69 {
  70     @row = $genome;
  71
  72     foreach $format ( sort keys %found )
  73     {
  74         if ( exists $hash{ $genome }{ $format } ) {
  75             push @row, colored( "yes", "green" );
  76         } else {
  77             push @row, colored( "no", "red" );
  78         }
  79     }
  80
  81     print join( "\t", @row ), "\n";
  82 }
  83
  84
  85 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  86
  87
  88 BEGIN
  89 {
  90     Maasha::Biopieces::status_set();
  91 }
  92
  93
  94 END
  95 {
  96     Maasha::Biopieces::status_log();
  97 }
  98
  99
 100 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 101
 102
 103 __END__