bp_bin/analyze_tags

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Analyze sequence tags in sequence or BED records from the stream.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Maasha::Biopieces;
  32 use Maasha::Seq;
  33
  34
  35 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  36
  37
  38 my ( $options, $in, $out, $record, %len_hash, %clone_hash, $clones, $key, $tag_record );
  39
  40 $options = Maasha::Biopieces::parse_options();
  41
  42 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  43 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  44
  45 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  46 {
  47     if ( $record->{ "SEQ_NAME" } and $record->{ "SEQ" } )
  48     {
  49         if ( $record->{ "SEQ_NAME" } =~ /_(\d+)$/ )
  50         {
  51             $clones = $1;
  52
  53             $len_hash{ length( $record->{ "SEQ" } ) }++;
  54             $clone_hash{ length( $record->{ "SEQ" } ) } += $clones;
  55         }
  56     }
  57     elsif ( $record->{ "Q_ID" } and $record->{ "BED_LEN" } )
  58     {
  59         if ( $record->{ "Q_ID" } =~ /_(\d+)$/ )
  60         {
  61             $clones = $1;
  62
  63             $len_hash{ $record->{ "BED_LEN" } }++;
  64             $clone_hash{ $record->{ "BED_LEN" } } += $clones;
  65         }
  66     }
  67 }
  68
  69 foreach $key ( sort { $a <=> $b } keys %len_hash )
  70 {
  71     $tag_record->{ "TAG_LEN" }    = $key;
  72     $tag_record->{ "TAG_COUNT" }  = $len_hash{ $key };
  73     $tag_record->{ "TAG_CLONES" } = $clone_hash{ $key };
  74
  75     Maasha::Biopieces::put_record( $tag_record, $out );
  76 }
  77
  78 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
  79 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
  80
  81
  82 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  83
  84
  85 BEGIN
  86 {
  87     Maasha::Biopieces::status_set();
  88 }
  89
  90
  91 END
  92 {
  93     Maasha::Biopieces::status_log();
  94 }
  95
  96
  97 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  98
  99
 100 __END__