bp_bin/BGB_upload

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Write Biopiece records to the Biopieces Genome browser.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Common;
  33 use Maasha::KISS;
  34 use Maasha::Biopieces;
  35 use Maasha::Fasta;
  36 use Maasha::BGB::Track;
  37 use Maasha::BGB::Wiggle;
  38 use Maasha::Filesys;
  39
  40 use constant {
  41     SEQ_NAME => 0,
  42     SEQ      => 1,
  43
  44     S_ID     => 0,
  45 };
  46
  47
  48 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  49
  50
  51 my ( $data_dir, $user, $options, $path, $in, $out, $tmp_dir, %fh_hash, $fh_out, $record, $entry, $key, $dst_dir, @nums, $num, $contig_dir, $wig );
  52
  53 $data_dir = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "BGB_DATA_DIR" );
  54 $user     = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "BGB_USER" );
  55
  56 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  57     [
  58         { long => 'user',       short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $user,    allowed => undef,           disallowed => undef },
  59         { long => 'clade',      short => 'c', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,    allowed => undef,           disallowed => undef },
  60         { long => 'genome',     short => 'g', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,    allowed => undef,           disallowed => undef },
  61         { long => 'assembly',   short => 'a', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef,    allowed => undef,           disallowed => undef },
  62         { long => 'track_name', short => 't', type => 'string', mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,           disallowed => undef },
  63         { long => 'track_type', short => 'T', type => 'string', mandatory => 'no',  default => 'linear', allowed => 'linear,wiggle', disallowed => undef },
  64         { long => 'force',      short => 'f', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,           disallowed => undef },
  65         { long => 'no_stream',  short => 'x', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef,    allowed => undef,           disallowed => undef },
  66     ]
  67 );
  68
  69 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  70 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  71
  72 if ( $options->{ 'track_name' } )
  73 {
  74     $options->{ 'track_name' } =~ tr/ /_/;
  75
  76     $path = join "/", $data_dir, "Users", $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' };
  77
  78     Maasha::Common::error( qq(Path not found: "$path") ) if not -d $path;
  79
  80     $tmp_dir = Maasha::Biopieces::get_tmpdir();
  81
  82     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  83     {
  84         if ( $entry = Maasha::KISS::biopiece2kiss( $record ) )
  85         {
  86             $entry->[ S_ID ] = ( split / /, $entry->[ S_ID ] )[ 0 ];
  87
  88             if ( not exists $fh_hash{ $entry->[ S_ID ] } ) {
  89                 $fh_hash{ $entry->[ S_ID ] } = Maasha::Filesys::file_write_open( "$tmp_dir/$entry->[ S_ID ]" );
  90             }
  91
  92             $fh_out = $fh_hash{ $entry->[ S_ID ] };
  93
  94             Maasha::KISS::kiss_entry_put( $entry, $fh_out );
  95         }
  96
  97         Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out ) if not $options->{ "no_stream" };
  98     }
  99
 100     $num = Maasha::BGB::Track::max_track( $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' } );
 101     $num = sprintf( "%04d", $num + 10 );
 102
 103     foreach $key ( keys %fh_hash )
 104     {
 105         close $fh_hash{ $key };
 106
 107         $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$path/$key" );
 108         $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$dst_dir/Tracks" );
 109
 110         $dst_dir = "$dst_dir/$num" . "_$options->{ 'track_name' }";
 111
 112         Maasha::Filesys::dir_create( $dst_dir );
 113
 114         if ( $options->{ 'track_type' } eq 'linear' )
 115         {
 116             Maasha::Filesys::file_copy( "$tmp_dir/$key", "$dst_dir/track_data.kiss" );
 117
 118             Maasha::KISS::kiss_sort( "$dst_dir/track_data.kiss" );
 119         }
 120         elsif ( $options->{ 'track_type' } eq 'wiggle' )
 121         {
 122             $wig = Maasha::BGB::Wiggle::wiggle_encode( "$tmp_dir/$key" );
 123             Maasha::BGB::Wiggle::wiggle_store( "$dst_dir/track_data.wig", $wig );
 124         }
 125
 126         unlink "$tmp_dir/$key";
 127     }
 128 }
 129 else
 130 {
 131     $path = join "/", $data_dir, "Users/", $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' };
 132
 133     Maasha::Common::error( qq(Path not found: "$path") ) if not -d $path;
 134
 135     $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create_if_not_exists( "$path/$options->{ 'genome' }" );
 136     $dst_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$dst_dir/$options->{ 'assembly' }" );
 137
 138     while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
 139     {
 140         if ( $entry = Maasha::Fasta::biopiece2fasta( $record ) )
 141         {
 142             $entry->[ SEQ_NAME ] = ( split " ", $entry->[ SEQ_NAME ] )[ 0 ];
 143
 144             if ( $options->{ 'force' } ) {
 145                 Maasha::Filesys::dir_remove( "$dst_dir/$entry->[ SEQ_NAME ]" );
 146             }
 147
 148             $contig_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$dst_dir/$entry->[ SEQ_NAME ]" );
 149             $contig_dir = Maasha::Filesys::dir_create( "$contig_dir/Sequence" );
 150
 151             $fh_out = Maasha::Filesys::file_write_open( "$contig_dir/sequence.txt" );
 152             print $fh_out $entry->[ SEQ ];
 153             close $fh_out;
 154         }
 155     }
 156 }
 157
 158 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 159 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 160
 161
 162 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 163
 164
 165 BEGIN
 166 {
 167     Maasha::Biopieces::status_set();
 168 }
 169
 170
 171 END
 172 {
 173     Maasha::Biopieces::status_log();
 174 }
 175
 176
 177 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 178
 179
 180 __END__