bp_bin/BGB_intersect

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 # Copyright (C) 2007-2009 Martin A. Hansen.
   4
   5 # This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 # as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 # of the License, or (at your option) any later version.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 # GNU General Public License for more details.
  14
  15 # You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 # along with this program; if not, write to the Free Software
  17 # Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA.
  18
  19 # http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html
  20
  21
  22 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> DESCRIPTION <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  23
  24 # Intersects two tracks in the Biopieces Genome Browser.
  25
  26 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  27
  28
  29 use warnings;
  30 use strict;
  31 use Data::Dumper;
  32 use Maasha::Biopieces;
  33 use Maasha::BGB::Track;
  34 use Maasha::KISS;
  35
  36
  37 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
  38
  39
  40 my ( $user, $options, $in, $out, $record, @contigs, $contig, $track, @tracks, %hash, $fh1, $fh2, $entries, $entry );
  41
  42 $user    = Maasha::Biopieces::biopiecesrc( "BGB_USER" );
  43
  44 $options = Maasha::Biopieces::parse_options(
  45     [
  46         { long => 'user',     short => 'u', type => 'string', mandatory => 'no',  default => $user, allowed => undef, disallowed => undef },
  47         { long => 'clade',    short => 'c', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  48         { long => 'genome',   short => 'g', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  49         { long => 'assembly', short => 'a', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  50         { long => 'track1',   short => 't', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  51         { long => 'track2',   short => 'T', type => 'string', mandatory => 'yes', default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  52         { long => 'invert',   short => 'i', type => 'flag',   mandatory => 'no',  default => undef, allowed => undef, disallowed => undef },
  53     ]
  54 );
  55
  56 $in  = Maasha::Biopieces::read_stream( $options->{ "stream_in" } );
  57 $out = Maasha::Biopieces::write_stream( $options->{ "stream_out" } );
  58
  59 while ( $record = Maasha::Biopieces::get_record( $in ) )
  60 {
  61     Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  62 }
  63
  64 Maasha::Common::error( qq(Bad user: "$options->{ 'user' }") ) if not grep /^$options->{ 'user' }$/, Maasha::BGB::Track::list_users();
  65
  66 @contigs = Maasha::BGB::Track::list_contigs( $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' } );
  67
  68 foreach $contig ( @contigs )
  69 {
  70     undef %hash;
  71
  72     @tracks = Maasha::BGB::Track::list_track_dir( $options->{ 'user' }, $options->{ 'clade' }, $options->{ 'genome' }, $options->{ 'assembly' }, $contig );
  73
  74     foreach $track ( @tracks )
  75     {
  76         if ( index( $track, $options->{ 'track1' } ) >= 0 ) {
  77             $hash{ '1' } = $track;
  78         } elsif ( index( $track, $options->{ 'track2' } ) >= 0 ) {
  79             $hash{ '2' } = $track;
  80         }
  81     }
  82
  83     if ( exists $hash{ '1' } and exists $hash{ '2' } )
  84     {
  85         print STDERR "Intersecting:\n$hash{ '1' } and\n$hash{ '2' }\n\n" if $options->{ 'verbose' };
  86
  87         $fh1 = Maasha::Filesys::file_read_open( "$hash{ '1' }/track_data.kiss" );
  88         $fh2 = Maasha::Filesys::file_read_open( "$hash{ '2' }/track_data.kiss" );
  89
  90         $entries = Maasha::KISS::kiss_intersect( $fh1, $fh2, $options->{ 'invert' } );
  91
  92         foreach $entry ( @{ $entries } )
  93         {
  94             if ( $record = Maasha::KISS::kiss2biopiece( $entry ) ) {
  95                  Maasha::Biopieces::put_record( $record, $out );
  96             }
  97         }
  98     }
  99 }
 100
 101 Maasha::Biopieces::close_stream( $in );
 102 Maasha::Biopieces::close_stream( $out );
 103
 104
 105 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 106
 107
 108 BEGIN
 109 {
 110     Maasha::Biopieces::status_set();
 111 }
 112
 113
 114 END
 115 {
 116     Maasha::Biopieces::status_log();
 117 }
 118
 119
 120 # >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
 121
 122
 123 __END__