pubmed_search

   1 #! /usr/bin/perl
   2 # , and is released
   3 # under the terms of the GPL version 2, or any later version, at your
   4 # option. See the file README and COPYING for more information.
   5 # Copyright 2011 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
   6 # $Id: perl_script 1825 2011-01-02 01:53:43Z don $
   7
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12 use Getopt::Long;
  13 use Pod::Usage;
  14
  15 use Bio::DB::EUtilities;
  16
  17 use Encode qw(encode_utf8);
  18 use Term::ANSIColor qw(:constants);
  19 use Text::Wrap;
  20
  21
  22 =head1 NAME
  23
  24 pubmed_search - Search for articles on pubmed
  25
  26 =head1 SYNOPSIS
  27
  28  pubmed_search [options] [searchterms]
  29
  30  Options:
  31   --debug, -d debugging level (Default 0)
  32   --help, -h display this help
  33   --man, -m display manual
  34
  35 =head1 OPTIONS
  36
  37 =over
  38
  39 =item B<--debug, -d>
  40
  41 Debug verbosity. (Default 0)
  42
  43 =item B<--help, -h>
  44
  45 Display brief usage information.
  46
  47 =item B<--man, -m>
  48
  49 Display this manual.
  50
  51 =back
  52
  53 =head1 EXAMPLES
  54
  55
  56 =cut
  57
  58
  59 use vars qw($DEBUG);
  60
  61 my %options = (debug           => 0,
  62                help            => 0,
  63                man             => 0,
  64                color           => 1,
  65                org_mode        => 0,
  66                );
  67
  68 GetOptions(\%options,
  69            'color|c!',
  70            'org_mode|org-mode',
  71            'pmid_only|pmid-only',
  72            'debug|d+','help|h|?','man|m');
  73
  74 pod2usage() if $options{help};
  75 pod2usage({verbose=>2}) if $options{man};
  76
  77 $DEBUG = $options{debug};
  78
  79 my @USAGE_ERRORS;
  80 if (not @ARGV) {
  81     push @USAGE_ERRORS,"You must pass something";
  82 }
  83
  84 pod2usage(join("\n",@USAGE_ERRORS)) if @USAGE_ERRORS;
  85
  86
  87 my $search = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil => 'esearch',
  88                                       -email => 'don@donarmstrong.com',
  89                                       -db    => 'pubmed',
  90                                       -term => join(' ',@ARGV),
  91                                       -retmax => 1000,
  92                                      );
  93 my @ids = $search->get_ids();
  94 if ($options{org_mode}) {
  95     print "* Pubmed search results for ".join(' ',@ARGV)." (".scalar(@ids).")\n";
  96     print "  + ";
  97 } elsif ($options{pmid_only}) {
  98     print map{qq($_\n)} @ids;
  99     exit 0;
 100 }
 101 print scalar(@ids)." results:\n";
 102 exit 0 unless @ids;
 103 my $esummary = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil => 'efetch',
 104                                         -email => 'don@donarmstrong.com',
 105                                         -db    => 'pubmed',
 106                                         -id  => \@ids
 107                                        );
 108 use XML::LibXML;
 109 my $xml = XML::LibXML->load_xml(string => $esummary->get_Response()->content());
 110 for my $article ($xml->findnodes('PubmedArticleSet/PubmedArticle/MedlineCitation')) {
 111     # print $article->toString;
 112     my ($pmid) = $article->findnodes('./PMID');
 113     my ($title) = $article->findnodes('./Article/ArticleTitle');
 114     my ($abstract) = $article->findnodes('./Article/Abstract');
 115     if ($options{org_mode}) {
 116         print "** PMID: ";
 117     }
 118     print BOLD GREEN if $options{color};
 119     print $pmid->textContent();
 120     print ": ";
 121     print RESET if $options{color};
 122     print BOLD CYAN if $options{color};
 123     print encode_utf8($title->textContent())."\n";
 124     print RESET if $options{color};
 125     print BOLD MAGENTA if $options{color};
 126     if (defined $abstract) {
 127         if ($options{org_mode}) {
 128             print "*** Abstract\n";
 129         }
 130         $abstract = $abstract->textContent();
 131         $abstract =~ s/^\s*//mg;
 132         $abstract =~ s/(.{,80})\s/$1\n/g;
 133         $abstract = encode_utf8($abstract);
 134         print wrap('','',$abstract);
 135         print "\n\n";
 136         print RESET if $options{color};
 137     }
 138 }
 139
 140 __END__