pubmed_search

   1 #! /usr/bin/perl
   2 # , and is released
   3 # under the terms of the GPL version 2, or any later version, at your
   4 # option. See the file README and COPYING for more information.
   5 # Copyright 2011 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
   6 # $Id: perl_script 1825 2011-01-02 01:53:43Z don $
   7
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12 use Getopt::Long;
  13 use Pod::Usage;
  14
  15 use Bio::DB::EUtilities;
  16
  17 use Encode qw(encode_utf8);
  18 use Term::ANSIColor qw(:constants);
  19 use Text::Wrap;
  20
  21
  22 =head1 NAME
  23
  24 pubmed_search -
  25
  26 =head1 SYNOPSIS
  27
  28  pubmed_search [options] [searchterms]
  29
  30  Options:
  31   --debug, -d debugging level (Default 0)
  32   --help, -h display this help
  33   --man, -m display manual
  34
  35 =head1 OPTIONS
  36
  37 =over
  38
  39 =item B<--debug, -d>
  40
  41 Debug verbosity. (Default 0)
  42
  43 =item B<--help, -h>
  44
  45 Display brief usage information.
  46
  47 =item B<--man, -m>
  48
  49 Display this manual.
  50
  51 =back
  52
  53 =head1 EXAMPLES
  54
  55
  56 =cut
  57
  58
  59 use vars qw($DEBUG);
  60
  61 my %options = (debug           => 0,
  62                help            => 0,
  63                man             => 0,
  64                );
  65
  66 GetOptions(\%options,
  67            'debug|d+','help|h|?','man|m');
  68
  69 pod2usage() if $options{help};
  70 pod2usage({verbose=>2}) if $options{man};
  71
  72 $DEBUG = $options{debug};
  73
  74 my @USAGE_ERRORS;
  75 if (not @ARGV) {
  76     push @USAGE_ERRORS,"You must pass something";
  77 }
  78
  79 pod2usage(join("\n",@USAGE_ERRORS)) if @USAGE_ERRORS;
  80
  81
  82 my $search = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil => 'esearch',
  83                                        -email => 'don@donarmstrong.com',
  84                                        -db    => 'pubmed',
  85                                        -term => join(' ',@ARGV),
  86                                        -retmax => 1000,
  87                                       );
  88 my @ids = $search->get_ids();
  89 print scalar(@ids)." results:\n";
  90 my $esummary = Bio::DB::EUtilities->new(-eutil => 'efetch',
  91                                         -email => 'don@donarmstrong.com',
  92                                         -db    => 'pubmed',
  93                                         -id  => \@ids
  94                                        );
  95 use XML::LibXML;
  96 my $xml = XML::LibXML->load_xml(string => $esummary->get_Response()->content());
  97 for my $article ($xml->findnodes('PubmedArticleSet/PubmedArticle/MedlineCitation')) {
  98     # print $article->toString;
  99     my ($pmid) = $article->findnodes('./PMID');
 100     my ($title) = $article->findnodes('./Article/ArticleTitle');
 101     my ($abstract) = $article->findnodes('./Article/Abstract');
 102     print BOLD GREEN;
 103     print $pmid->textContent();
 104     print ": ";
 105     print RESET;
 106     print BOLD CYAN;
 107     print $title->textContent()."\n";
 108     print RESET;
 109     print BOLD MAGENTA;
 110     $abstract = $abstract->textContent();
 111     $abstract =~ s/^\s*//mg;
 112     $abstract =~ s/(.{,80})\s/$1\n/g;
 113     $abstract = encode_utf8($abstract);
 114     print wrap('','',$abstract);
 115     print "\n\n";
 116     print RESET;
 117 }
 118
 119 __END__