pubmed_search

   1 #! /usr/bin/perl
   2 # , and is released
   3 # under the terms of the GPL version 2, or any later version, at your
   4 # option. See the file README and COPYING for more information.
   5 # Copyright 2011 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
   6 # $Id: perl_script 1825 2011-01-02 01:53:43Z don $
   7
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12 use Getopt::Long;
  13 use Pod::Usage;
  14
  15 use Bio::DB::SoapEUtilities;
  16
  17 use Encode qw(encode_utf8);
  18 use Term::ANSIColor qw(:constants);
  19 use Text::Wrap;
  20
  21
  22 =head1 NAME
  23
  24 pubmed_search - Search for articles on pubmed
  25
  26 =head1 SYNOPSIS
  27
  28  pubmed_search [options] [searchterms]
  29
  30  Options:
  31   --debug, -d debugging level (Default 0)
  32   --help, -h display this help
  33   --man, -m display manual
  34
  35 =head1 OPTIONS
  36
  37 =over
  38
  39 =item B<--debug, -d>
  40
  41 Debug verbosity. (Default 0)
  42
  43 =item B<--help, -h>
  44
  45 Display brief usage information.
  46
  47 =item B<--man, -m>
  48
  49 Display this manual.
  50
  51 =back
  52
  53 =head1 EXAMPLES
  54
  55
  56 =cut
  57
  58
  59 use vars qw($DEBUG);
  60
  61 my %options = (debug           => 0,
  62                help            => 0,
  63                man             => 0,
  64                color           => 1,
  65                org_mode        => 0,
  66                );
  67
  68 GetOptions(\%options,
  69            'color|c!',
  70            'org_mode|org-mode',
  71            'pmid_only|pmid-only',
  72            'debug|d+','help|h|?','man|m');
  73
  74 pod2usage() if $options{help};
  75 pod2usage({verbose=>2}) if $options{man};
  76
  77 $DEBUG = $options{debug};
  78
  79 my @USAGE_ERRORS;
  80 if (not @ARGV) {
  81     push @USAGE_ERRORS,"You must pass something";
  82 }
  83
  84 pod2usage(join("\n",@USAGE_ERRORS)) if @USAGE_ERRORS;
  85
  86
  87 my $fac = Bio::DB::SoapEUtilities->new();
  88
  89 my $result = $fac->esearch(-email => 'don@donarmstrong.com',
  90                            -db    => 'pubmed',
  91                            -term => join(' ',@ARGV),
  92                            -retmax => 1000,
  93                           )->run();
  94 my @ids = $result->ids;
  95 if (@ids > 0 and ref($ids[0])) {
  96     @ids = @{$ids[0]};
  97 }
  98 if ($options{org_mode}) {
  99     print "* Pubmed search results for ".join(' ',@ARGV)." (".scalar(@ids).")\n";
 100     print "  + ";
 101 } elsif ($options{pmid_only}) {
 102     print map{qq($_\n)} @ids;
 103     exit 0;
 104 }
 105 print scalar(@ids)." results:\n";
 106 exit 0 unless @ids;
 107 my $raw_xml = $fac->efetch(-email => 'don@donarmstrong.com',
 108                            -db    => 'pubmed',
 109                            -id  => \@ids
 110                           )->run(-raw_xml => 1);
 111 use XML::LibXML;
 112 my $xml = XML::LibXML->load_xml(string => $raw_xml);
 113 print STDERR $xml->toString if $DEBUG;
 114 for my $article ($xml->findnodes(q{//*[local-name()='MedlineCitation']})) {
 115     print STDERR $article->toString if $DEBUG;
 116     my ($pmid) = $article->findnodes(q{./*[local-name()='PMID']});
 117     my ($title) = $article->findnodes(q{./*[local-name()='Article']}.
 118                                       q{/*[local-name()='ArticleTitle']});
 119     my ($abstract) = $article->findnodes(q{./*[local-name()='Article']}.
 120                                          q{/*[local-name()='Abstract']});
 121     if ($options{org_mode}) {
 122         print "** PMID: ";
 123     }
 124     print BOLD GREEN if $options{color};
 125     print $pmid->textContent();
 126     print ": ";
 127     print RESET if $options{color};
 128     print BOLD CYAN if $options{color};
 129     print encode_utf8($title->textContent())."\n";
 130     print RESET if $options{color};
 131     print BOLD MAGENTA if $options{color};
 132     if (defined $abstract) {
 133         if ($options{org_mode}) {
 134             print "*** Abstract\n";
 135         }
 136         $abstract = $abstract->textContent();
 137         $abstract =~ s/^\s*//mg;
 138         $abstract =~ s/(.{,80})\s/$1\n/g;
 139         $abstract = encode_utf8($abstract);
 140         print wrap('','',$abstract);
 141         print "\n\n";
 142         print RESET if $options{color};
 143     }
 144 }
 145
 146 __END__