pubmed_search

   1 #! /usr/bin/perl
   2 # pubmed_search searches for articles on pubmed, and is released
   3 # under the terms of the GPL version 2, or any later version, at your
   4 # option. See the file README and COPYING for more information.
   5 # Copyright 2011,2017 by Don Armstrong <don@donarmstrong.com>.
   6
   7
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12 use Getopt::Long;
  13 use Pod::Usage;
  14
  15 use Bio::DB::EUtilities;
  16
  17 use Encode qw(encode_utf8);
  18 use Term::ANSIColor qw(:constants);
  19 use Text::Wrap;
  20
  21
  22 =head1 NAME
  23
  24 pubmed_search - Search for articles on pubmed
  25
  26 =head1 SYNOPSIS
  27
  28  pubmed_search [options] [searchterms]
  29
  30  Options:
  31   --debug, -d debugging level (Default 0)
  32   --help, -h display this help
  33   --man, -m display manual
  34
  35 =head1 OPTIONS
  36
  37 =over
  38
  39 =item B<--debug, -d>
  40
  41 Debug verbosity. (Default 0)
  42
  43 =item B<--help, -h>
  44
  45 Display brief usage information.
  46
  47 =item B<--man, -m>
  48
  49 Display this manual.
  50
  51 =back
  52
  53 =head1 EXAMPLES
  54
  55
  56 =cut
  57
  58
  59 use vars qw($DEBUG);
  60
  61 my %options = (debug           => 0,
  62                help            => 0,
  63                man             => 0,
  64                color           => 1,
  65                org_mode        => 0,
  66                abstract        => 1,
  67               );
  68
  69 GetOptions(\%options,
  70            'color|c!',
  71            'org_mode|org-mode',
  72            'pmid_only|pmid-only',
  73            'abstract|abstracts|a!',
  74            'debug|d+','help|h|?','man|m');
  75
  76 pod2usage() if $options{help};
  77 pod2usage({verbose=>2}) if $options{man};
  78
  79 $DEBUG = $options{debug};
  80
  81 my @USAGE_ERRORS;
  82 if (not @ARGV) {
  83     push @USAGE_ERRORS,"You must pass something";
  84 }
  85
  86 pod2usage(join("\n",@USAGE_ERRORS)) if @USAGE_ERRORS;
  87
  88
  89 my $result =
  90     Bio::DB::EUtilities->new(-email => 'don@donarmstrong.com',
  91                              -db    => 'pubmed',
  92                              -term => join(' ',@ARGV),
  93                              -retmax => 1000,
  94                              -eutil  => 'esearch',
  95                             );
  96 my @ids;
  97 eval {
  98     # this warns for everything, so hide the warning.
  99     local $SIG{__WARN__} = sub {};
 100     @ids = $result->get_ids('pubmed')
 101 };
 102 if (not @ids) {
 103     print "No results\n";
 104     exit;
 105 }
 106 if (@ids > 0 and ref($ids[0])) {
 107     @ids = @{$ids[0]};
 108 }
 109 if ($options{org_mode}) {
 110     print "* Pubmed search results for ".join(' ',@ARGV)." (".scalar(@ids).")\n";
 111     print "  + ";
 112 } elsif ($options{pmid_only}) {
 113     print map{qq($_\n)} @ids;
 114     exit 0;
 115 }
 116 print scalar(@ids)." results:\n";
 117 exit 0 unless @ids;
 118 my $raw_xml = Bio::DB::EUtilities->new(-email => 'don@donarmstrong.com',
 119                                        -db    => 'pubmed',
 120                                        -id  => \@ids,
 121                                        -eutil => 'efetch',
 122                                       );
 123 use XML::LibXML;
 124 my $xml = XML::LibXML->load_xml(string => $raw_xml->get_Response->content);
 125 print STDERR $xml->toString if $DEBUG;
 126 for my $article ($xml->findnodes(q{//*[local-name()='MedlineCitation']})) {
 127     print STDERR $article->toString if $DEBUG;
 128     my ($pmid) = $article->findnodes(q{./*[local-name()='PMID']});
 129     my ($title) = $article->findnodes(q{./*[local-name()='Article']}.
 130                                       q{/*[local-name()='ArticleTitle']});
 131     my ($abstract) = $article->findnodes(q{./*[local-name()='Article']}.
 132                                          q{/*[local-name()='Abstract']});
 133     if ($options{org_mode}) {
 134         print "** PMID: ";
 135     }
 136     print BOLD GREEN if $options{color};
 137     print $pmid->textContent();
 138     print ": ";
 139     print RESET if $options{color};
 140     print BOLD CYAN if $options{color};
 141     print encode_utf8($title->textContent())."\n";
 142     print RESET if $options{color};
 143     if (defined $abstract and $options{abstract}) {
 144         print BOLD MAGENTA if $options{color};
 145         if ($options{org_mode}) {
 146             print "*** Abstract\n";
 147         }
 148         $abstract = $abstract->textContent();
 149         $abstract =~ s/^\s*//mg;
 150         $abstract =~ s/(.{,80})\s/$1\n/g;
 151         $abstract = encode_utf8($abstract);
 152         print wrap('','',$abstract);
 153         print "\n\n";
 154         print RESET if $options{color};
 155     }
 156 }
 157
 158 __END__