src/toolkit/bamtools_split.h

   1 // ***************************************************************************
   2 // bamtools_split.h (c) 2010 Derek Barnett, Erik Garrison
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
   4 // All rights reserved.
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   6 // Last modified: 21 March 2011 (DB)
   7 // ---------------------------------------------------------------------------
   8 // Splits a BAM file on user-specified property, creating a new BAM output
   9 // file for each value found.
  10 // ***************************************************************************
  11
  12 #ifndef BAMTOOLS_SPLIT_H
  13 #define BAMTOOLS_SPLIT_H
  14
  15 #include "bamtools_tool.h"
  16
  17 namespace BamTools {
  18
  19 class SplitTool : public AbstractTool {
  20
  21     public:
  22         SplitTool(void);
  23         ~SplitTool(void);
  24
  25     public:
  26         int Help(void);
  27         int Run(int argc, char* argv[]);
  28
  29     private:
  30         struct SplitSettings;
  31         SplitSettings* m_settings;
  32
  33         struct SplitToolPrivate;
  34         SplitToolPrivate* m_impl;
  35 };
  36
  37 } // namespace BamTools
  38
  39 #endif // BAMTOOLS_SPLIT_H