src/api/SamConstants.h

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   2 // SamConstants.h (c) 2010 Derek Barnett
   3 // Marth Lab, Department of Biology, Boston College
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   5 // Last modified: 27 March 2012 (DB)
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   7 // Provides constants for SAM header
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   9
  10 #ifndef SAM_CONSTANTS_H
  11 #define SAM_CONSTANTS_H
  12
  13 #include "api/api_global.h"
  14 #include <string>
  15
  16 namespace BamTools {
  17 namespace Constants {
  18
  19 // basic char constants used in SAM format
  20 const char SAM_COLON  = ':';
  21 const char SAM_EQUAL  = '=';
  22 const char SAM_PERIOD = '.';
  23 const char SAM_STAR   = '*';
  24 const char SAM_TAB    = '\t';
  25 const std::string SAM_DIGITS = "0123456789";
  26
  27 const std::string SAM_CURRENT_VERSION = "1.4";
  28
  29 // HD entries
  30 const std::string SAM_HD_BEGIN_TOKEN    = "@HD";
  31 const std::string SAM_HD_VERSION_TAG    = "VN";
  32 const std::string SAM_HD_SORTORDER_TAG  = "SO";
  33 const std::string SAM_HD_GROUPORDER_TAG = "GO";
  34
  35 // SQ entries
  36 const std::string SAM_SQ_BEGIN_TOKEN    = "@SQ";
  37 const std::string SAM_SQ_ASSEMBLYID_TAG = "AS";
  38 const std::string SAM_SQ_CHECKSUM_TAG   = "M5";
  39 const std::string SAM_SQ_LENGTH_TAG     = "LN";
  40 const std::string SAM_SQ_NAME_TAG       = "SN";
  41 const std::string SAM_SQ_SPECIES_TAG    = "SP";
  42 const std::string SAM_SQ_URI_TAG        = "UR";
  43
  44 // RG entries
  45 const std::string SAM_RG_BEGIN_TOKEN             = "@RG";
  46 const std::string SAM_RG_DESCRIPTION_TAG         = "DS";
  47 const std::string SAM_RG_FLOWORDER_TAG           = "FO";
  48 const std::string SAM_RG_ID_TAG                  = "ID";
  49 const std::string SAM_RG_KEYSEQUENCE_TAG         = "KS";
  50 const std::string SAM_RG_LIBRARY_TAG             = "LB";
  51 const std::string SAM_RG_PLATFORMUNIT_TAG        = "PU";
  52 const std::string SAM_RG_PREDICTEDINSERTSIZE_TAG = "PI";
  53 const std::string SAM_RG_PRODUCTIONDATE_TAG      = "DT";
  54 const std::string SAM_RG_PROGRAM_TAG             = "PG";
  55 const std::string SAM_RG_SAMPLE_TAG              = "SM";
  56 const std::string SAM_RG_SEQCENTER_TAG           = "CN";
  57 const std::string SAM_RG_SEQTECHNOLOGY_TAG       = "PL";
  58
  59 // PG entries
  60 const std::string SAM_PG_BEGIN_TOKEN         = "@PG";
  61 const std::string SAM_PG_COMMANDLINE_TAG     = "CL";
  62 const std::string SAM_PG_ID_TAG              = "ID";
  63 const std::string SAM_PG_NAME_TAG            = "PN";
  64 const std::string SAM_PG_PREVIOUSPROGRAM_TAG = "PP";
  65 const std::string SAM_PG_VERSION_TAG         = "VN";
  66
  67 // CO entries
  68 const std::string SAM_CO_BEGIN_TOKEN = "@CO";
  69
  70 // HD:SO values
  71 const std::string SAM_HD_SORTORDER_COORDINATE = "coordinate";
  72 const std::string SAM_HD_SORTORDER_QUERYNAME  = "queryname";
  73 const std::string SAM_HD_SORTORDER_UNKNOWN    = "unknown";
  74 const std::string SAM_HD_SORTORDER_UNSORTED   = "unsorted";
  75
  76 // HD:GO values
  77 const std::string SAM_HD_GROUPORDER_NONE      = "none";
  78 const std::string SAM_HD_GROUPORDER_QUERY     = "query";
  79 const std::string SAM_HD_GROUPORDER_REFERENCE = "reference";
  80
  81 // SQ:LN values
  82 const unsigned int SAM_SQ_LENGTH_MIN = 1;
  83 const unsigned int SAM_SQ_LENGTH_MAX = 536870911; // 2^29 - 1
  84
  85 // RG:PL values
  86 const std::string SAM_RG_SEQTECHNOLOGY_CAPILLARY  = "CAPILLARY";
  87 const std::string SAM_RG_SEQTECHNOLOGY_HELICOS    = "HELICOS";
  88 const std::string SAM_RG_SEQTECHNOLOGY_ILLUMINA   = "ILLUMINA";
  89 const std::string SAM_RG_SEQTECHNOLOGY_IONTORRENT = "IONTORRENT";
  90 const std::string SAM_RG_SEQTECHNOLOGY_LS454      = "LS454";
  91 const std::string SAM_RG_SEQTECHNOLOGY_PACBIO     = "PACBIO";
  92 const std::string SAM_RG_SEQTECHNOLOGY_SOLID      = "SOLID";
  93
  94 } // namespace Constants
  95 } // namespace BamTools
  96
  97 #endif // SAM_CONSTANTS_H