man/as.phylo.formula.Rd

   1 \name{as.phylo.formula}
   2 \alias{as.phylo.formula}
   3 \title{ Conversion from Taxonomy Variables to Phylogenetic Trees }
   4 \description{
   5   The function \code{as.phylo.formula} (short form \code{as.phylo})
   6   builds a phylogenetic tree (an object of class \code{phylo}) from
   7   a set of nested taxonomic variables.
   8 }
   9 \usage{
  10 \method{as.phylo}{formula}(x, data = parent.frame(), ...)
  11 }
  12 \arguments{
  13   \item{x}{ a right-side formula describing the taxonomic relationship: \code{~C1/C2/.../Cn}. }
  14   \item{data}{ the data.frame where to look for the variables (default to environment). }
  15   \item{\dots}{ further arguments to be passed from other methods.}
  16 }
  17 \details{
  18   Taxonomic variables must be nested and passed in the correct order: the higher clade must be on the left of the formula, for instance \code{~Order/Family/Genus/Species}.
  19         In most cases, the resulting tree will be unresolved and contain polytomies.
  20 }
  21 \value{
  22   An object of class \code{phylo}.
  23 }
  24 \author{Julien Dutheil \email{Julien.Dutheil@univ-montp2.fr}}
  25 \seealso{ \code{\link{as.phylo}}, \code{\link{read.tree}} for a description of \code{phylo} objects, \code{\link{multi2di}} }
  26 \examples{
  27 data(carnivora)
  28 plot(as.phylo(~SuperFamily/Family/Genus/Species, data=carnivora))
  29 }
  30 \keyword{manip}