man/ape-defunct.Rd

   1 \name{ape-defunct}
   2 \alias{klastorin}
   3 \alias{heterozygosity}
   4 \alias{H}
   5 \alias{nuc.div}
   6 \alias{theta.h}
   7 \alias{theta.k}
   8 \alias{theta.s}
   9 \title{Defunct Ape Functions}
  10 \description{
  11   These functions have been removed from \pkg{ape} or moved to another
  12   package.
  13 }
  14 \usage{
  15 klastorin(phy)
  16 heterozygosity(x, variance = FALSE)
  17 H(x, variance = FALSE)
  18 nuc.div(x, variance = FALSE, pairwise.deletion = FALSE)
  19 theta.h(x, standard.error = FALSE)
  20 theta.k(x, n = NULL, k = NULL)
  21 theta.s(s, n, variance = FALSE)
  22 }
  23 \details{
  24   \code{klastorin} has been removed because it does not seem to be used
  25   and this helped to clear some internal C code (this function may be
  26   put back with a different coding).
  27
  28   \code{heterozygosity}, \code{nuc.div}, \code{theta.h}, \code{theta.k}
  29   and \code{theta.s} have been moved to \pkg{pegas}.
  30 }
  31 \keyword{internal}