@code{\\fermata} articulation instead of a markup.
@lilypond[verbatim,quote]
- { c1^\\markup \\fermata d1_\\markup \\fermata }
+ { c''1^\\markup \\fermata d''1_\\markup \\fermata }
\\markup { \\fermata \\override #`(direction . ,DOWN) \\fermata }
@end lilypond