]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/blobdiff - mothurout.cpp
added uchime_src folder. added biom parameter to make.shared. added biom as a current...
[mothur.git] / mothurout.cpp
index 25e534e43880497955512ce7dc2240adf99157e9..ae4cb524cba877f5a9ec843e1686569032c6528d 100644 (file)
@@ -40,6 +40,7 @@ void MothurOut::printCurrentFiles()  {
                if (taxonomyfile != "")         {  mothurOut("taxonomy=" + taxonomyfile); mothurOutEndLine();           }
                if (treefile != "")                     {  mothurOut("tree=" + treefile); mothurOutEndLine();                           }
                if (flowfile != "")                     {  mothurOut("flow=" + flowfile); mothurOutEndLine();                           }
+        if (biomfile != "")                    {  mothurOut("biom=" + biomfile); mothurOutEndLine();                           }
                if (processors != "1")          {  mothurOut("processors=" + processors); mothurOutEndLine();           }
                
        }
@@ -73,6 +74,7 @@ bool MothurOut::hasCurrentFiles()  {
                if (taxonomyfile != "")         {  return true;                 }
                if (treefile != "")                     {  return true;                 }
                if (flowfile != "")                     {  return true;                 }
+        if (biomfile != "")                    {  return true;                 }
                if (processors != "1")          {  return true;                 }
                
                return hasCurrent;
@@ -107,6 +109,7 @@ void MothurOut::clearCurrentFiles()  {
                accnosfile = "";
                taxonomyfile = "";      
                flowfile = "";
+        biomfile = "";
                processors = "1";
        }
        catch(exception& e) {
@@ -143,7 +146,7 @@ void MothurOut::setDefaultPath(string pathname)  {
        
                //add / to name if needed
                string lastChar = pathname.substr(pathname.length()-1);
-               #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
+               #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)
                        if (lastChar != "/") { pathname += "/"; }
                #else
                        if (lastChar != "\\") { pathname += "\\"; }     
@@ -334,7 +337,7 @@ void MothurOut::errorOut(exception& e, string object, string function) {
 //
 // On failure, returns 0.0, 0.0
 int MothurOut::mem_usage(double& vm_usage, double& resident_set) {
-  #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
+  #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)
   
           vm_usage     = 0.0;
           resident_set = 0.0;
@@ -506,7 +509,7 @@ string MothurOut::getline(ifstream& fileHandle) {
 }
 /***********************************************************************/
 
-#if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
+#if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)
 #ifdef USE_COMPRESSION
 inline bool endsWith(string s, const char * suffix){
   size_t suffixLength = strlen(suffix);
@@ -520,7 +523,7 @@ string MothurOut::getRootName(string longName){
        
                string rootName = longName;
 
-#if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
+#if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)
 #ifdef USE_COMPRESSION
     if (endsWith(rootName, ".gz") || endsWith(rootName, ".bz2")) {
       int pos = rootName.find_last_of('.');
@@ -598,6 +601,48 @@ string MothurOut::getPathName(string longName){
 }
 /***********************************************************************/
 
+bool MothurOut::dirCheck(string& dirName){
+       try {
+        
+        string tag = "";
+        #ifdef USE_MPI
+            int pid; 
+            MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &pid); //find out who we are
+               
+            tag = toString(pid);
+        #endif
+
+        //add / to name if needed
+        string lastChar = dirName.substr(dirName.length()-1);
+        #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)
+        if (lastChar != "/") { dirName += "/"; }
+        #else
+        if (lastChar != "\\") { dirName += "\\"; }     
+        #endif
+
+        //test to make sure directory exists
+        dirName = getFullPathName(dirName);
+        string outTemp = dirName + tag + "temp";
+        ofstream out;
+        out.open(outTemp.c_str(), ios::trunc);
+        if(!out) {
+            mothurOut(dirName + " directory does not exist or is not writable."); mothurOutEndLine(); 
+        }else{
+            out.close();
+            mothurRemove(outTemp);
+            return true;
+        }
+        
+        return false;
+    }
+       catch(exception& e) {
+               errorOut(e, "MothurOut", "dirCheck");
+               exit(1);
+       }       
+    
+}
+/***********************************************************************/
+
 string MothurOut::hasPath(string longName){
        try {
                string path = "";
@@ -621,7 +666,7 @@ string MothurOut::hasPath(string longName){
 
 string MothurOut::getExtension(string longName){
        try {
-               string extension = longName;
+               string extension = "";
                
                if(longName.find_last_of('.') != longName.npos){
                        int pos = longName.find_last_of('.');
@@ -675,7 +720,7 @@ string MothurOut::getFullPathName(string fileName){
                                
                string cwd;
                //get current working directory 
-               #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)   
+               #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)  
                        
                        if (path.find("~") != -1) { //go to home directory
                                string homeDir;
@@ -798,7 +843,7 @@ int MothurOut::openInputFile(string fileName, ifstream& fileHandle, string m){
        try {
                        //get full path name
                        string completeFileName = getFullPathName(fileName);
-#if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
+#if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)
 #ifdef USE_COMPRESSION
       // check for gzipped or bzipped file
       if (endsWith(completeFileName, ".gz") || endsWith(completeFileName, ".bz2")) {
@@ -844,7 +889,7 @@ int MothurOut::openInputFile(string fileName, ifstream& fileHandle){
 
                //get full path name
                string completeFileName = getFullPathName(fileName);
-#if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
+#if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)
 #ifdef USE_COMPRESSION
   // check for gzipped or bzipped file
   if (endsWith(completeFileName, ".gz") || endsWith(completeFileName, ".bz2")) {
@@ -895,7 +940,7 @@ int MothurOut::renameFile(string oldName, string newName){
                int exist = openInputFile(newName, inTest, "");
                inTest.close();
                
-       #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)           
+       #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)          
                if (exist == 0) { //you could open it so you want to delete it
                        string command = "rm " + newName;
                        system(command.c_str());
@@ -922,7 +967,7 @@ int MothurOut::openOutputFile(string fileName, ofstream& fileHandle){
        try { 
        
                string completeFileName = getFullPathName(fileName);
-#if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
+#if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)
 #ifdef USE_COMPRESSION
     // check for gzipped file
     if (endsWith(completeFileName, ".gz") || endsWith(completeFileName, ".bz2")) {
@@ -972,7 +1017,8 @@ int MothurOut::appendFiles(string temp, string filename) {
                
                int numLines = 0;
                if (ableToOpen == 0) { //you opened it
-                       while(char c = input.get()){
+                       while(!input.eof()){
+                char c = input.get();
                                if(input.eof())         {       break;                  }
                                else                            {       output << c;    if (c == '\n') {numLines++;} }
                        }
@@ -998,7 +1044,7 @@ string MothurOut::sortFile(string distFile, string outputDir){
 
                
                //if you can, use the unix sort since its been optimized for years
-               #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
+               #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)
                        string command = "sort -n -k +3 " + distFile + " -o " + outfile;
                        system(command.c_str());
                #else //you are stuck with my best attempt...
@@ -1201,7 +1247,7 @@ vector<unsigned long long> MothurOut::divideFile(string filename, int& proc) {
                        fclose (pFile);
                }
                
-       #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux)
+       #if defined (__APPLE__) || (__MACH__) || (linux) || (__linux) || (__linux__) || (__unix__) || (__unix)
                                
                //estimate file breaks
                unsigned long long chunkSize = 0;
@@ -1351,7 +1397,7 @@ int MothurOut::readNames(string namefile, map<string, string>& nameMap) {
                }
                in.close();
                
-               return 0;
+               return nameMap.size();
                
        }
        catch(exception& e) {
@@ -1380,7 +1426,7 @@ int MothurOut::readNames(string namefile, map<string, vector<string> >& nameMap)
                }
                in.close();
                
-               return 0;
+               return nameMap.size();
                
        }
        catch(exception& e) {
@@ -1919,6 +1965,25 @@ void MothurOut::splitAtComma(string& estim, vector<string>& container) {
                exit(1);
        }       
 }
+/***********************************************************************/
+//This function splits up the various option parameters
+void MothurOut::splitAtChar(string& prefix, string& suffix, char c){
+       try {
+               prefix = suffix.substr(0,suffix.find_first_of(c));
+               if ((suffix.find_first_of(c)+2) <= suffix.length()) {  //checks to make sure you don't have comma at end of string
+                       suffix = suffix.substr(suffix.find_first_of(c)+1, suffix.length());
+                       string space = " ";
+                       while(suffix.at(0) == ' ')
+                               suffix = suffix.substr(1, suffix.length());
+               }
+        
+       }
+       catch(exception& e) {
+               errorOut(e, "MothurOut", "splitAtComma");
+               exit(1);
+       }       
+}
+
 /***********************************************************************/
 
 //This function splits up the various option parameters