makefile

   1 ###################################################
   2 #
   3 # Makefile for mothur
   4 # Created: June 29, 2010
   5 #
   6 ###################################################
   7
   8 #
   9 # Macros
  10 #
  11
  12 USEMPI ?= no
  13 64BIT_VERSION ?= yes
  14 USEREADLINE ?= yes
  15 CYGWIN_BUILD ?= no
  16 USECOMPRESSION ?= no
  17 MOTHUR_FILES="\"Enter_your_default_path_here\""
  18 RELEASE_DATE = "\"7/9/2012\""
  19 VERSION = "\"1.26.0\""
  20 FORTAN_COMPILER = gfortran
  21 FORTRAN_FLAGS =
  22
  23 # Optimize to level 3:
  24 CXXFLAGS += -O3
  25
  26 ifeq  ($(strip $(64BIT_VERSION)),yes)
  27         #if you are using centos uncomment the following lines
  28         #CXX = g++44
  29
  30         #if you are a mac user use the following line
  31         TARGET_ARCH += -arch x86_64
  32
  33         #if you using cygwin to build Windows the following line
  34         #CXX = x86_64-w64-mingw32-g++
  35         #CC = x86_64-w64-mingw32-g++
  36         #FORTAN_COMPILER = x86_64-w64-mingw32-gfortran
  37         #TARGET_ARCH += -m64 -static
  38
  39         #if you are a linux user use the following line
  40         #CXXFLAGS += -mtune=native -march=native -m64
  41
  42         CXXFLAGS += -DBIT_VERSION
  43     FORTRAN_FLAGS = -m64
  44 endif
  45
  46
  47 CXXFLAGS += -DRELEASE_DATE=${RELEASE_DATE} -DVERSION=${VERSION}
  48
  49 ifeq  ($(strip $(MOTHUR_FILES)),"\"Enter_your_default_path_here\"")
  50 else
  51         CXXFLAGS += -DMOTHUR_FILES=${MOTHUR_FILES}
  52 endif
  53
  54 ifeq  ($(strip $(CYGWIN_BUILD)),yes)
  55     CXXFLAGS += -mno-cygwin
  56     LDFLAGS += -mno-cygwin
  57 endif
  58
  59 # if you do not want to use the readline library, set this to no.
  60 # make sure you have the library installed
  61
  62
  63 ifeq  ($(strip $(USEREADLINE)),yes)
  64     CXXFLAGS += -DUSE_READLINE
  65     LIBS = \
  66       -lreadline\
  67       -lncurses
  68 endif
  69
  70
  71 ifeq  ($(strip $(USEMPI)),yes)
  72     CXX = mpic++
  73     CXXFLAGS += -DUSE_MPI
  74 endif
  75
  76 # if you want to enable reading and writing of compressed files, set to yes.
  77 # The default is no.  this may only work on unix-like systems, not for windows.
  78
  79
  80 ifeq  ($(strip $(USECOMPRESSION)),yes)
  81   CXXFLAGS += -DUSE_COMPRESSION
  82 endif
  83
  84 #
  85 # INCLUDE directories for mothur
  86 #
  87
  88      CXXFLAGS += -I.
  89
  90 #
  91 # Get the list of all .cpp files, rename to .o files
  92 #
  93
  94 OBJECTS=$(patsubst %.cpp,%.o,$(wildcard *.cpp))
  95 OBJECTS+=$(patsubst %.c,%.o,$(wildcard *.c))
  96 OBJECTS+=$(patsubst %.f,%.o,$(wildcard *.f))
  97
  98 mothur : fortranSource $(OBJECTS) uchime
  99         $(CXX) $(LDFLAGS) $(TARGET_ARCH) -o $@ $(OBJECTS) $(LIBS)
 100
 101         strip mothur
 102
 103 uchime:
 104         cd uchime_src && ./mk && mv uchime .. && cd ..
 105
 106 fortranSource:
 107         ${FORTAN_COMPILER} -c $(FORTRAN_FLAGS) *.f
 108
 109 install : mothur
 110 #       cp mothur ../Release/mothur
 111
 112 %.o : %.c %.h
 113         $(COMPILE.c) $(OUTPUT_OPTION) $<
 114 %.o : %.cpp %.h
 115         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 116 %.o : %.cpp %.hpp
 117         $(COMPILE.cpp) $(OUTPUT_OPTION) $<
 118
 119
 120 clean :
 121         @rm -f $(OBJECTS)
 122         @rm -f uchime
 123