]> git.donarmstrong.com Git - lib.git/blob - emacs_el/configuration/don-configuration.org
use black
[lib.git] / emacs_el / configuration / don-configuration.org
1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
2 * Load debugger
3
4 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
5 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
6
7 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
8 (setq debug-on-event 'siguser2)
9 #+END_SRC
10 * Initial startup stuff
11 ** Disable startup screen
12 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
13   (setq inhibit-startup-screen t)
14 #+END_SRC
15 ** Disable cluter
16 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
17   ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
18   (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
19   (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
20 #+END_SRC
21 ** Fullscreen
22 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
23   (setq frame-resize-pixelwise t)
24   (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
25 #+END_SRC
26 * Package management
27 ** package repositories and package manager
28 Borrowed from https://github.com/nilcons/emacs-use-package-fast/ to
29 load  [[https://github.com/jwiegley/use-package/][use-package]] even faster
30 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
31   (eval-and-compile
32     ;; add /etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt so that we can
33     ;; download packages when we're on Debian hosts which chop down the
34     ;; list of available certificates
35     (require 'gnutls)
36     (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
37     (setq package-enable-at-startup nil)
38     (setq package--init-file-ensured t)
39     (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
40     (setq package-archives '(("gnu" . "https://elpa.gnu.org/packages/")
41                              ("melpa" . "https://melpa.org/packages/")
42                              ("org" . "http://orgmode.org/elpa/")))
43     (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file))))
44   (mapc #'(lambda (add) (add-to-list 'load-path add))
45     (eval-when-compile
46       (package-initialize)
47       (unless (package-installed-p 'use-package)
48         (package-refresh-contents)
49         (package-install 'use-package))
50       (let ((package-user-dir-real (file-truename package-user-dir)))
51         ;; The reverse is necessary, because outside we mapc
52         ;; add-to-list element-by-element, which reverses.
53         (nreverse (apply #'nconc
54                  ;; Only keep package.el provided loadpaths.
55                  (mapcar #'(lambda (path)
56                      (if (string-prefix-p package-user-dir-real path)
57                          (list path)
58                        nil))
59                      load-path))))))
60
61   ;;; fix up info paths for packages
62   (with-eval-after-load "info"
63     (info-initialize)
64     (dolist (dir (directory-files package-user-dir))
65       (let ((fdir (concat (file-name-as-directory package-user-dir) dir)))
66         (unless (or (member dir '("." ".." "archives" "gnupg"))
67                     (not (file-directory-p fdir))
68                     (not (file-exists-p (concat (file-name-as-directory fdir) "dir"))))
69           (add-to-list 'Info-directory-list fdir)))))
70
71
72   (eval-when-compile
73     (require 'use-package))
74   (require 'bind-key)
75   (require 'diminish)
76 #+END_SRC
77 ** Paradox
78 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
79   (use-package paradox
80     :ensure paradox
81     :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
82     :config
83     (setq paradox-execute-asynchronously t)
84     (setq paradox-github-token t) ; I don't want to be prompted about this integration
85     )
86 #+END_SRC
87 * Paths
88 ** Update PATH
89 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
90   (add-to-list 'exec-path '"/usr/local/bin")
91   (add-to-list 'exec-path '"~/bin/")
92 #+END_SRC
93 ** Add library paths
94
95 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
96   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
97   (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/magit-annex")
98 #+END_SRC
99 * Disable custom-vars
100 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
101   ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
102   (setq custom-file "/dev/null")
103 #+END_SRC
104 * Misc functions
105 ** with-library
106 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
107 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
108 ;; execute conditional code when loading libraries
109 (defmacro with-library (symbol &rest body)
110   `(when (require ,symbol nil t)
111      ,@body))
112 (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
113 #+END_SRC
114
115 * Variables
116 ** Safe Local Variables
117 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
118 (setq safe-local-variable-values
119       (quote ((auto-save-default)
120               (make-backup-files)
121               (cperl-indent-level . 4)
122               (indent-level . 4)
123               (indent-tabs-mode . f)
124               (vcl-indent-level . 4)
125               )))
126 #+END_SRC
127 * Memory
128 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
129   (setq global-mark-ring-max 128
130         mark-ring-max 128
131         kill-ring-max 128)
132
133   (defun don/minibuffer-setup-hook ()
134     (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
135
136   (defun don/minibuffer-exit-hook ()
137     (setq gc-cons-threshold 1048576))
138
139   (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
140   (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
141 #+END_SRC
142 * Modules
143 ** Spacemacs theme
144 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
145 (use-package spacemacs-common
146   :ensure spacemacs-theme
147   :config
148   (load-theme 'spacemacs-dark t)
149   )
150 #+END_SRC
151 ** Hippie Expand
152 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
153   (use-package hippie-exp
154     :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
155     )
156 #+END_SRC
157 ** Flyspell 🐝 
158 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
159   (use-package flyspell
160     :ensure t
161     :diminish flyspell-mode 🐝
162     :config
163     (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
164     (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
165     (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
166     (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
167     :init
168     (setq ispell-program-name "ispell")
169     )
170
171 #+END_SRC
172 ** Flymake
173 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
174   (use-package flymake
175     :diminish "Φ")
176 #+end_src
177
178 ** Winnermode
179 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
180   (winner-mode 1)
181 #+END_SRC
182 ** Eyebrowse
183
184 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
185   (use-package eyebrowse
186     :ensure t
187     :diminish eyebrowse-mode
188     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
189     :config (progn
190               (setq eyebrowse-wrap-around t)
191               (eyebrowse-mode t)
192
193               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
194                 (interactive)
195                 (let ((done nil))
196                   (dotimes (i 10)
197                     ;; start at 1 run till 0
198                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
199                       (when (and (not done)
200                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
201                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
202                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
203                         (setq done t)
204                         ))
205                     )))
206
207               ;; I don't use latex-preview-pane
208               ;; (require 'latex-preview-pane)
209               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
210               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
211               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
212               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
213               ;;   ;; edit the TeX file.
214               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
215               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
216
217               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
218               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
219
220               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
221               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
222               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
223               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
224               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
225               )
226     )
227 #+END_SRC
228
229 ** Window handling
230
231 *** Splitting
232 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
233   (defun my/vsplit-last-buffer ()
234     "Split the window vertically and display the previous buffer."
235     (interactive)
236     (split-window-vertically)
237     (other-window 1 nil)
238     (switch-to-next-buffer))
239
240   (defun my/hsplit-last-buffer ()
241     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
242     (interactive)
243     (split-window-horizontally)
244     (other-window 1 nil)
245     (switch-to-next-buffer))
246
247   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
248   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
249
250   (setq split-width-threshold  100)
251   (setq split-height-threshold 60)
252
253   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
254     "If there's only one window (excluding any possibly active
255            minibuffer), then split the current window horizontally."
256     (if (and (one-window-p t)
257              (not (active-minibuffer-window))
258              ( < (frame-width) (frame-height))
259              )
260         (let ((split-width-threshold nil))
261           (split-window-sensibly window))
262       (split-window-sensibly window)))
263
264   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
265   (setq window-combination-resize t)
266 #+END_SRC
267
268 *** Compilation window
269
270 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
271 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
272 the former case, if there was no error the window closes
273 automatically.
274
275 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
276   (add-to-list 'display-buffer-alist
277                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
278                  (display-buffer-reuse-window
279                   display-buffer-in-side-window)
280                  (reusable-frames . visible)
281                  (side            . bottom)
282                  (window-height   . 0.4)))
283 #+END_SRC
284
285 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
286   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
287     ;; If M-x compile exists with a 0
288     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
289       ;; and delete the *compilation* window
290       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
291         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
292                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
293                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
294           (delete-window compilation-window))))
295     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
296     (cons msg code))
297
298   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
299   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
300 #+END_SRC
301
302 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
303 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
304 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
305 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
306 value, scrolling continues until there is no more output.
307
308 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
309   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
310 #+END_SRC
311
312 ** Mode line cleaning
313 *** Diminish
314 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
315   (use-package diminish
316     :ensure t)
317 #+END_SRC
318
319 *** Delight 
320 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
321   (use-package delight
322     :ensure t)
323 #+END_SRC
324
325 ** Jumping
326 *** Avy
327 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
328   (use-package avy
329     :if (>= emacs-major-version 25)
330     :ensure t
331     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
332            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
333            ("M-g g" . avy-goto-line))
334     :config (progn (setq avy-background t))
335     )
336 #+END_SRC
337 *** Ace-link (jumping to links)
338 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
339   (use-package ace-link
340     :ensure t
341     ; bind o in most modes
342     :config (ace-link-setup-default))
343 #+END_SRC
344 *** Jumping through edit points (goto-chg)
345 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
346   (use-package goto-chg
347     :ensure t
348     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
349            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
350     )
351 #+END_SRC
352 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
353 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
354   (use-package bm
355     :ensure t
356     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
357            ("C-c j b ," . bm-previous)
358            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
359 #+END_SRC
360
361 ** Snippets
362 *** Yasnippet
363 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
364 (use-package yasnippet
365   :ensure t
366   :diminish yas-minor-mode
367   :config (progn
368             (yas-global-mode)
369             (setq yas-verbosity 1)
370             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
371             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
372             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") nil)
373             (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
374                                      "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
375             (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
376                              'yas-hippie-try-expand)
377             (yas-reload-all)
378             )
379   )
380 #+END_SRC
381 *** Auto-YASnippet
382 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
383   (use-package auto-yasnippet
384     :ensure t
385     :bind (("H-w" . aya-create)
386            ("H-y" . aya-expand)
387            )
388     )
389 #+END_SRC
390 ** Company
391 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
392 (use-package company
393   :ensure t
394   :bind (("M-/" . company-complete))
395   :config
396   (setq company-echo-delay 0     ; remove blinking
397         company-show-numbers t   ; show numbers for easy selection
398         company-selection-wrap-around t
399         company-require-match nil
400         company-dabbrev-ignore-case t
401         company-dabbrev-ignore-invisible t
402         company-dabbrev-other-buffers t
403         company-dabbrev-downcase nil
404         company-dabbrev-code-everywhere t
405         company-tooltip-align-annotations t
406         company-minimum-prefix-length 1
407         company-global-modes '(not)
408         company-lighter-base "(C)")
409   (global-company-mode 1)
410   :bind (:map company-active-map
411               ("C-n" . company-select-next)
412               ("C-p" . company-select-previous)
413               ("M-?" . company-show-doc-buffer)
414               ("M-." . company-show-location)
415               )
416   )
417 #+END_SRC
418 *** C/C++
419 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
420   (use-package company-c-headers
421     :ensure t
422     :config (progn
423               (defun malb/ede-object-system-include-path ()
424                 "Return the system include path for the current buffer."
425                 (when ede-object
426                   (ede-system-include-path ede-object)))
427
428               (setq company-c-headers-path-system
429                     #'malb/ede-object-system-include-path)
430
431               (add-to-list 'company-backends #'company-c-headers)))
432 #+END_SRC
433 *** Python
434 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
435 (use-package company-anaconda
436   :ensure t
437   :config (add-to-list 'company-backends #'company-anaconda))
438 #+END_SRC
439 *** Perl
440 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
441   (use-package company-plsense
442     :ensure t
443     )
444 #+END_SRC
445 *** LaTeX
446 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
447   (use-package company-math
448     :ensure t)
449 #+END_SRC
450 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
451   (use-package company-auctex
452     :ensure t
453     :config (progn
454               (defun company-auctex-labels (command &optional arg &rest ignored)
455                 "company-auctex-labels backend"
456                 (interactive (list 'interactive))
457                 (case command
458                   (interactive (company-begin-backend 'company-auctex-labels))
459                   (prefix (company-auctex-prefix "\\\\.*ref{\\([^}]*\\)\\="))
460                   (candidates (company-auctex-label-candidates arg))))
461
462               (add-to-list 'company-backends
463                            '(company-auctex-macros
464                              company-auctex-environments
465                              company-math-symbols-unicode
466                              company-math-symbols-latex))
467
468               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-labels)
469               (add-to-list 'company-backends #'company-auctex-bibs)
470               )
471     )
472 #+END_SRC
473 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
474   (use-package company-bibtex
475     :ensure t
476     )
477 #+END_SRC
478 *** Shell
479
480  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
481    (use-package company-shell
482      :ensure t
483      :config (progn
484                (setq company-shell-modes '(sh-mode shell-mode))
485                (add-to-list 'company-backends 'company-shell)))
486  #+END_SRC
487
488 *** YaSnippet
489
490  Add YasSippet support for all company backends. ([[https://github.com/syl20bnr/spacemacs/pull/179][source]])
491
492  *Note:* Do this at the end of =company-mode= config.
493
494  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
495    (defvar malb/company-mode/enable-yas t
496      "Enable yasnippet for all backends.")
497
498    (defun malb/company-mode/backend-with-yas (backend)
499      (if (or (not malb/company-mode/enable-yas)
500              (and (listp backend)
501                   (member 'company-yasnippet backend)))
502          backend
503        (append (if (consp backend) backend (list backend))
504                '(:with company-yasnippet))))
505
506    (setq company-backends
507          (mapcar #'malb/company-mode/backend-with-yas company-backends))
508  #+END_SRC
509
510 *** All the words
511
512  Enable/disable company completion from ispell dictionaries ([[https://github.com/redguardtoo/emacs.d/blob/master/lisp/init-company.el][source]])
513
514  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
515    (defun malb/toggle-company-ispell ()
516      (interactive)
517      (cond
518       ((member '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends)
519        (setq company-backends (delete '(company-ispell :with company-yasnippet) company-backends))
520        (add-to-list 'company-backends '(company-dabbrev :with company-yasnippet) t)
521        (message "company-ispell disabled"))
522       (t
523        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
524        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
525        (message "company-ispell enabled!"))))
526
527    (defun malb/company-ispell-setup ()
528      ;; @see https://github.com/company-mode/company-mode/issues/50
529      (when (boundp 'company-backends)
530        (make-local-variable 'company-backends)
531        (setq company-backends (delete '(company-dabbrev :with company-yasnippet) company-backends))
532        (add-to-list 'company-backends '(company-ispell :with company-yasnippet) t)
533        ;; https://github.com/redguardtoo/emacs.d/issues/473
534        (if (and (boundp 'ispell-alternate-dictionary)
535                 ispell-alternate-dictionary)
536            (setq company-ispell-dictionary ispell-alternate-dictionary))))
537  #+END_SRC
538
539 *** Tab DWIM
540
541  1. =yas-expand= is run first and does what it has to, then it calls =malb/indent-fold-or-complete=.
542
543  2. This function then hopefully does what I want:
544
545     a. if a region is active, just indent
546     b. if we’re looking at a space after a non-whitespace character, we try some company-expansion
547     c. If =hs-minor-mode= or =outline-minor-mode= is active, try those next
548     d. otherwise call whatever would have been called otherwise.
549
550  ([[http://emacs.stackexchange.com/q/21182/8930][source]], [[http://emacs.stackexchange.com/q/7908/8930][source]])
551
552 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
553 (defun malb/indent-fold-or-complete (&optional arg)
554   (interactive "P")
555   (cond
556    ;; if a region is active, indent
557    ((use-region-p)
558     (indent-region (region-beginning)
559                    (region-end)))
560    ;; if the next char is space or eol, but prev char not whitespace
561    ((and (not (active-minibuffer-window))
562          (or (looking-at " ")
563              (looking-at "$"))
564          (looking-back "[^[:space:]]")
565          (not (looking-back "^")))
566
567     (cond (company-mode (company-complete-common))
568           (auto-complete-mode (auto-complete))))
569
570    ;; no whitespace anywhere
571    ((and (not (active-minibuffer-window))
572          (looking-at "[^[:space:]]")
573          (looking-back "[^[:space:]]")
574          (not (looking-back "^")))
575     (cond
576      ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
577       (save-excursion (end-of-line) (hs-toggle-hiding)))
578      ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
579       (save-excursion (outline-cycle)))))
580
581    ;; by default just call whatever was bound
582    (t
583     (let ((fn (or (if (current-local-map) (lookup-key (current-local-map) (kbd "TAB")))
584                   'indent-for-tab-command)))
585       (if (not (called-interactively-p 'any))
586           (fn arg)
587         (setq this-command fn)
588         (call-interactively fn))))))
589
590 (defun malb/toggle-fold ()
591   (interactive)
592   (cond ((eq major-mode 'org-mode)
593          (org-force-cycle-archived))
594         ((bound-and-true-p hs-minor-mode)
595          (save-excursion
596            (end-of-line)
597            (hs-toggle-hiding)))
598
599         ((bound-and-true-p outline-minor-mode)
600          (save-excursion
601            (outline-cycle)))))
602
603 (bind-key "<tab>" #'malb/indent-fold-or-complete)
604 (bind-key "C-<tab>" #'malb/toggle-fold)
605 #+END_SRC
606 ** Tinyprocmail
607
608 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
609   ;; load tinyprocmail
610   (use-package tinyprocmail
611     :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
612     :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
613     )
614 #+END_SRC
615
616 ** Magit
617 #+BEGIN_SRC emacs-lisp :tangle don-configuration.el
618   (use-package magit
619     :ensure t
620     :bind (("C-x g" . magit-status)
621            ("C-x C-g" . magit-status))
622     :config
623     ;; refine diffs always (hilight words)
624     (setq magit-diff-refine-hunk nil)
625     )
626   (use-package magit-annex
627     :ensure t
628     :load-path "~/lib/emacs_el/magit-annex/"
629     )
630   (use-package magit-vcsh
631     :ensure t
632     )
633 #+END_SRC
634
635 ** Perl
636 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
637   (use-package cperl-mode
638     :config
639     (progn
640       ;; Use c-mode for perl .xs files
641       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
642       (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
643       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
644       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
645       (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
646       (setq cperl-hairy t
647             cperl-indent-level 4
648             cperl-auto-newline nil
649             cperl-auto-newline-after-colon nil
650             cperl-continued-statement-offset 4
651             cperl-brace-offset -1
652             cperl-continued-brace-offset 0
653             cperl-label-offset -4
654             cperl-highlight-variables-indiscriminately t
655             cperl-electric-lbrace-space nil
656             cperl-indent-parens-as-block nil
657             cperl-close-paren-offset -1
658             cperl-tab-always-indent t)
659       ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
660   ))
661 #+END_SRC
662
663 ** Markdown mode
664 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
665   (use-package markdown-mode
666     :ensure t
667     :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
668            ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
669            ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
670            )
671     :config
672     (setq markdown-enable-math t)
673     (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
674     (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
675     (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
676     (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
677     (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
678   )
679
680 #+END_SRC
681 ** SQL mode
682 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
683   ; load sql-indent when sql is loaded
684 (use-package sql
685   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
686   :config
687   (require sql-indent))
688 #+END_SRC
689 ** Ediff
690 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
691   (use-package ediff
692     :commands ediff ediff3
693     :ensure f
694     :config
695     ;; ediff configuration
696     ;; don't use the multi-window configuration
697     (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
698   )
699 #+END_SRC
700 ** Do the Right Thing Indenting
701 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
702 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
703 (use-package dtrt-indent
704   :ensure t
705 )  
706 #+END_SRC
707 ** VCL --editing varnish configuration files
708 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
709   (use-package vcl-mode
710     :ensure t
711     :mode "\\.vcl\\'"
712     )
713   
714 #+END_SRC
715 ** Helm
716 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
717   (defun malb/helm-omni (&rest arg)
718     ;; just in case someone decides to pass an argument, helm-omni won't fail.
719     (interactive)
720     (unless helm-source-buffers-list
721       (setq helm-source-buffers-list
722             (helm-make-source "Buffers" 'helm-source-buffers)))
723     (helm-other-buffer
724      (append
725
726      (if (projectile-project-p)
727           '(helm-source-projectile-buffers-list
728             helm-source-buffers-list)
729         '(helm-source-buffers-list)) ;; list of all open buffers
730
731       `(((name . "Virtual Workspace")
732          (candidates . ,(--map (cons (eyebrowse-format-slot it) (car it))
733                                (eyebrowse--get 'window-configs)))
734          (action . (lambda (candidate)
735                      (eyebrowse-switch-to-window-config candidate)))))
736
737       (if (projectile-project-p)
738           '(helm-source-projectile-recentf-list
739             helm-source-recentf)
740         '(helm-source-recentf)) ;; all recent files
741
742       ;; always make some common files easily accessible
743       ;;'(((name . "Common Files")
744        ;;  (candidates . malb/common-file-targets)
745         ;; (action . (("Open" . (lambda (x) (find-file (eval x))))))))
746
747       '(helm-source-files-in-current-dir
748         helm-source-locate
749         helm-source-bookmarks
750         helm-source-buffer-not-found ;; ask to create a buffer otherwise
751         ))
752      "*Helm all the things*"))
753   (use-package helm
754     :ensure helm
755     :diminish helm-mode
756     :bind (("M-x" . helm-M-x)
757            ("C-x C-f" . helm-find-files)
758            ("C-x b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
759            ("C-x C-b" . helm-buffers-list) ; malb/helm-omni)
760            ("C-c <SPC>" . helm-all-mark-rings))
761     :config
762     (require 'helm-config)
763     (require 'helm-for-files)
764     (require 'helm-bookmark)
765
766     (helm-mode 1)
767     (define-key global-map [remap find-file] 'helm-find-files)
768     (define-key global-map [remap occur] 'helm-occur)
769     (define-key global-map [remap list-buffers] 'helm-buffers-list)
770     (define-key global-map [remap dabbrev-expand] 'helm-dabbrev)
771     (unless (boundp 'completion-in-region-function)
772       (define-key lisp-interaction-mode-map [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point)
773       (define-key emacs-lisp-mode-map       [remap completion-at-point] 'helm-lisp-completion-at-point))
774     (add-hook 'kill-emacs-hook #'(lambda () (and (file-exists-p "$TMP") (delete-file "$TMP"))))
775   )
776 #+END_SRC
777 *** Helm Flx
778
779  [[https://github.com/PythonNut/helm-flx][helm-flx]] implements intelligent helm fuzzy sorting, provided by [[https://github.com/lewang/flx][flx]].
780
781  #+BEGIN_SRC emacs-lisp
782  (use-package helm-flx
783    :ensure t
784    :config (progn
785              ;; these are helm configs, but they kind of fit here nicely
786              (setq helm-M-x-fuzzy-match                  t
787                    helm-bookmark-show-location           t
788                    helm-buffers-fuzzy-matching           t
789                    helm-completion-in-region-fuzzy-match t
790                    helm-file-cache-fuzzy-match           t
791                    helm-imenu-fuzzy-match                t
792                    helm-mode-fuzzy-match                 t
793                    helm-locate-fuzzy-match               nil
794                    helm-quick-update                     t
795                    helm-recentf-fuzzy-match              nil
796                    helm-semantic-fuzzy-match             t)
797              (helm-flx-mode +1)))
798  #+END_SRC
799 *** Helm Swoop
800 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
801
802   ;;; stolen from https://github.com/malb/emacs.d/blob/master/malb.org
803   (defun malb/helm-swoop-pre-fill ()
804     (thing-at-point 'symbol))
805     (defvar malb/helm-swoop-ignore-major-mode "List of major modes to ignore for helm-swoop")
806     (setq malb/helm-swoop-ignore-major-mode '(dired-mode
807           paradox-menu-mode doc-view-mode pdf-view-mode
808           mu4e-headers-mode org-mode markdown-mode latex-mode
809           ein:notebook-multilang-mode))
810
811     (defun malb/swoop-or-search ()
812       (interactive)
813       (if (or (> (buffer-size) 1048576) ;; helm-swoop can be slow on big buffers
814               (memq major-mode malb/helm-swoop-ignore-major-mode))
815           (isearch-forward)
816         (helm-swoop)))
817
818     (use-package helm-swoop
819       :ensure t
820       :commands helm-swoop
821       :bind (("C-c o" . helm-multi-swoop-org)
822              ("C-s" . malb/swoop-or-search)
823              ("C-M-s" . helm-multi-swoop-all))
824       :config (progn
825
826                 (setq helm-swoop-pre-input-function  #'malb/helm-swoop-pre-fill
827                       helm-swoop-split-with-multiple-windows nil
828                       helm-swoop-split-direction #'split-window-horizontally
829                       helm-swoop-split-window-function 'helm-default-display-buffer
830                       helm-swoop-speed-or-color t)
831
832                 ;; https://emacs.stackexchange.com/questions/28790/helm-swoop-how-to-make-it-behave-more-like-isearch
833                 (defun malb/helm-swoop-C-s ()
834                   (interactive)
835                   (if (boundp 'helm-swoop-pattern)
836                       (if (equal helm-swoop-pattern "")
837                           (previous-history-element 1)
838                         (helm-next-line))
839                     (helm-next-line)))
840
841                 (bind-key "C-S-s" #'helm-swoop-from-isearch isearch-mode-map)
842                 (bind-key "C-S-s" #'helm-multi-swoop-all-from-helm-swoop helm-swoop-map)
843                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-swoop-map)
844                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-swoop-map)
845                 (bind-key "C-r"   #'helm-previous-line helm-multi-swoop-map)
846                 (bind-key "C-s"   #'malb/helm-swoop-C-s helm-multi-swoop-map))
847       )
848
849 #+END_SRC
850 *** Helm Ag
851 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
852 (use-package helm-ag
853   :ensure t
854   :config (setq helm-ag-base-command "ag --nocolor --nogroup"
855                 helm-ag-command-option "--all-text"
856                 helm-ag-insert-at-point 'symbol
857                 helm-ag-fuzzy-match t
858                 helm-ag-use-temp-buffer t
859                 helm-ag-use-grep-ignore-list t
860                 helm-ag-use-agignore t))
861 #+END_SRC
862 *** Helm Descbinds
863 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
864   (use-package helm-descbinds
865     :ensure t
866     :bind ("C-h b" . helm-descbinds)
867     :init (fset 'describe-bindings 'helm-descbinds))
868 #+END_SRC
869
870 *** Helm YaSnippet
871 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
872   (use-package helm-c-yasnippet
873     :ensure t
874     :bind ("C-c h y" .  helm-yas-complete)
875     :config (progn
876               (setq helm-yas-space-match-any-greedy t)))
877 #+END_SRC
878 *** Helm Org Rifle
879 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
880   (use-package helm-org-rifle
881     :ensure t
882     :config (progn
883               (defun malb/helm-org-rifle-agenda-files (arg)
884                 (interactive "p")
885                 (let ((current-prefix-arg nil))
886                   (cond
887                    ((equal arg 4) (call-interactively #'helm-org-rifle-agenda-files nil))
888                    ((equal arg 16) (helm-org-rifle-occur-agenda-files))
889                    (t (helm-org-agenda-files-headings)))))))
890 #+END_SRC
891 *** Helm Google
892 This can be used to link things pretty quickly if necessary
893 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
894   (use-package helm-google
895     :ensure t
896     :bind ("C-c h g" . helm-google)
897     :config
898     (progn (add-to-list 'helm-google-actions
899                         '("Copy URL" . (lambda (candidate)
900                                          (let ((url
901                                                 (replace-regexp-in-string
902                                                  "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
903                                                  "\\1" candidate)))
904                                            (kill-new url))))
905                         t
906                         )
907          
908            (add-to-list 'helm-google-actions
909                         '("Org Store Link" . (lambda (candidate)
910                                                (let ((title (car (split-string candidate "[\n]+")))
911                                                      (url
912                                                       (replace-regexp-in-string
913                                                        "https://.*q=\\(.*\\)\&sa=.*"
914                                                        "\\1" candidate)))
915                                                  (push (list url title) org-stored-links))))
916                         t)
917            ))
918 #+END_SRC
919
920 ** Projectile -- Project management
921 #+begin_src emacs-lisp
922   (use-package projectile
923     :ensure t
924     :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
925            ("<f6>" . next-error))
926     :config (progn
927               (use-package magit :ensure t)
928               (require 'helm-projectile)
929               (helm-projectile-on)
930
931               (setq projectile-make-test-cmd "make check"
932                     projectile-switch-project-action 'helm-projectile
933                     projectile-mode-line  '(:eval (format "»{%s}" (projectile-project-name))))
934
935               (projectile-global-mode)))
936 #+end_src
937
938 *** helm integration
939 #+begin_src emacs-lisp
940   (use-package helm-projectile
941     :ensure t
942     :config (progn
943               (defvar malb/helm-source-file-not-found
944                 (helm-build-dummy-source
945                     "Create file"
946                   :action 'find-file))
947
948               (add-to-list
949                'helm-projectile-sources-list
950                malb/helm-source-file-not-found t)
951
952               (helm-delete-action-from-source
953                "Grep in projects `C-s'"
954                helm-source-projectile-projects)
955
956               (helm-add-action-to-source
957                "Grep in projects `C-s'"
958                'helm-do-ag helm-source-projectile-projects 4)))
959 #+end_src
960 ** Zap to char
961 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
962   (use-package avy-zap
963     :ensure t
964     :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
965 #+END_SRC
966 ** Hydra
967 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
968   (use-package hydra
969     :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
970            ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
971            ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
972            ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
973            )
974     :config
975     (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
976     "
977   _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
978   _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh    
979   _p_: read papers      _R_: paper notes
980   _h_: hpcbio
981   _q_: quit
982   _z_: quit
983   "
984     ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
985     ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
986     ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
987     ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
988     ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
989     ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
990     ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
991     ("r" (find-file my/org-refile-file))
992     ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
993     ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
994     ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
995     ("q" nil "quit")
996     ("z" nil "quit")
997     )
998
999     ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
1000     (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
1001     "
1002   ^Hide^             ^Show^           ^Move
1003   ^^^^^^------------------------------------------------------
1004   _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
1005   _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
1006   _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
1007   _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
1008   _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
1009   _d_: subtree
1010
1011   "
1012     ;; Hide
1013     ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1014     ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1015     ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1016     ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1017     ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1018     ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1019     ;; Show
1020     ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1021     ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1022     ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1023     ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1024     ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1025     ;; Move
1026     ("u" outline-up-heading)                ; Up
1027     ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1028     ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1029     ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1030     ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1031     ("z" nil "leave"))
1032   )
1033 #+END_SRC
1034
1035 ** Tramp
1036 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1037   (use-package tramp
1038     :config
1039     (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1040                                   (tramp-login-program "vcsh")
1041                                   (tramp-login-args
1042                                    (("enter")
1043                                     ("%h")))
1044                                   (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1045                                   (tramp-remote-shell-args
1046                                    ("-c")))))
1047 #+END_SRC
1048 ** Reftex
1049 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1050   (use-package reftex
1051     :ensure t
1052     :config
1053     (setq-default reftex-default-bibliography
1054                     '("~/projects/research/references.bib")))
1055 #+END_SRC
1056 ** BibTex
1057 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1058   (use-package bibtex
1059     :config (setq bibtex-user-optional-fields
1060                   (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1061                           ("abstract" "")
1062                   ("pmid" "")
1063                   ("doi" ""))))
1064     )
1065
1066 #+END_SRC
1067 ** LaTeX
1068 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1069 (use-package tex
1070   :defer t
1071   :ensure auctex
1072   :config
1073   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1074   ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1075   ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1076   ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1077   ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1078   ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1079   ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1080   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1081   (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1082   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1083   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1084
1085   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1086   ;; support fake section headers
1087   (setq TeX-outline-extra
1088         '(("%chapter" 1)
1089           ("%section" 2)
1090           ("%subsection" 3)
1091           ("%subsubsection" 4)
1092           ("%paragraph" 5)))
1093   ;; add font locking to the headers
1094   (font-lock-add-keywords
1095    'latex-mode
1096    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1097       0 'font-lock-keyword-face t)
1098      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1099      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1100      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1101      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1102      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1103
1104   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1105   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1106   (setq TeX-open-quote "“")
1107   (setq TeX-close-quote "”")
1108
1109   ;; (TeX-add-style-hook
1110   ;;  "latex"
1111   ;;  (lambda ()
1112   ;;    (TeX-add-symbols
1113   ;;     '("DLA" 1))))
1114   ;; (custom-set-variables
1115   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes 
1116   ;;    '(("fixme" 
1117   ;;       ("DLA" "RZ")
1118   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1119   ;; ) 
1120   (setq-default TeX-parse-self t)
1121   (setq-default TeX-auto-save t)
1122   (setq-default TeX-master nil)
1123   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1124                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1125   (eval-after-load
1126       "latex"
1127     '(TeX-add-style-hook
1128       "cleveref"
1129       (lambda ()
1130         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1131             (add-to-list
1132              'reftex-ref-style-alist
1133              '("Cleveref" "cleveref"
1134                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1135         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1136         (TeX-add-symbols
1137          '("cref" TeX-arg-ref)
1138          '("Cref" TeX-arg-ref)
1139          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1140          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1141   (eval-after-load
1142       "latex"
1143     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1144                   '("Sexpr")))
1145
1146   (use-package font-latex
1147     :config
1148     (setq font-latex-match-reference-keywords
1149           '(
1150             ("fref" "{")
1151             ("Fref" "{")
1152             ("citep" "{")
1153             ("citet" "{")
1154             ("acs" "{")
1155             ("acsp" "{")
1156             ("ac" "{")
1157             ("acp" "{")
1158             ("acl" "{")
1159             ("aclp" "{")
1160             ("acsu" "{")
1161             ("aclu" "{")
1162             ("acused" "{")
1163             ("DLA" "{")
1164             ("RZ" "{")
1165             ("OM" "{")
1166             ("DL" "{")
1167             ("fixme" "{"))
1168           )
1169     )
1170   (setq font-latex-fontify-script nil)
1171   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1172   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1173 )
1174
1175 #+END_SRC
1176 ** ESS
1177 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1178   (use-package ess
1179     :ensure t
1180     :commands R
1181     :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1182     :bind (:map ess-mode-map
1183                 ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1184     :init
1185     (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1186     (autoload 'R "ess-site" nil t)
1187     :config
1188     ; actually load the rest of ess
1189     (require 'ess-site)
1190     (defun ess-change-directory (path)
1191       "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1192       (interactive "Directory to change to: ")
1193     
1194       (when (file-exists-p path)
1195         (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1196         ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1197         (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1198     (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1199     ;; outlining support for ess modes
1200     (add-hook
1201      'ess-mode-hook
1202      '(lambda ()
1203         (outline-minor-mode)
1204         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1205         (defun outline-level ()
1206           (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1207                 ((looking-at "^#### ") 2)
1208                 ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1209                 (t 1000)))
1210         ))
1211     (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1212       "Evaluate region in a remote ESS instance"
1213       (interactive "r")
1214       (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***") nil nil nil)
1215       (kill-buffer "***essregionremoteeval***"))
1216     ;; Don't restore history or save workspace image
1217     '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1218     )
1219 #+END_SRC
1220
1221 ** Rainbowmode
1222 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1223
1224 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1225   (use-package rainbow-mode
1226     ;; add ess to the x major mode
1227     :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1228     (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1229   )
1230 #+END_SRC
1231
1232 ** YAML Mode
1233 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1234   (use-package yaml-mode
1235     ;; add ess to the x major mode
1236     :mode ("\\.\\(yaml|yml\\)\\'" . yaml-mode)
1237   )
1238 #+END_SRC
1239
1240 ** Polymode
1241 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1242 (use-package poly-noweb
1243   :ensure t
1244   :after polymode
1245
1246   )
1247 (use-package poly-markdown
1248   :ensure t
1249   :after polymode
1250   )
1251 (use-package poly-R
1252   :ensure t
1253   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1254   ; :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1255   ; :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1256   ; :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1257   )
1258 (use-package polymode
1259   :ensure t
1260   )
1261
1262 #+END_SRC
1263
1264 ** Outlining
1265 *** Outline magic
1266 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1267   (use-package outline-magic)
1268 #+END_SRC
1269 *** Outline mode
1270 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1271 ;; change the outline mode prefix from C-c @ to C-c C-2
1272 (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1273 ;;(add-hook 'outline-minor-mode-hook
1274 ;;          (lambda () (local-set-key (kbd "C-c C-2")
1275 ;;                                    outline-mode-prefix-map)))
1276
1277 #+END_SRC
1278 ** Writeroom Mode
1279 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1280   (use-package writeroom-mode
1281     :config
1282     (defun my/writing-mode ()
1283       "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1284       (interactive)
1285       (if writeroom-mode
1286           (progn
1287             (writeroom-mode -1)
1288             (visual-line-mode -1)
1289             (auto-fill-mode -1)
1290             (visual-fill-column-mode -1)
1291             )
1292         (visual-line-mode 1)
1293         (auto-fill-mode 1)
1294         (visual-fill-column-mode 1)
1295         (writeroom-mode 1))
1296       )
1297     )
1298 #+END_SRC
1299 ** GhostText/Atomic Chrome
1300 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1301   (use-package atomic-chrome
1302     :config
1303     (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1304     (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1305     )
1306 #+END_SRC
1307 ** Edit Server
1308 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1309   (use-package edit-server
1310     :ensure t
1311     :commands edit-server-start
1312     :init (if after-init-time
1313               (edit-server-start)
1314             (add-hook 'after-init-hook
1315                       #'(lambda() (edit-server-start))))
1316     :config (setq edit-server-new-frame-alist
1317                   '((name . "Edit with Emacs FRAME")
1318                     (top . 200)
1319                     (left . 200)
1320                     (width . 80)
1321                     (height . 25)
1322                     (minibuffer . t)
1323                     (menu-bar-lines . t)
1324                     (window-system . x)))
1325     )
1326 #+END_SRC
1327 ** Multiple Cursors
1328    :PROPERTIES:
1329    :ID:       6fcf218b-a762-4c37-9339-a8202ddeb544
1330    :END:
1331 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1332 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1333   (use-package multiple-cursors
1334     :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1335             ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1336             ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1337             ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1338     )
1339 #+END_SRC
1340 ** Web Mode
1341 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1342   (use-package web-mode
1343     :load-path "/home/don/projects/web-mode/"
1344     :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1345     :config
1346     (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1347     (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1348     (setq web-mode-engines-alist
1349           '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1350     )
1351 #+END_SRC
1352 ** Spamassassin Mode
1353 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1354   (use-package spamassassin-mode
1355     :commands spamassassin-mode
1356     :ensure f
1357     )
1358 #+END_SRC
1359 ** Password Store
1360 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1361   (use-package password-store
1362     :ensure f
1363     :commands password-store-edit password-store-generate
1364     )
1365 #+END_SRC
1366 ** CSS mode
1367 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1368   (use-package css
1369     :mode "\\.css'"
1370     :config
1371     ;; fix up css mode to not be silly
1372     ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1373     (setq cssm-indent-level 4)
1374     (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1375     (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1376     (setq cssm-mirror-mode nil))
1377 #+END_SRC
1378 ** Abbrev Mode
1379 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1380   (use-package abbrev
1381     :diminish abbrev-mode
1382     :config
1383     ;; load abbreviations from 
1384     (setq abbrev-file-name       
1385           "~/.emacs_abbrev_def")
1386
1387     ;; read the abbrev file if it exists
1388     (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1389         (quietly-read-abbrev-file))
1390
1391     ;; for now, use abbrev mode everywhere
1392     (setq default-abbrev-mode t))
1393 #+END_SRC
1394
1395 ** Python Programming
1396 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1397   (use-package elpy
1398     :ensure t
1399     :init
1400     (elpy-enable)
1401     )
1402 #+END_SRC
1403 *** Black
1404 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1405   (use-package python-black
1406     :demand t
1407     :after python)
1408 #+end_src
1409 ** Go language
1410 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1411 (use-package go-mode
1412              :diminish "go"
1413              :mode "\\.go"
1414              )
1415 #+END_SRC
1416
1417 ** Expand region
1418 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1419 (use-package expand-region
1420   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1421   )
1422 #+END_SRC
1423
1424 ** Dockerfile
1425 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1426 (use-package dockerfile-mode
1427   :mode "Dockerfile"
1428   )
1429 #+END_SRC
1430
1431 ** Beancount
1432 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1433 (use-package beancount
1434   :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
1435   :ensure f
1436   :mode "\\.beancount\\'"
1437   
1438   )
1439 #+END_SRC
1440 * Email
1441 ** Mutt
1442 *** Message-mode
1443 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1444 (use-package message
1445   :ensure f
1446   :diminish (message "✉")
1447   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1448   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1449   :hook 'my/message-mode-settings
1450   :hook 'turn-on-flyspell
1451   :bind (:map message-mode-map
1452       ("C-c C-a" . my/post-attach-file))
1453   :delight (message-mode "✉")
1454   :config
1455   (defun my/message-mode-settings ()
1456     (font-lock-add-keywords nil
1457                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1458                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1459               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1460                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1461     )
1462
1463   (defun my/post-attach-file ()
1464     "Prompt for an attachment."
1465     (interactive)
1466     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1467       (my/header-attach-file file "")))
1468
1469   (defun my/header-attach-file (file description)
1470     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1471   Argument DESCRIPTION MIME description."
1472     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1473     (when (> (length file) 0)
1474   (save-excursion
1475     (save-match-data
1476       (save-restriction
1477         (widen)
1478         (goto-char (point-min))
1479         (search-forward-regexp "^$")
1480         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1481                 description "\n"))
1482         (message (concat "Attached '" file "'."))
1483         (setq post-has-attachment t))))))
1484
1485   (setq mail-yank-prefix "> ")
1486   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1487 )
1488 #+END_SRC
1489 *** Muttrc mode
1490 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1491   (use-package muttrc-mode
1492     :mode "muttngrc"
1493     :mode "muttrc"
1494   )
1495
1496 #+END_SRC
1497 * Base emacs
1498 ** Reverting buffers
1499 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1500   (use-package autorevert
1501     :diminish auto-revert-mode
1502     :config
1503     (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1504           global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1505           auto-revert-verbose nil)
1506     (global-auto-revert-mode 1))
1507 #+END_SRC
1508 * Org Mode
1509 ** Use-package and load things
1510 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1511
1512   (use-package org
1513     :delight (org-mode "ø")
1514     :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1515     :bind (("C-c l"  . org-store-link)
1516            ("C-c a"  . org-agenda)
1517            ("C-c b"  . org-iswitchb))
1518 #+END_SRC
1519 ** Agenda Configuration
1520 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1521   :config
1522   (setq-default org-log-done 'time)
1523   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1524
1525   (setq org-agenda-sticky t)
1526   (defun dla/show-org-agenda ()
1527     (interactive)
1528     (let (agendabuffer
1529           '(delq nil 
1530                 (mapcar (lambda (x)
1531                           (and (string-match-p
1532                                 "\*Org Agenda.*\*"
1533                                 (buffer-name x))
1534                                x)
1535                           )
1536                         (buffer-list))))
1537       (if agendabuffer
1538           (switch-to-buffer
1539            (buffer-name agendabuffer))
1540         (org-agenda-list)))
1541       (delete-other-windows))
1542
1543   ;; agenda configuration
1544   ;; Do not dim blocked tasks
1545   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1546   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1547   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1548
1549   ;; Compact the block agenda view
1550   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1551
1552   ;; Custom agenda command definitions
1553   (setq org-agenda-custom-commands
1554         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1555                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1556                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1557                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1558                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1559                   (org-agenda-sorting-strategy
1560                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1561                 (" " "Agenda"
1562                  ((agenda "" nil)
1563                   (tags "REFILE"
1564                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1565                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1566                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1567                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1568                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1569                               (org-agenda-sorting-strategy
1570                                '(category-keep))))
1571                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1572                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1573                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1574                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1575                               (org-agenda-sorting-strategy
1576                                '(category-keep))))
1577                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1578                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1579                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1580                                                                         ""
1581                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1582                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1583                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1584                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1585                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1586                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1587                               (org-agenda-sorting-strategy
1588                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1589                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1590                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1591                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1592                                                                         ""
1593                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1594                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1595                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1596                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1597                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1598                               (org-agenda-sorting-strategy
1599                                '(category-keep))))
1600                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1601                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1602                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1603                                                                         ""
1604                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1605                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1606                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1607                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1608                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1609                               (org-agenda-sorting-strategy
1610                                '(category-keep))))
1611                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1612                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1613                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1614                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1615                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1616                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1617                   (tags "-REFILE/"
1618                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1619                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1620                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1621                  nil))))
1622
1623   ; org mode agenda files
1624   (setq org-agenda-files
1625         (append
1626         (file-expand-wildcards "~/projects/org-notes/*.org")
1627         (file-expand-wildcards "~/org-mode/from-mobile.org")
1628         (file-expand-wildcards "~/org-notes-*/*.org")
1629         )
1630   )
1631   (setq my/org-refile-file
1632         (car (seq-filter
1633               (lambda (file) (string-match-p (regexp-quote "/refile.org") file))
1634               org-agenda-files)))
1635
1636   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1637   (set-register ?r (cons 'file my/org-refile-file))
1638   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1639   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1640   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1641   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1642   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1643   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1644   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1645   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1646   (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1647     (interactive "P")
1648     (with-temp-buffer
1649       (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1650         (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1651         (goto-char (point-max))
1652         (newline))
1653       (write-file "/tmp/timeline.org")
1654       (org-agenda arg "L")))
1655   (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1656
1657 #+END_SRC
1658 ** General config
1659 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1660   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1661   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1662
1663   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1664   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1665 #+END_SRC
1666 ** Capture Templates
1667 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1668   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1669         `(("m" "Mail" entry (file my/org-refile-file)
1670            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1671           ("t" "todo" entry (file my/org-refile-file)
1672            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1673           ("r" "respond" entry (file my/org-refile-file)
1674            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1675           ("n" "note" entry (file my/org-refile-file)
1676            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1677           ("s" "schedule" entry (file my/org-refile-file)
1678            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1679           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1680            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1681           ("w" "org-protocol" entry (file my/org-refile-file)
1682            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1683           ("M" "Meeting" entry (file my/org-refile-file)
1684            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1685           ("S" "Seminar" entry (file my/org-refile-file)
1686            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1687           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1688            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1689           ("p" "Phone call" entry (file my/org-refile-file)
1690            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1691            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1692                                        "Jobs"
1693                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1694            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1695           ("h" "Habit" entry (file my/org-refile-file)
1696            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1697           )
1698         )
1699
1700   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1701   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1702     (interactive)
1703     (save-excursion
1704       (beginning-of-line 0)
1705       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1706
1707   (defun my/org-add-id ()
1708     (interactive)
1709     (save-excursion
1710       (if (org-current-level)
1711           ()
1712         (forward-char 1)
1713         )
1714       (org-id-get-create)
1715       )
1716   )
1717
1718 #+END_SRC
1719 ** Org mode key bindings
1720 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1721   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1722   ;; Custom Key Bindings
1723   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1724           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1725           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1726           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1727           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1728           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1729           ("<S-f5>" . bh/widen)
1730           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1731           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1732           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1733           ("<f9> b" . bbdb)
1734           ("<f9> c" . calendar)
1735           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1736           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1737           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1738           ("<f9> w" . widen)
1739
1740           ("<f9> r" . boxquote-region)
1741           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1742
1743           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1744           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1745
1746           ("<f9> v" . visible-mode)
1747           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1748           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1749           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1750           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1751           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1752           ("C-<f10>" . next-buffer)
1753           ("<f11>" . org-clock-goto)
1754           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1755           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1756           ("C-c c" . org-capture))
1757   :config
1758 #+END_SRC
1759 ** Utility Functions
1760 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1761   (defun bh/hide-other ()
1762     (interactive)
1763     (save-excursion
1764       (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1765       (outline-hide-other)
1766       (org-cycle)
1767       (org-cycle)
1768       (org-cycle)))
1769
1770   (defun bh/set-truncate-lines ()
1771     "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1772     (interactive)
1773     (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1774     ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1775     (save-excursion
1776       (set-window-start (selected-window)
1777                         (window-start (selected-window)))))
1778
1779   (defun bh/switch-to-scratch ()
1780     (interactive)
1781     (switch-to-buffer "*scratch*"))
1782
1783   (setq org-use-fast-todo-selection t)
1784   (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1785
1786   ; create function to create headlines in file. This comes from
1787   ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1788   (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1789     "Add ID properties to all headlines in the current file which
1790   do not already have one."
1791     (interactive)
1792     (org-map-entries 'org-id-get-create))
1793   (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1794     "Add or replace ID properties to all headlines in the current file 
1795   (or narrowed region)."
1796     (interactive)
1797     (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1798   ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1799   ; (add-hook 'org-mode-hook
1800   ;           (lambda ()
1801   ;             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1802 #+END_SRC
1803 ** Org ID locations
1804 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1805 (use-package find-lisp
1806   :ensure t)
1807 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1808       (append '(agenda-archives)
1809               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1810               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1811               ))
1812 #+END_SRC
1813 ** Keywords (TODO)
1814 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1815 (setq org-todo-keywords
1816       (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1817               (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1818
1819 (setq org-todo-keyword-faces
1820       (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1821               ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1822               ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1823               ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1824               ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1825               ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1826               ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1827               ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1828
1829 (setq org-todo-state-tags-triggers
1830       (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1831               ("WAITING" ("WAITING" . t))
1832               ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1833               (done ("WAITING") ("HOLD"))
1834               ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1835               ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1836               ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1837
1838
1839
1840 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1841 ; add ids on creation of nodes
1842 (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1843
1844
1845 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1846 ; (setq org-clock-idle-time 10)
1847 ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1848
1849 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1850 ; use C-M-r for org mode capture
1851 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1852
1853 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1854 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1855                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1856
1857 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1858 (setq org-refile-use-outline-path t)
1859
1860 ; Targets complete directly with IDO
1861 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1862
1863 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1864 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1865
1866 ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1867 ; (setq org-completion-use-ido t)
1868 ; (setq ido-everywhere t)
1869 ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1870 ; (ido-mode (quote both))
1871 ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1872 ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1873 ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1874 ; ; Use the current window for indirect buffer display
1875 ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1876
1877
1878 ;;;; Refile settings
1879 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1880 (defun bh/verify-refile-target ()
1881   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1882   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1883
1884 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1885
1886 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1887 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1888 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1889 (require 'org-protocol)
1890 ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1891 (setq my-org-protocol-flag nil)
1892 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1893   "Delete frame at remember finalization"
1894   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1895          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1896 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1897   "Delete frame at remember refile"
1898   (if my-org-protocol-flag
1899       (progn
1900         (setq my-org-protocol-flag nil)
1901         ad-do-it
1902         (delete-frame))
1903     ad-do-it)
1904   )
1905 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1906   "Delete frame at remember abort"
1907   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1908          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1909 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1910   (setq my-org-protocol-flag t))
1911
1912 (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1913   (unless (org-in-item-p)
1914     (org-id-get-create)
1915     )
1916   )
1917
1918 ;; org modules
1919 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1920
1921 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1922 (defun open-mail-in-mutt (message)
1923   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
1924
1925 Message can be specified either by a path pointing inside a
1926 Maildir, or by Message-ID."
1927   (interactive "MPath or Message-ID: ")
1928   (shell-command
1929    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
1930        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
1931
1932 ;; add support for "mutt:ID" links
1933 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
1934
1935 (defun my-org-mode-setup ()
1936   ; (load-library "reftex")
1937   (and (buffer-file-name)
1938        (file-exists-p (buffer-file-name))
1939        (progn
1940          ; (reftex-parse-all)
1941          (reftex-set-cite-format
1942           '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
1943             (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
1944             (?c . "\\cite{%l}")
1945             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
1946          ))
1947   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
1948   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
1949   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
1950   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
1951   )
1952 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
1953
1954 (defun org-mode-reftex-search ()
1955   (interactive)
1956   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
1957
1958 (defun open-research-paper (bibtexkey)
1959   "Open a paper by bibtex key"
1960   (interactive "bibtex key: ")
1961   (shell-command
1962    (format "%s %s"
1963        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1964 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
1965 (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
1966   "Open a paper pdf by bibtex key"
1967   (interactive "bibtex key: ")
1968   (shell-command
1969    (format "%s -p evince_annot %s"
1970        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
1971 (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
1972
1973 (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
1974              '("notes" .
1975                "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
1976
1977 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
1978 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
1979
1980 ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
1981 (add-to-list 'org-structure-template-alist
1982              '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
1983
1984  ;; stolen from
1985 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
1986 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
1987   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
1988   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
1989                    (match-string 1 path)))
1990          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
1991     (cond ((eq format 'latex)
1992            (if (or (not desc) 
1993                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
1994                (format "\\cite{%s}" search)
1995              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
1996
1997 (org-add-link-type "rtcite" 
1998                    'org-bibtex-open
1999                    'my-rtcite-export-handler)
2000
2001
2002 #+END_SRC
2003 ** Org Mobile Configuration
2004 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2005   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
2006   (when (string= system-name "linnode")
2007     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
2008   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
2009   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
2010
2011 #+END_SRC
2012 ** Org iCal Support
2013 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2014   ;; org mode ical export
2015   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
2016   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
2017   ;; we already add the id manually
2018   (setq org-icalendar-store-UID t)
2019
2020 #+END_SRC
2021 ** General Org Babel Configuration
2022 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2023 ;; org babel support
2024 (org-babel-do-load-languages
2025  'org-babel-load-languages
2026  '((emacs-lisp . t )
2027    (R . t)
2028    (latex . t)
2029    (ditaa . t)
2030    (dot . t)
2031    ))
2032 ;; set the right path to ditaa.jar
2033 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
2034 ;; use graphviz-dot for dot things
2035 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
2036 ;; do not indent begin_src blocks
2037 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
2038 ;; org-babel-by-backend
2039 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
2040    `(case (if (boundp 'backend) 
2041               (org-export-backend-name backend)
2042             nil) ,@body))
2043
2044 (defun my/fix-inline-images ()
2045   (when org-inline-image-overlays
2046     (org-redisplay-inline-images)))
2047
2048 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
2049            'my/fix-inline-images)
2050
2051 #+END_SRC
2052 ** LaTeX configuration
2053    :PROPERTIES:
2054    :ID:       7135ba17-6a50-4eed-84ca-b90afa5b12f8
2055    :END:
2056 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2057 (use-package ox-extra
2058   :config
2059   (ox-extras-activate '(ignore-headlines)))
2060 (require 'ox-latex)
2061 (add-to-list 'org-latex-classes
2062          '("memarticle"
2063        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2064        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2065        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2066        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2067        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2068        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2069
2070 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2071 (add-to-list 'org-latex-classes
2072          '("beamer"
2073        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2074 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2075 [PACKAGES]
2076 [EXTRA]"
2077        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2078        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2079        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2080        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2081        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2082
2083 (add-to-list 'org-latex-classes
2084          '("membook"
2085        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2086        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2087        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2088        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2089        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2090
2091 (add-to-list 'org-latex-classes
2092          '("letter"
2093        "\\documentclass[11pt]{letter}
2094 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2095 [PACKAGES]
2096 [EXTRA]"
2097    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2098        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2099        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2100        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2101        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2102
2103 (add-to-list 'org-latex-classes
2104          '("dlacv"
2105        "\\documentclass{dlacv}
2106 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2107 [NO-PACKAGES]
2108 [NO-EXTRA]"
2109        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2110        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2111        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2112        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2113        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2114
2115
2116 (add-to-list 'org-latex-classes
2117          '("dlaresume"
2118        "\\documentclass{dlaresume}
2119 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2120 [NO-PACKAGES]
2121 [NO-EXTRA]"
2122        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2123        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2124        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2125        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2126        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2127
2128
2129 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2130 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.  
2131 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2132
2133 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2134 (setq org-latex-default-packages-alist
2135   '(("" "amsmath" t)
2136     ("" "unicode-math" t)
2137     ))
2138 (setq org-latex-packages-alist
2139   '(("" "graphicx" t)
2140     ("" "fontspec" t)
2141     ("" "xunicode" t)
2142     ("" "hyperref" t)
2143     ("" "url" t)
2144     ("" "rotating" t)
2145     ("" "longtable" nil)
2146     ("" "float" )))
2147
2148 ;; make equations larger
2149 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2150
2151 (defun org-create-formula--latex-header ()
2152   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2153   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2154            (org-export-get-backend 'latex))
2155           (org-export--get-inbuffer-options
2156            (org-export-get-backend 'latex)))))
2157     (org-latex-guess-babel-language
2158      (org-latex-guess-inputenc
2159   (org-splice-latex-header
2160    org-format-latex-header
2161    org-latex-default-packages-alist
2162    nil t
2163    (plist-get info :latex-header)))
2164      info)))
2165
2166
2167 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2168 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2169 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2170                   (headline contents info) activate)
2171   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2172   (setq ad-return-value contents)
2173     ad-do-it))
2174
2175 ;; keep latex logfiles
2176
2177 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2178
2179 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2180 (org-clock-persistence-insinuate)
2181 ;;
2182 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2183 (setq org-clock-history-length 23)
2184 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2185 (setq org-clock-in-resume t)
2186 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2187 ;; there are things like PHONE calls
2188 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2189 ;; Separate drawers for clocking and logs
2190 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2191 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2192 (setq org-clock-into-drawer t)
2193 (setq org-log-into-drawer t)
2194 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2195 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2196 ;; Clock out when moving task to a done state
2197 (setq org-clock-out-when-done t)
2198 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2199 (setq org-clock-persist t)
2200 ;; Do not prompt to resume an active clock
2201 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2202 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2203 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2204 ;; Include current clocking task in clock reports
2205 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2206
2207 ;; the cache seems to be broken
2208 (setq org-element-use-cache nil)
2209
2210 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2211
2212 (defun bh/is-task-p ()
2213   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2214   (save-restriction
2215     (widen)
2216     (let ((has-subtask)
2217           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2218           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2219       (save-excursion
2220         (forward-line 1)
2221         (while (and (not has-subtask)
2222                     (< (point) subtree-end)
2223                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2224           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2225             (setq has-subtask t))))
2226       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2227 (defun bh/is-project-p ()
2228   "Any task with a todo keyword subtask"
2229   (save-restriction
2230     (widen)
2231     (let ((has-subtask)
2232           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2233           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2234       (save-excursion
2235         (forward-line 1)
2236         (while (and (not has-subtask)
2237                     (< (point) subtree-end)
2238                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2239           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2240             (setq has-subtask t))))
2241       (and is-a-task has-subtask))))
2242
2243 (defun bh/is-subproject-p ()
2244   "Any task which is a subtask of another project"
2245   (let ((is-subproject)
2246         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2247     (save-excursion
2248       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2249         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2250           (setq is-subproject t))))
2251     (and is-a-task is-subproject)))
2252
2253
2254 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2255   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2256 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2257 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2258   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2259     (cond
2260      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2261        (bh/is-task-p))
2262   "NEXT")
2263      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2264        (bh/is-project-p))
2265   "TODO"))))
2266
2267 (defun bh/punch-in (arg)
2268   "Start continuous clocking and set the default task to the
2269 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2270 as the default task."
2271   (interactive "p")
2272   (setq bh/keep-clock-running t)
2273   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2274   ;;
2275   ;; We're in the agenda
2276   ;;
2277   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2278          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags-at))))
2279     (if (and (eq arg 4) tags)
2280         (org-agenda-clock-in '(16))
2281       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2282     ;;
2283     ;; We are not in the agenda
2284     ;;
2285     (save-restriction
2286   (widen)
2287   ; Find the tags on the current task
2288   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2289       (org-clock-in '(16))
2290     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2291
2292 (defun bh/punch-out ()
2293   (interactive)
2294   (setq bh/keep-clock-running nil)
2295   (when (org-clock-is-active)
2296     (org-clock-out))
2297   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2298
2299 (defun bh/clock-in-default-task ()
2300   (save-excursion
2301     (org-with-point-at org-clock-default-task
2302   (org-clock-in))))
2303
2304 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2305   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2306   (let ((parent-task))
2307     (save-excursion
2308   (save-restriction
2309     (widen)
2310     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2311       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2312         (setq parent-task (point))))
2313     (if parent-task
2314         (org-with-point-at parent-task
2315       (org-clock-in))
2316       (when bh/keep-clock-running
2317         (bh/clock-in-default-task)))))))
2318
2319 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2320
2321 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2322   (interactive)
2323   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2324     (org-clock-in '(16))))
2325
2326 (defun bh/clock-out-maybe ()
2327   (when (and bh/keep-clock-running
2328          (not org-clock-clocking-in)
2329          (marker-buffer org-clock-default-task)
2330          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2331     (bh/clock-in-parent-task)))
2332
2333 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2334
2335 (require 'org-id)
2336 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2337   "Clock in a task by id"
2338   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2339     (org-clock-in nil)))
2340
2341 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2342   "Clock in the interrupted task if there is one
2343 Skip the default task and get the next one.
2344 A prefix arg forces clock in of the default task."
2345   (interactive "p")
2346   (let ((clock-in-to-task
2347      (cond
2348       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2349       ((and (org-clock-is-active)
2350         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2351        (caddr org-clock-history))
2352       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2353       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2354       (t (car org-clock-history)))))
2355     (widen)
2356     (org-with-point-at clock-in-to-task
2357   (org-clock-in nil))))
2358
2359
2360 (defun org-export-to-ods ()
2361   (interactive)
2362   (let ((csv-file "data.csv"))
2363     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2364     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2365
2366 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2367 ; (setcar org-emphasis-regexp-components "​ [:space:] \t('\"{")
2368 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) "​ [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2369 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2370
2371 ;; support inserting screen shots
2372 (defun my/org-insert-screenshot ()
2373   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2374 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2375   (interactive)
2376   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2377   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2378     (read-file-name
2379      "Screenshot to insert: "
2380      nil
2381      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2382      )
2383     )
2384   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2385   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2386   (org-display-inline-images))
2387
2388 (defun my/fix-inline-images ()
2389   (when org-inline-image-overlays
2390     (org-redisplay-inline-images)))
2391
2392 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2393
2394 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2395 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2396          '(xelateximagemagick
2397       :programs ("xelatex" "convert")
2398       :description "pdf > png"
2399       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2400       :use-xcolor t
2401       :image-input-type "pdf"
2402       :image-output-type "png"
2403       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2404       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2405       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2406          )
2407 ;; use xelatex by default
2408 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2409
2410 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2411 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2412   "Fix properties drawers in current buffer.
2413  Ignore non Org buffers."
2414   (interactive)
2415   (when (eq major-mode 'org-mode)
2416     (org-with-wide-buffer
2417      (goto-char (point-min))
2418      (let ((case-fold-search t)
2419        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2420                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2421                    "END[ \t]*$"))))
2422    (org-map-entries
2423     (lambda ()
2424       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2425         (save-excursion
2426       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2427         (forward-line)
2428         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2429         (when (and (< (point) end)
2430                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2431                (save-excursion
2432                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2433                   (eq (org-element-type
2434                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2435                   'drawer))))
2436           (insert (delete-and-extract-region
2437                (match-beginning 0)
2438                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2439           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2440
2441 #+END_SRC
2442 ** Org-Gcal
2443 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2444 (use-package calfw
2445   :ensure f
2446   )
2447 (use-package calfw-org
2448   :ensure f
2449   )
2450 (use-package org-gcal
2451   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2452   :ensure f
2453   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2454                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2455             )
2456   )
2457 #+END_SRC
2458 ** appt integration
2459 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2460   (use-package appt
2461     :ensure f
2462     :config
2463     ;; Show notification 10 minutes before event
2464     (setq appt-message-warning-time 10)
2465     ;; Disable multiple reminders
2466     (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2467     (setq appt-display-mode-line nil)
2468
2469     ;; add automatic reminders for appointments
2470     (defun my/org-agenda-to-appt ()
2471       (interactive)
2472       (setq appt-time-msg-list nil)
2473       (org-agenda-to-appt))
2474     ;; add reminders when starting emacs
2475     (my/org-agenda-to-appt)
2476     ;; when rebuilding the agenda
2477     (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2478       "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2479       (my/org-agenda-to-appt)
2480       )
2481     ;; when saving all org buffers
2482     (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2483       "Re-add appts after saving all org buffers"
2484       (my/org-agenda-to-appt))
2485     ;; Display appointments as a window manager notification
2486     (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2487     (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2488
2489     (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2490
2491     (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2492       (if (atom min-to-app)
2493       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2494     (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2495       (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2496                      (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2497       )
2498     )
2499
2500
2501 #+END_SRC
2502 ** outshine (outlining) integration
2503 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2504 (use-package outshine
2505   :ensure t
2506   :hook (outline-minor-mode . outshine-hook-function)
2507 )
2508 #+END_SRC
2509 ** End use-package
2510 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2511   )
2512 #+END_SRC
2513 * Keybindings
2514 ** Home/End Begining/End of line
2515 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2516   (global-set-key [home] 'move-beginning-of-line)
2517   (global-set-key [end] 'move-end-of-line)
2518 #+END_SRC
2519 ** Goto line
2520 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2521   (global-unset-key "\M-g")
2522   (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2523 #+END_SRC
2524 * Debian
2525 ** debian-changelog
2526 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2527   (use-package debian-changelog-mode
2528     :mode "debian/changelog"
2529     :config
2530     (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2531     (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2532 #+END_SRC
2533 * Misc (uncharacterized)
2534 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2535   (setq calendar-latitude 38.6)
2536   (setq calendar-longitude -121.5)
2537   (setq case-fold-search t)
2538   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2539   (setq cperl-lazy-help-time nil)
2540 #+END_SRC
2541 ** Turn on fontlock and icomplete
2542 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2543   (global-font-lock-mode 1)
2544   (icomplete-mode 1)
2545   (setq log-edit-keep-buffer t)
2546 #+END_SRC
2547 ** Set mail User agent
2548 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2549   (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
2550   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
2551 #+END_SRC
2552 ** PS Printing
2553 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2554   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2555   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2556   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2557   (setq ps-line-number-color "blue")
2558   (setq ps-print-footer t)
2559   (setq ps-print-footer-frame nil)
2560   (setq ps-print-only-one-header t)
2561 #+END_SRC
2562 ** Only single spacing on sentences
2563 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2564   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[    
2565   ]*")
2566   (setq sentence-end-double-space nil)
2567   ; enable matching parenthesis
2568 #+END_SRC
2569 ** Display paren mode
2570 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2571   (show-paren-mode 1)
2572   (setq show-paren-delay 0.2)
2573
2574 #+END_SRC
2575 ** My Username
2576 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2577   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2578
2579 #+END_SRC
2580 ** Use primary selection on unix machines
2581 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2582   ;; switch back to the old primary selection method
2583   (if (or (string-equal system-type "darwin")
2584           (string-equal system-type "windows")
2585           )
2586       (progn
2587         (setq x-select-enable-clipboard t)
2588         (setq x-select-enable-primary nil)
2589         )
2590     (progn
2591       (setq x-select-enable-clipboard nil)
2592       (setq x-select-enable-primary t)
2593       ))
2594   ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2595
2596   (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
2597   ;;(load-file "cperl-mode.el")
2598
2599   ;; tramp configuration
2600   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
2601
2602   (setq-default c-indent-level 4)
2603   (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2604   (setq-default c-brace-offset -4)
2605   (setq-default c-argdecl-indent 4)
2606   (setq-default c-label-offset -4)
2607   (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2608   ; tabs are annoying
2609   (setq-default indent-tabs-mode nil)
2610   (setq-default tab-width 4)
2611
2612
2613   ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
2614   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
2615   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
2616   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
2617   ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
2618
2619
2620   (defun insert-date ()
2621     "Insert date at point."
2622     (interactive)
2623     (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2624   (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2625
2626   (defun unfill-paragraph (arg)
2627     "Pull this whole paragraph up onto one line."
2628     (interactive "*p")
2629     (let ((fill-column 10000))
2630       (fill-paragraph arg))
2631     )
2632
2633   (column-number-mode t)
2634  
2635 #+END_SRC
2636 ** Desktop-save-mode
2637 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2638 emacs, and use a different desktop file to restore history
2639 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2640   (use-package desktop
2641     :demand
2642     :config
2643     (setq desktop-base-file-name
2644           (convert-standard-filename
2645            (concat ".emacs"
2646                    (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2647                        "")
2648                    ".desktop")
2649            ))
2650     (setq desktop-base-lock-name
2651           (convert-standard-filename
2652            (concat desktop-base-file-name
2653                    ".lock")))
2654     (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2655     (setq desktop-restore-eager 5)
2656     (setq desktop-lazy-verbose nil)
2657     (desktop-save-mode 1)
2658     ; (desktop-read)
2659   )
2660 #+END_SRC
2661 ** Misc (Uncharacterized)
2662 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2663   '(icomplete-mode on)
2664   (custom-set-faces
2665    ;; custom-set-faces was added by Custom.
2666    ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
2667    ;; Your init file should contain only one such instance.
2668    ;; If there is more than one, they won't work right.
2669    '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
2670
2671
2672   (put 'upcase-region 'disabled nil)
2673   (put 'downcase-region 'disabled nil)
2674   (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2675
2676   ; (defun turn-on-flyspell ()
2677   ;    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
2678   ;    (interactive)
2679   ;    (flyspell-mode 1))
2680
2681
2682    ; Outline-minor-mode key map
2683    (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2684    ; HIDE
2685    (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2686    (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2687    (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2688    (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2689    (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2690    (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2691    ; SHOW
2692    (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2693    (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2694    (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2695    (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2696    (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2697    ; MOVE
2698    (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2699    (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2700    (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2701    (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2702    (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2703    (global-set-key "\M-o" cm-map)
2704   ; fix up tmux xterm keys
2705   ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2706   (defun fix-up-tmux-keys ()
2707       "Fix up tmux xterm keys"
2708       (if (getenv "TMUX")
2709           (progn
2710             (let ((x 2) (tkey ""))
2711               (while (<= x 8)
2712                 ;; shift
2713                 (if (= x 2)
2714                     (setq tkey "S-"))
2715                 ;; alt
2716                 (if (= x 3)
2717                     (setq tkey "M-"))
2718                 ;; alt + shift
2719                 (if (= x 4)
2720                     (setq tkey "M-S-"))
2721                 ;; ctrl
2722                 (if (= x 5)
2723                     (setq tkey "C-"))
2724                 ;; ctrl + shift
2725                 (if (= x 6)
2726                     (setq tkey "C-S-"))
2727                 ;; ctrl + alt
2728                 (if (= x 7)
2729                     (setq tkey "C-M-"))
2730                 ;; ctrl + alt + shift
2731                 (if (= x 8)
2732                     (setq tkey "C-M-S-"))
2733
2734                 ;; arrows
2735                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2736                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2737                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2738                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2739                 ;; home
2740                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2741                 ;; end
2742                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2743                 ;; page up
2744                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2745                 ;; page down
2746                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2747                 ;; insert
2748                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2749                 ;; delete
2750                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2751                 ;; f1
2752                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2753                 ;; f2
2754                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2755                 ;; f3
2756                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2757                 ;; f4
2758                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2759                 ;; f5
2760                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2761                 ;; f6
2762                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2763                 ;; f7
2764                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2765                 ;; f8
2766                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2767                 ;; f9
2768                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2769                 ;; f10
2770                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2771                 ;; f11
2772                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2773                 ;; f12
2774                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2775                 ;; f13
2776                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2777                 ;; f14
2778                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2779                 ;; f15
2780                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2781                 ;; f16
2782                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2783                 ;; f17
2784                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2785                 ;; f18
2786                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2787                 ;; f19
2788                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2789                 ;; f20
2790                 (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2791
2792                 (setq x (+ x 1))
2793                 ))
2794             )
2795         )
2796       )
2797   ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2798
2799   (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2800     "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2801     (if (or (buffer-modified-p)
2802             (verify-visited-file-modtime)
2803             (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2804             (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2805         ad-do-it
2806       (clear-visited-file-modtime)
2807       (not-modified)))
2808   (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2809 #+END_SRC
2810
2811 * Start Server
2812 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2813   (use-package server
2814     :config
2815     (setq server-name
2816           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2817               "server"))
2818     (unless (server-running-p)
2819       (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2820       (server-start)))
2821 #+END_SRC
2822
2823
2824
2825 * END
2826 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2827   (provide 'don-configuration)
2828 #+END_SRC