]> git.donarmstrong.com Git - lib.git/blob - emacs_el/configuration/don-configuration.org
delight rainbow mode
[lib.git] / emacs_el / configuration / don-configuration.org
1 #+PROPERTY: header-args:emacs-lisp :tangle don-configuration.el
2 #+OPTIONS: auto-id:f
3
4 * General Notes
5
6 ** Delight
7 To look up options for symbols for delight, check out https://en.wikipedia.org/wiki/Emoji#Unicode_blocks
8
9 * Load debugger
10
11 # if for some reason, things get pear-shaped, we want to be able to
12 # enter the debugger by sending -USR2 to emacs
13
14 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
15 (setq debug-on-event 'siguser2)
16 #+END_SRC
17 * Paths
18 ** Update PATH
19 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
20 (add-to-list 'exec-path '"/usr/local/bin")
21 (add-to-list 'exec-path '"~/bin/")
22 #+END_SRC
23 ** Add library paths
24 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
25 (let ((default-directory "~/lib/emacs_el/"))
26   (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))
27 ;; (eval-and-compile
28 ;;   (let ((default-directory "~/var/emacs/elpa"))
29 ;;     (normal-top-level-add-subdirs-to-load-path))
30 ;; )
31 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el")
32 (setq package-user-dir "~/var/emacs/elpa")
33
34 #+END_SRC
35 * Initial startup stuff
36 ** Disable startup screen
37 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
38 (setq inhibit-startup-screen t)
39 #+END_SRC
40 ** Disable cluter
41 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
42 ; (if (fboundp 'menu-bar-mode) (menu-bar-mode -1))
43 (if (fboundp 'tool-bar-mode) (tool-bar-mode -1))
44 (if (fboundp 'scroll-bar-mode) (scroll-bar-mode -1))
45 #+END_SRC
46 ** Fullscreen
47 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
48 (setq frame-resize-pixelwise t)
49 (add-to-list 'default-frame-alist '(fullscreen . maximixed))
50 #+END_SRC
51 * Package management
52 ** Bootstrap straight.el
53 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
54 (defvar bootstrap-version)
55 (setq straight-base-dir '"~/var/emacs/")
56 (let ((bootstrap-file
57        (expand-file-name "straight/repos/straight.el/bootstrap.el" straight-base-dir))
58       (bootstrap-version 6))
59   (unless (file-exists-p bootstrap-file)
60     (with-current-buffer
61         (url-retrieve-synchronously
62          "https://raw.githubusercontent.com/radian-software/straight.el/develop/install.el"
63          'silent 'inhibit-cookies)
64       (goto-char (point-max))
65       (eval-print-last-sexp)))
66   (load bootstrap-file nil 'nomessage))
67 #+END_SRC
68 ** package repositories and package manager
69 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
70 (straight-use-package 'use-package)
71 (setq straight-use-package-by-default t)
72 (setq use-package-verbose (not (bound-and-true-p byte-compile-current-file)))
73 (require 'gnutls)
74 (add-to-list 'gnutls-trustfiles "/etc/ssl/ca-global/ca-certificates.crt")
75 #+END_SRC
76 ** Paradox
77 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
78 (use-package paradox
79   ;:ensure paradox
80   :commands (paradox-upgrade-packages paradox-list-packages)
81   :config
82   (setq paradox-execute-asynchronously t)
83   (setq paradox-github-token t) ; I don't want to be prompted about this integration
84   )
85 #+END_SRC
86 * Disable custom-vars
87 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
88 ;; Set the custom file to /dev/null and don't bother to load it
89 (setq custom-file "/dev/null")
90 #+END_SRC
91 * Misc functions
92 ** with-library
93 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
94 ;; From http://www.emacswiki.org/emacs/LoadingLispFiles
95 ;; execute conditional code when loading libraries
96 ; (defmacro with-library (symbol &rest body)
97 ;   `(when (require ,symbol nil t)
98 ;     ,@body))
99 ; (put 'with-library 'lisp-indent-function 1)
100 #+END_SRC
101
102 * Variables
103 ** Safe Local Variables
104 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
105 (setq safe-local-variable-values
106       (quote ((auto-save-default)
107               (make-backup-files)
108               (cperl-indent-level . 4)
109               (indent-level . 4)
110               (indent-tabs-mode . f)
111               (vcl-indent-level . 4)
112               )))
113 #+END_SRC
114 * Memory
115 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
116 (setq global-mark-ring-max 128
117       mark-ring-max 128
118       kill-ring-max 128)
119
120 (defun don/minibuffer-setup-hook ()
121   (setq gc-cons-threshold most-positive-fixnum))
122
123 (defun don/minibuffer-exit-hook ()
124   (setq gc-cons-threshold 1048576))
125
126 (add-hook 'minibuffer-setup-hook #'don/minibuffer-setup-hook)
127 (add-hook 'minibuffer-exit-hook #'don/minibuffer-exit-hook)
128 #+END_SRC
129 * Modules
130 ** Tree sitter
131 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
132 (use-package tree-sitter
133   :defer t
134   :config
135   (global-tree-sitter-mode)
136   )
137 (use-package tree-sitter-langs
138   :ensure t
139   :defer 1
140   :after tree-sitter
141 ;   :config
142 ;   (defun dla/python-function-at-point ()
143 ;     "Return a list of function arguments
144
145 ; Borrowed from https://xenodium.com/emacs-generate-a-swift-initializer/
146 ; "
147 ;   (interactive)
148 ;   (cl-assert (seq-contains-p local-minor-modes 'tree-sitter-mode) "tree-sitter-mode not enabled")
149 ;   (let* ((node (tree-sitter-node-at-point 'function_definition)
150 ;                )
151 ;          (args)
152 ;          (arg)
153 ;          (ret))
154 ;     (unless node
155 ;       (error "Not in function"))
156 ;     (mapc
157 ;      (lambda (item)
158 ;        (cond ((eq 'func_name
159 ;                   (car item))
160 ;               ; (when arg
161 ;               ;   (setq args (append args (list arg)))
162 ;               ;   )
163 ;               (setq arg (list (cons 'function (tsc-node-text
164 ;                                            (cdr item))))))
165 ;              ((eq 'ident
166 ;                   (car item))
167 ;               (setq arg (map-insert arg 'ident (tsc-node-text
168 ;                                                (cdr item)))))
169 ;              ((eq 'ident_type
170 ;                   (car item))
171 ;               (setq arg (map-insert arg 'ident_type (tsc-node-text
172 ;                                                (cdr item)))))
173 ;              ((eq 'ret_type
174 ;                   (car item))
175 ;               (setq arg (map-insert arg 'ret_type (tsc-node-text
176 ;                                                (cdr item)))))
177 ;              ))
178 ;      (tsc-query-captures
179 ;       (tsc-make-query tree-sitter-language
180 ;                       "(function_definition (identifier) @func_name (parameters [(identifier) @ident (typed_parameter (identifier) @ident (type) @ident_type)]) (type)? @ret_type)")
181 ;       (tree-sitter-node-at-point 'function_definition) nil))
182 ;     (when arg
183 ;       (setq args (append args (list arg))))
184 ;     args))
185
186 )
187 #+END_SRC
188 ** Spacemacs theme
189 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
190 (use-package spacemacs-theme
191   :config
192   (load-theme 'spacemacs-dark t)
193   )
194 #+END_SRC
195 ** Hippie Expand
196 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
197 (use-package hippie-exp
198   :bind* (("M-<SPC>" . hippie-expand))
199   )
200 #+END_SRC
201 ** Flyspell 🐝 
202 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
203 (use-package flyspell
204   ; :delight flyspell-mode 🐝
205   :config
206   (setq flyspell-mode-line-string " 🐝")
207   (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
208   (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
209   (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
210   (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
211   :init
212   (setq ispell-program-name "ispell")
213   )
214 #+END_SRC
215
216 ** Flycheck
217 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
218 (use-package flycheck
219   :delight 🦋
220   :if (version<= "24.4" emacs-version)
221   :commands flycheck-mode
222   :hook ((prog-mode . flycheck-mode)
223          )
224 )
225 ;; Other pkgs
226 (use-package flycheck-tip
227   :commands 'flycheck-tip-cycle
228   :after flycheck
229   :bind (:map flycheck-mode-map
230               ("C-c C-n" . flycheck-tip-cycle)))
231
232 (use-package flycheck-package)
233
234 (use-package flycheck-checkpatch
235   :config (flycheck-checkpatch-setup)
236   :config (setq flycheck-checkers (delete 'checkpatch
237   flycheck-checkers))
238   :config (add-to-list 'flycheck-checkers 'checkpatch t))
239 #+end_src  
240
241 ** Flymake
242 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
243   (use-package flymake
244     :delight "Φ")
245 #+END_SRC
246
247 ** Winnermode
248 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
249   (winner-mode 1)
250 #+END_SRC
251 ** Eyebrowse
252
253 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
254   (use-package eyebrowse
255     :ensure t
256     :delight eyebrowse-mode
257     :init (setq eyebrowse-keymap-prefix (kbd "C-c e"))
258     :config (progn
259               (setq eyebrowse-wrap-around t)
260               (eyebrowse-mode t)
261
262               (defun my/eyebrowse-new-window-config ()
263                 (interactive)
264                 (let ((done nil))
265                   (dotimes (i 10)
266                     ;; start at 1 run till 0
267                     (let ((j (mod (+ i 1) 10)))
268                       (when (and (not done)
269                                  (not (eyebrowse--window-config-present-p j)))
270                         (eyebrowse-switch-to-window-config j)
271                         (call-interactively 'eyebrowse-rename-window-config2 j)
272                         (setq done t)
273                         ))
274                     )))
275
276               ;; I don't use latex-preview-pane
277               ;; (require 'latex-preview-pane)
278               ;; (defun my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch ()
279               ;;   ;; latex-preview-pane uses window-parameters which are
280               ;;   ;; not preserved by eyebrowse, so we close the preview
281               ;;   ;; pane before switching, it will be regenerated when we
282               ;;   ;; edit the TeX file.
283               ;;   (when (lpp/window-containing-preview)
284               ;;     (delete-window (lpp/window-containing-preview))))
285
286               ;; (add-to-list 'eyebrowse-pre-window-switch-hook
287               ;;              #'my/close-latex-preview-pane-before-eyebrowse-switch)
288
289               ;; (my/set-menu-key "["  #'my/eyebrowse-new-window-config)
290               ;; (my/set-menu-key ";"  #'eyebrowse-prev-window-config)
291               ;; (my/set-menu-key "'"  #'eyebrowse-next-window-config)
292               ;; (my/set-menu-key "]"  #'eyebrowse-close-window-config)
293               ;; (my/set-menu-key "\\" #'eyebrowse-rename-window-config)
294               )
295     )
296 #+END_SRC
297
298 ** Window handling
299
300 *** Splitting
301 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
302   (defun my/vsplit-last-buffer ()
303     "Split the window vertically and display the previous buffer."
304     (interactive)
305     (split-window-vertically)
306     (other-window 1 nil)
307     (switch-to-next-buffer))
308
309   (defun my/hsplit-last-buffer ()
310     "Split the window horizontally and display the previous buffer."
311     (interactive)
312     (split-window-horizontally)
313     (other-window 1 nil)
314     (switch-to-next-buffer))
315
316   (bind-key "C-x 2" 'my/vsplit-last-buffer)
317   (bind-key "C-x 3" 'my/hsplit-last-buffer)
318
319   (setq split-width-threshold  100)
320   (setq split-height-threshold 60)
321
322   (defun my/split-window-prefer-vertically (window)
323     "If there's only one window (excluding any possibly active
324            minibuffer), then split the current window horizontally."
325     (if (and (one-window-p t)
326              (not (active-minibuffer-window))
327              ( < (frame-width) (frame-height))
328              )
329         (let ((split-width-threshold nil))
330           (split-window-sensibly window))
331       (split-window-sensibly window)))
332
333   (setq split-window-preferred-function #'my/split-window-prefer-vertically)
334   (setq window-combination-resize t)
335 #+END_SRC
336
337 *** Compilation window
338
339 If there is no compilation window, open one at the bottom, spanning
340 the complete width of the frame. Otherwise, reuse existing window. In
341 the former case, if there was no error the window closes
342 automatically.
343
344 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
345   (add-to-list 'display-buffer-alist
346                `(,(rx bos "*compilation*" eos)
347                  (display-buffer-reuse-window
348                   display-buffer-in-side-window)
349                  (reusable-frames . visible)
350                  (side            . bottom)
351                  (window-height   . 0.4)))
352 #+END_SRC
353
354 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
355   (defun my/compilation-exit-autoclose (status code msg)
356     ;; If M-x compile exists with a 0
357     (when (and (eq status 'exit) (zerop code))
358       ;; and delete the *compilation* window
359       (let ((compilation-window (get-buffer-window (get-buffer "*compilation*"))))
360         (when (and (not (window-at-side-p compilation-window 'top))
361                    (window-at-side-p compilation-window 'left)
362                    (window-at-side-p compilation-window 'right))
363           (delete-window compilation-window))))
364     ;; Always return the anticipated result of compilation-exit-message-function
365     (cons msg code))
366
367   ;; Specify my function (maybe I should have done a lambda function)
368   (setq compilation-exit-message-function #'my/compilation-exit-autoclose)
369 #+END_SRC
370
371 If you change the variable ~compilation-scroll-output~ to a ~non-nil~
372 value, the compilation buffer scrolls automatically to follow the
373 output. If the value is ~first-error~, scrolling stops when the first
374 error appears, leaving point at that error. For any other non-nil
375 value, scrolling continues until there is no more output.
376
377 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
378   (setq compilation-scroll-output 'first-error)
379 #+END_SRC
380
381 ** Mode line cleaning
382 *** Delight 
383 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
384 (use-package delight
385   :demand t)
386 #+END_SRC
387
388 ** Jumping
389 *** Avy
390 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
391   (use-package avy
392     :if (>= emacs-major-version 25)
393     :ensure t
394     :bind (("C-c C-<SPC>" . avy-goto-word-or-subword-1)
395            ("C-c j j" . avy-goto-word-or-subword-1)
396            ("M-g g" . avy-goto-line))
397     :config (progn (setq avy-background t))
398     )
399 #+END_SRC
400 *** Ace-link (jumping to links)
401 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
402   (use-package ace-link
403     :ensure t
404     ; bind o in most modes
405     :config (ace-link-setup-default))
406 #+END_SRC
407 *** Jumping through edit points (goto-chg)
408 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
409   (use-package goto-chg
410     :ensure t
411     :bind (("C-c j ," . goto-last-change)
412            ("C-c j ." . goto-last-change-reverse))
413     )
414 #+END_SRC
415 *** Jumping to bookmarks (visible bookmarks, bm)
416 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
417   (use-package bm
418     :ensure t
419     :bind (("C-c j b ." . bm-next)
420            ("C-c j b ," . bm-previous)
421            ("C-c j b SPC" . bm-toggle)))
422 #+END_SRC
423
424 ** Snippets
425 *** Yasnippet
426 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
427 (use-package yasnippet
428   :ensure t
429   :delight yas-minor-mode
430   :config (progn
431             (yas-global-mode)
432             (setq yas-verbosity 1)
433             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<tab>") nil)
434             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "TAB") nil)
435             (define-key yas-minor-mode-map (kbd "<backtab>") nil)
436             (setq yas-snippet-dirs '("~/lib/emacs_el/snippets/"
437                                      "~/lib/emacs_el/yasnippet-snippets/snippets/"))
438             (add-to-list 'hippie-expand-try-functions-list
439                              'yas-hippie-try-expand)
440             (yas-reload-all)
441             )
442   )
443 #+END_SRC
444 *** Auto-YASnippet
445 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
446 (use-package auto-yasnippet
447   :ensure t
448   :bind (("H-w" . aya-create)
449          ("H-y" . aya-expand)
450          )
451   )
452 #+END_SRC
453 ** Treemacs: Tree file viewer
454 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
455 ;; Provides workspaces with file browsing (tree file viewer)
456 ;; and project management when coupled with `projectile`.
457
458 ; (use-package treemacs
459 ;   :ensure t
460 ;   :defer t
461 ;   :config
462 ;   (setq treemacs-no-png-images t
463 ;         treemacs-width 24)
464 ;   :bind ("C-c t" . treemacs))
465 #+END_SRC
466 ** LSP mode
467 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
468 (use-package lsp-mode
469   :defer t
470   :commands (lsp lsp-deferred)
471   :init (setq lsp-keymap-prefix "C-c l")
472   (defun my/orderless-dispatch-flex-first (_pattern index _total)
473     (and (eq index 0) 'orderless-flex))
474
475   (defun my/lsp-mode-setup-completion ()
476     (setf (alist-get 'styles (alist-get 'lsp-capf completion-category-defaults))
477           '(orderless)))
478
479   ;; Optionally configure the first word as flex filtered.
480   (add-hook 'orderless-style-dispatchers #'my/orderless-dispatch-flex-first nil 'local)
481
482   ;; Optionally configure the cape-capf-buster.
483   ; (setq-local completion-at-point-functions (list (cape-capf-buster #'lsp-completion-at-point)))
484
485   :hook (python-mode . lsp-deferred)
486         (cperl-mode . lsp-deferred)
487   (lsp-completion-mode . my/lsp-mode-setup-completion)
488   :custom
489   (lsp-completion-provider :none) ;; we use Corfu!
490   :config
491    (add-to-list 'lsp-file-watch-ignored-directories "[/\\\\]venv\\'")
492 )
493 #+END_SRC
494 ** LSP mode
495 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
496 ;; provides visual help in the buffer 
497 ;; for example definitions on hover. 
498 ;; the `imenu` lets me browse definitions quickly.
499 (use-package lsp-ui
500   :defer t
501   :after lsp-mode
502   :config
503   (setq lsp-ui-sideline-enable t
504             lsp-ui-doc-delay 2)
505   :hook (lsp-mode . lsp-ui-mode)
506   :bind (:map lsp-ui-mode-map
507               ("c-c i" . lsp-ui-imenu)))
508 #+END_SRC
509 *** LSP Pyright -- Python language server
510 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
511 ;; language server for python 
512 ;; read the docs for the different variables set in the config.
513 (use-package lsp-pyright
514   :defer t
515   :config
516   (setq lsp-clients-python-library-directories '("/usr/"))
517   (setq lsp-pyright-disable-language-service nil
518         lsp-pyright-disable-organize-imports nil
519         lsp-pyright-auto-import-completions t
520         lsp-pyright-use-library-code-for-types t
521         lsp-pyright-venv-path "venv")
522   :hook ((python-mode . (lambda () 
523                           (require 'lsp-pyright) (lsp-deferred)))))
524 #+END_SRC
525 ** Corfu
526 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
527 (use-package corfu
528   ;; Optional customizations
529   :custom
530   (corfu-cycle t)                ;; Enable cycling for `corfu-next/previous'
531   (corfu-auto t)                 ;; Enable auto completion
532   (corfu-separator ?\s)          ;; Orderless field separator
533   (corfu-quit-at-boundary t)
534   (corfu-quit-no-match 'separator)
535   (corfu-preview-current nil)    ;; Disable current candidate preview
536   (corfu-preselect 'prompt)      ;; Preselect the prompt
537   (corfu-on-exact-match nil)     ;; Configure handling of exact matches
538   (corfu-scroll-margin 5)        ;; Use scroll margin
539
540   :bind (
541          :map corfu-map
542               ("M-m" , corfu-move-to-minibuffer)
543               )
544   :init
545   (global-corfu-mode)
546   (setq completion-cycle-threshold 3)
547   (setq tab-always-indent 'complete)
548   :config
549   (defun corfu-move-to-minibuffer ()
550     (interactive)
551     (when completion-in-region--data
552       (let ((completion-extra-properties corfu--extra)
553             completion-cycle-threshold completion-cycling)
554         (apply #'consult-completion-in-region completion-in-region--data))))
555   (add-to-list 'corfu-continue-commands #'corfu-move-to-minibuffer)
556   )
557 #+END_SRC
558 ** Dabbrv
559 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
560 (use-package dabbrev
561   :ensure t
562   ;; Swap M-/ and C-M-/
563   :bind (("M-/" . dabbrev-completion)
564          ("C-M-/" . dabbrev-expand))
565   ;; Other useful Dabbrev configurations.
566   :custom
567   (dabbrev-ignored-buffer-regexps '("\\.\\(?:pdf\\|jpe?g\\|png\\)\\'")))
568 #+END_SRC
569 ** Tinyprocmail
570
571 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
572 ;; load tinyprocmail
573 (use-package tinyprocmail
574   :straight (tinytools :type git :type git :host github :repo "jaalto/project--emacs-tiny-tools")
575   ; :load-path "~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny"
576   :mode (".procmailrc" . turn-on-tinyprocmail-mode)
577   )
578 #+END_SRC
579
580 ** Magit
581 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
582 (use-package magit
583   :defer t
584   :bind (("C-x g" . magit-status)
585          ("C-x C-g" . magit-status))
586   :config
587   ;; refine diffs always (hilight words)
588   (setq magit-diff-refine-hunk nil)
589   )
590 (use-package magit-annex
591   :defer t
592   :after magit
593   )
594 (use-package magit-vcsh
595   :defer t
596   :after magit
597   )
598 #+END_SRC
599
600 *** Forge (github/gitlab)
601 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
602 (use-package forge
603   :defer t
604   :after magit
605   )
606 #+END_SRC
607
608 ** Perl
609 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
610 (use-package cperl-mode
611   :mode ("\\.pl'" . cperl-mode)
612   ("\\.perl5\\'" . cperl-mode)
613   ("\\.perl\\'" . cperl-mode)
614   ("\\.miniperl\\'" . cperl-mode)
615   ("\\.\\([Pp][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode)
616     ;; use c-mode for perl .xs files
617   ("\\.xs\\'" . c-mode)
618   :config
619        (setq cperl-hairy t
620           cperl-indent-level 4
621           cperl-auto-newline nil
622           cperl-auto-newline-after-colon nil
623           cperl-continued-statement-offset 4
624           cperl-brace-offset -1
625           cperl-continued-brace-offset 0
626           cperl-label-offset -4
627           cperl-highlight-variables-indiscriminately t
628           cperl-electric-lbrace-space nil
629           cperl-indent-parens-as-block nil
630           cperl-close-paren-offset -1
631           cperl-tab-always-indent t)
632     (setq cperl-lazy-help-time nil)
633     ;;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
634 )
635 #+END_SRC
636
637 ** Markdown mode
638 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
639 (use-package markdown-mode
640   :defer t
641   :mode (("\\.md\\'" . markdown-mode)
642          ("\\.mdwn\\'" . markdown-mode)
643          ("README\\.md\\'" . gfm-mode)
644          )
645   :config
646   (setq markdown-enable-math t)
647   (setq markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
648   (bind-key "M-." #'markdown-jump markdown-mode-map)
649   (add-hook 'markdown-mode-hook #'flyspell-mode)
650   (add-hook 'markdown-mode-hook #'outline-minor-mode)
651   (bind-key "C-<tab>" #'outline-cycle markdown-mode-map)
652 )
653
654 #+END_SRC
655 ** SQL mode
656 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
657 ; load sql-indent when sql is loaded
658 (use-package sql-indent
659   :after sql
660   :hook sql-mode
661   )
662 (use-package sql
663   :commands (sql-mode)
664   :mode (("\\.sql\\'" . sql-mode))
665   )
666 #+END_SRC
667 ** Ediff
668 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
669 (use-package ediff
670   :commands ediff ediff3
671   :config
672   ;; ediff configuration
673   ;; don't use the multi-window configuration
674   (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
675 )
676 #+END_SRC
677 ** Do the Right Thing Indenting
678 Attempts to automatically identify the right indentation for a file
679 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
680 (use-package dtrt-indent
681 )  
682 #+END_SRC
683 ** VCL --editing varnish configuration files
684 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
685 (use-package vcl-mode
686   :mode "\\.vcl\\'"
687   )
688 #+END_SRC
689 ** Vertico
690 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
691 (use-package vertico
692   :demand t
693   :config
694   (vertico-mode)
695   ; (define-key vertico-map "\r" #'vertico-directory-enter)
696   ; (define-key vertico-map "\d" #'vertico-directory-delete-char)
697   ; (define-key vertico-map "\M-\d" #'vertico-directory-delete-word)
698   ; (add-hook 'rfn-eshadow-update-overlay-hook #'vertico-directory-tidy)
699
700   ;; Different scroll margin
701   ;; (setq vertico-scroll-margin 0)
702
703   ;; Show more candidates
704   ;; (setq vertico-count 20)
705
706   ;; Grow and shrink the Vertico minibuffer
707   ;; (setq vertico-resize t)
708
709   ;; Optionally enable cycling for `vertico-next' and `vertico-previous'.
710   ;; (setq vertico-cycle t)
711   :custom
712   (vertico-grid-separator "       ")
713   (vertico-grid-lookahead 50)
714 )
715 (use-package vertico-multiform
716   :straight nil
717   :load-path "~/var/emacs/straight/build/vertico/extensions/"
718   :after vertico
719   :config
720   (setq vertico-multiform-categories
721      '((file reverse)
722        (consult-grep buffer)
723        (consult-location)
724        (imenu buffer)
725        (library reverse indexed)
726        (org-roam-node reverse indexed)
727        ; (t reverse)
728        )
729      )
730   (setq vertico-multiform-commands
731         '(("flyspell-correct-*" grid reverse)
732           (org-refile grid reverse indexed)
733           (consult-yank-pop indexed)
734           (consult-flycheck)
735           (consult-lsp-diagnostics)
736           )
737         )
738   (vertico-multiform-mode)
739   )
740
741 (use-package vertico-grid
742   :straight nil
743   :after vertico
744   )
745 (use-package vertico-reverse
746   :straight nil
747   :after vertico
748   )
749 (use-package vertico-indexed
750   :straight nil
751   :after vertico
752   )
753 (use-package vertico-buffer
754   :straight nil
755   :after vertico
756   )
757
758
759 ;; Persist history over Emacs restarts. Vertico sorts by history position.
760 (use-package savehist
761   :demand t
762   :config
763   (savehist-mode))
764
765 #+END_SRC
766 ** Orderless: advanced completion style
767 #+begin_src emacs-lisp
768 (use-package orderless
769   :init
770   ;; Configure a custom style dispatcher (see the Consult wiki)
771   ;; (setq orderless-style-dispatchers '(+orderless-dispatch)
772   ;;       orderless-component-separator #'orderless-escapable-split-on-space)
773   (setq completion-styles '(orderless basic)
774         completion-category-defaults nil
775         completion-category-overrides '((file (styles partial-completion)))))
776 #+end_src
777 ** Marginalia: Rich annotations in the minibuffer
778 #+begin_src emacs-lisp
779 (use-package marginalia
780   :demand t
781   :bind (:map minibuffer-local-map
782          ("M-A" . marginalia-cycle))
783   :config
784   (marginalia-mode)
785   )
786 #+end_src
787 ** Embark: Minibuffer actions and context menu
788 #+begin_src emacs-lisp
789 (use-package embark
790   :bind
791   (("C-." . embark-act)         ;; pick some comfortable binding
792    ("C-;" . embark-dwim)        ;; good alternative: M-.
793    ("C-h B" . embark-bindings)) ;; alternative for `describe-bindings'
794
795   :init
796
797   ;; Optionally replace the key help with a completing-read interface
798   (setq prefix-help-command #'embark-prefix-help-command)
799
800   :config
801
802   ;; Hide the mode line of the Embark live/completions buffers
803   (add-to-list 'display-buffer-alist
804                '("\\`\\*Embark Collect \\(Live\\|Completions\\)\\*"
805                  nil
806                  (window-parameters (mode-line-format . none)))))
807
808 (use-package embark-consult
809   :hook
810   (embark-collect-mode . consult-preview-at-point-mode))
811 #+end_src
812 ** which-key (show possible completions of a key combination)
813 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
814 (use-package which-key
815   :demand t
816   )
817 #+END_SRC
818 ** Consult
819 #+begin_src emacs-lisp
820 (use-package consult
821   ;; Replace bindings. Lazily loaded due by `use-package'.
822   :bind (;; C-c bindings in `mode-specific-map'
823          ("C-c M-x" . consult-mode-command)
824          ("C-c h" . consult-history)
825          ("C-c k" . consult-kmacro)
826          ("C-c m" . consult-man)
827          ("C-c i" . consult-info)
828          ([remap Info-search] . consult-info)
829          ;; C-x bindings in `ctl-x-map'
830          ("C-x M-:" . consult-complex-command)     ;; orig. repeat-complex-command
831          ("C-x b" . consult-buffer)                ;; orig. switch-to-buffer
832          ("C-x 4 b" . consult-buffer-other-window) ;; orig. switch-to-buffer-other-window
833          ("C-x 5 b" . consult-buffer-other-frame)  ;; orig. switch-to-buffer-other-frame
834          ("C-x r b" . consult-bookmark)            ;; orig. bookmark-jump
835          ("C-x p b" . consult-project-buffer)      ;; orig. project-switch-to-buffer
836          ;; Custom M-# bindings for fast register access
837          ("M-#" . consult-register-load)
838          ("M-'" . consult-register-store)          ;; orig. abbrev-prefix-mark (unrelated)
839          ("C-M-#" . consult-register)
840          ;; Other custom bindings
841          ("M-y" . consult-yank-pop)                ;; orig. yank-pop
842          ;; M-g bindings in `goto-map'
843          ("M-g e" . consult-compile-error)
844          ("M-g f" . consult-flymake)               ;; Alternative: consult-flycheck
845          ("M-g g" . consult-goto-line)             ;; orig. goto-line
846          ("M-g M-g" . consult-goto-line)           ;; orig. goto-line
847          ("M-g o" . consult-outline)               ;; Alternative: consult-org-heading
848          ("M-g m" . consult-mark)
849          ("M-g k" . consult-global-mark)
850          ("M-g i" . consult-imenu)
851          ("M-g I" . consult-imenu-multi)
852          ;; M-s bindings in `search-map'
853          ("M-s d" . consult-find)
854          ("M-s D" . consult-locate)
855          ("M-s g" . consult-grep)
856          ("M-s G" . consult-git-grep)
857          ("M-s r" . consult-ripgrep)
858          ("M-s l" . consult-line)
859          ("M-s L" . consult-line-multi)
860          ("M-s k" . consult-keep-lines)
861          ("M-s u" . consult-focus-lines)
862          ;; Isearch integration
863          ("M-s e" . consult-isearch-history)
864          :map isearch-mode-map
865          ("M-e" . consult-isearch-history)         ;; orig. isearch-edit-string
866          ("M-s e" . consult-isearch-history)       ;; orig. isearch-edit-string
867          ("M-s l" . consult-line)                  ;; needed by consult-line to detect isearch
868          ("M-s L" . consult-line-multi)            ;; needed by consult-line to detect isearch
869          ;; Minibuffer history
870          :map minibuffer-local-map
871          ("M-s" . consult-history)                 ;; orig. next-matching-history-element
872          ("M-r" . consult-history))                ;; orig. previous-matching-history-element
873
874   ;; Enable automatic preview at point in the *Completions* buffer. This is
875   ;; relevant when you use the default completion UI.
876   :hook (completion-list-mode . consult-preview-at-point-mode)
877
878   :commands (consult-xref)
879
880   ;; The :init configuration is always executed (Not lazy)
881   :init
882
883   ;; Optionally configure the register formatting. This improves the register
884   ;; preview for `consult-register', `consult-register-load',
885   ;; `consult-register-store' and the Emacs built-ins.
886   (setq register-preview-delay 0.5
887         register-preview-function #'consult-register-format)
888
889   ;; Optionally tweak the register preview window.
890   ;; This adds thin lines, sorting and hides the mode line of the window.
891   (advice-add #'register-preview :override #'consult-register-window)
892
893   ;; Use Consult to select xref locations with preview
894   (setq xref-show-xrefs-function #'consult-xref
895         xref-show-definitions-function #'consult-xref)
896
897   ;; Configure other variables and modes in the :config section,
898   ;; after lazily loading the package.
899   :config
900   ;; Optionally configure preview. The default value
901   ;; is 'any, such that any key triggers the preview.
902   ;; (setq consult-preview-key 'any)
903   ;; (setq consult-preview-key "M-.")
904   ;; (setq consult-preview-key '("S-<down>" "S-<up>"))
905   ;; For some commands and buffer sources it is useful to configure the
906   ;; :preview-key on a per-command basis using the `consult-customize' macro.
907   (consult-customize
908    consult-theme :preview-key '(:debounce 0.2 any)
909    consult-ripgrep consult-git-grep consult-grep
910    consult-bookmark consult-recent-file consult-xref
911    consult--source-bookmark consult--source-file-register
912    consult--source-recent-file consult--source-project-recent-file
913    ;; :preview-key "M-."
914    :preview-key '(:debounce 0.4 any))
915
916   ;; Optionally configure the narrowing key.
917   ;; Both < and C-+ work reasonably well.
918   (setq consult-narrow-key "<") ;; "C-+"
919
920   ;; Optionally make narrowing help available in the minibuffer.
921   ;; You may want to use `embark-prefix-help-command' or which-key instead.
922   ;; (define-key consult-narrow-map (vconcat consult-narrow-key "?") #'consult-narrow-help)
923
924   ;; By default `consult-project-function' uses `project-root' from project.el.
925   ;; Optionally configure a different project root function.
926   ;;;; 1. project.el (the default)
927   ;; (setq consult-project-function #'consult--default-project--function)
928   ;;;; 2. vc.el (vc-root-dir)
929   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (vc-root-dir)))
930   ;;;; 3. locate-dominating-file
931   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (locate-dominating-file "." ".git")))
932   ;;;; 4. projectile.el (projectile-project-root)
933   ;; (autoload 'projectile-project-root "projectile")
934   ;; (setq consult-project-function (lambda (_) (projectile-project-root)))
935   ;;;; 5. No project support
936   ;; (setq consult-project-function nil)
937 )
938 #+end_src
939 ** Projectile -- Project management
940 #+begin_src emacs-lisp
941 (use-package projectile
942   :bind (("<f5>" . projectile-compile-project)
943          ("<f6>" . next-error))
944   :config (projectile-global-mode))
945 #+end_src
946
947 ** Zap to char
948 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
949 (use-package avy-zap
950   :bind ("M-z" . avy-zap-up-to-char-dwim))
951 #+END_SRC
952 ** Hydra
953 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
954 (use-package hydra
955   :bind (("C-c 2" . my/hydra-orgmodes/body)
956          ("C-c @" . my/hydra-orgmodes/body)
957          ("C-c #" . my/hydra-outline/body)
958          ("C-c 3" . my/hydra-outline/body)
959          )
960   :config
961   (defhydra my/hydra-orgmodes (:color blue :hint nil)
962   "
963 _n_: notes _c_: chaim _w_: wildman _o_: ool
964 _u_: uddin _s_: steve _r_: refile  _f_: fh    
965 _p_: read papers      _R_: paper notes
966 _h_: hpcbio
967 _q_: quit
968 _z_: quit
969 "
970   ("n" (find-file "~/projects/org-notes/notes.org"))
971   ("c" (find-file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
972   ("w" (find-file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
973   ("u" (find-file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
974   ("o" (find-file "~/projects/org-notes/ool.org"))
975   ("f" (find-file "~/projects/org-notes/fh.org"))
976   ("s" (find-file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
977   ("r" (find-file my/org-refile-file))
978   ("p" (find-file "~/projects/research/papers_to_read.org"))
979   ("R" (find-file "~/projects/research/paper_notes.org"))
980   ("h" (find-file "~/projects/org-notes/hpcbio.org"))
981   ("q" nil "quit")
982   ("z" nil "quit")
983   )
984
985   ;; from https://github.com/abo-abo/hydra/wiki/Emacs
986   (defhydra my/hydra-outline (:color pink :hint nil)
987   "
988 ^Hide^             ^Show^           ^Move
989 ^^^^^^------------------------------------------------------
990 _q_: sublevels     _a_: all         _u_: up
991 _t_: body          _e_: entry       _n_: next visible
992 _o_: other         _i_: children    _p_: previous visible
993 _c_: entry         _k_: branches    _f_: forward same level
994 _l_: leaves        _s_: subtree     _b_: backward same level
995 _d_: subtree
996
997 "
998   ;; Hide
999   ("q" outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
1000   ("t" outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
1001   ("o" outline-hide-other)        ; Hide other branches
1002   ("c" outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
1003   ("l" outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
1004   ("d" outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
1005   ;; Show
1006   ("a" outline-show-all)          ; Show (expand) everything
1007   ("e" outline-show-entry)        ; Show this heading's body
1008   ("i" outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
1009   ("k" outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
1010   ("s" outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
1011   ;; Move
1012   ("u" outline-up-heading)                ; Up
1013   ("n" outline-next-visible-heading)      ; Next
1014   ("p" outline-previous-visible-heading)  ; Previous
1015   ("f" outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
1016   ("b" outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
1017   ("z" nil "leave"))
1018 )
1019 #+END_SRC
1020
1021 ** Tramp
1022 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1023 (use-package tramp
1024   :demand t
1025   ; use the built in tramp
1026   :straight nil
1027   :config
1028   (setq tramp-use-ssh-controlmaster-options nil)
1029   (add-to-list 'tramp-methods '("vcsh"
1030                                 (tramp-login-program "vcsh")
1031                                 (tramp-login-args
1032                                  (("enter")
1033                                   ("%h")))
1034                                 (tramp-remote-shell "/bin/sh")
1035                                 (tramp-remote-shell-args
1036                                  ("-c")))))
1037 #+END_SRC
1038 ** Reftex
1039 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1040 (use-package reftex
1041   :config
1042   (setq-default reftex-default-bibliography
1043                   '("~/projects/research/references.bib")))
1044 #+END_SRC
1045 ** BibTex
1046 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1047 (use-package bibtex
1048   :config (setq bibtex-user-optional-fields
1049                 (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)")
1050                         ("abstract" "")
1051                 ("pmid" "")
1052                 ("doi" ""))))
1053   )
1054
1055 #+END_SRC
1056 ** LaTeX
1057 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1058 (use-package tex
1059   :straight auctex
1060   :mode ("\\.tex\\'" . LaTeX-mode)
1061   :mode ("\\.bib\\'" . bibtex-mode)
1062   :config
1063   ; (add-to-list 'TeX-style-path '"/home/don/lib/emacs_el/auctex/style")
1064   ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
1065   ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
1066   ; (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
1067   ; (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
1068   ; (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
1069   ; (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
1070   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1071   (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
1072   (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
1073   (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
1074
1075   (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
1076   ;; support fake section headers
1077   (setq TeX-outline-extra
1078         '(("%chapter" 1)
1079           ("%section" 2)
1080           ("%subsection" 3)
1081           ("%subsubsection" 4)
1082           ("%paragraph" 5)))
1083   ;; add font locking to the headers
1084   (font-lock-add-keywords
1085    'latex-mode
1086    '(("^%\\(chapter\\|\\(sub\\|subsub\\)?section\\|paragraph\\)"
1087       0 'font-lock-keyword-face t)
1088      ("^%chapter{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-1-face t)
1089      ("^%section{\\(.*\\)}"       1 'font-latex-sectioning-2-face t)
1090      ("^%subsection{\\(.*\\)}"    1 'font-latex-sectioning-3-face t)
1091      ("^%subsubsection{\\(.*\\)}" 1 'font-latex-sectioning-4-face t)
1092      ("^%paragraph{\\(.*\\)}"     1 'font-latex-sectioning-5-face t)))
1093
1094   ;; use smart quotes by default instead of `` and ''
1095   ;; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
1096   (setq TeX-open-quote "“")
1097   (setq TeX-close-quote "”")
1098
1099   ;; (TeX-add-style-hook
1100   ;;  "latex"
1101   ;;  (lambda ()
1102   ;;    (TeX-add-symbols
1103   ;;     '("DLA" 1))))
1104   ;; (custom-set-variables
1105   ;;  '(font-latex-user-keyword-classes 
1106   ;;    '(("fixme" 
1107   ;;       ("DLA" "RZ")
1108   ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
1109   ;; ) 
1110   (setq-default TeX-parse-self t)
1111   (setq-default TeX-auto-save t)
1112   (setq-default TeX-master nil)
1113   (add-to-list 'LaTeX-font-list
1114                '(?\C-a "\\alert{","}"))
1115   (eval-after-load
1116       "latex"
1117     '(TeX-add-style-hook
1118       "cleveref"
1119       (lambda ()
1120         (if (boundp 'reftex-ref-style-alist)
1121             (add-to-list
1122              'reftex-ref-style-alist
1123              '("Cleveref" "cleveref"
1124                (("\\cref" ?c) ("\\Cref" ?C) ("\\cpageref" ?d) ("\\Cpageref" ?D)))))
1125         (reftex-ref-style-activate "Cleveref")
1126         (TeX-add-symbols
1127          '("cref" TeX-arg-ref)
1128          '("Cref" TeX-arg-ref)
1129          '("cpageref" TeX-arg-ref)
1130          '("Cpageref" TeX-arg-ref)))))
1131   (eval-after-load
1132       "latex"
1133     '(add-to-list 'LaTeX-fill-excluded-macros
1134                   '("Sexpr")))
1135   
1136   (setq font-latex-match-reference-keywords
1137         '(
1138           ("fref" "{")
1139           ("Fref" "{")
1140           ("citep" "{")
1141           ("citet" "{")
1142           ("acs" "{")
1143           ("acsp" "{")
1144           ("ac" "{")
1145           ("acp" "{")
1146           ("acl" "{")
1147           ("aclp" "{")
1148           ("acsu" "{")
1149           ("aclu" "{")
1150           ("acused" "{")
1151           ("DLA" "{")
1152           ("RZ" "{")
1153           ("OM" "{")
1154           ("DL" "{")
1155           ("fixme" "{"))
1156         )
1157   (setq font-latex-fontify-script nil)
1158   (setq font-latex-fontify-sectioning (quote color))
1159   (setq font-latex-script-display (quote (nil)))
1160 )
1161
1162 #+END_SRC
1163 ** ESS
1164 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1165 (use-package ess
1166   :commands R
1167   :mode ("\\.R\\'" . ess-r-mode)
1168   :bind (:map ess-mode-map
1169               ("C-c C-R" . dla/ess-region-remote-eval))
1170   :init
1171   (autoload 'ess-r-mode "ess-site" nil t)
1172   (autoload 'R "ess-site" nil t)
1173   :config
1174   ; actually load the rest of ess
1175   (require 'ess-site)
1176   (defun ess-change-directory (path)
1177     "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
1178     (interactive "Directory to change to: ")
1179
1180     (when (file-exists-p path)
1181       (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
1182       ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
1183       (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
1184   (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
1185   ;; outlining support for ess modes
1186   (add-hook
1187    'ess-mode-hook
1188    '(lambda ()
1189       (outline-minor-mode)
1190       (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
1191       (defun outline-level ()
1192         (cond ((looking-at "^##### ") 1)
1193               ((looking-at "^#### ") 2)
1194               ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
1195               (t 1000)))
1196       ))
1197   (defun dla/ess-region-remote-eval (start end)
1198     "Evaluate region in a remote ESS instance"
1199     (interactive "r")
1200     (shell-command-on-region start end "eval_r" (get-buffer-create "***essregionremoteeval***") nil nil nil)
1201     (kill-buffer "***essregionremoteeval***"))
1202   ;; Don't restore history or save workspace image
1203   '(inferior-R-args "--no-restore-history --no-save")
1204   )
1205 #+END_SRC
1206
1207 ** Rainbowmode
1208 From http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode, this colorizes color strings
1209
1210 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1211 (use-package rainbow-mode
1212   :delight 🌈
1213   ;; add ess to the x major mode
1214   :config (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
1215   (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
1216 )
1217 #+END_SRC
1218
1219 ** YAML Mode
1220 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1221 (use-package yaml-mode
1222   ;; add ess to the x major mode
1223   :mode ("\\.\\(yaml|yml\\)\\'" . yaml-mode)
1224 )
1225 #+END_SRC
1226
1227 ** Polymode
1228 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1229 (use-package poly-noweb
1230   :after polymode
1231
1232   )
1233 (use-package poly-markdown
1234   :after polymode
1235   )
1236 (use-package poly-R
1237   :after (:all polymode poly-markdown poly-noweb)
1238   :mode ("\\.Snw" . poly-noweb+r-mode)
1239   :mode ("\\.Rnw" . poly-noweb+r-mode)
1240   :mode ("\\.Rmd" . poly-markdown+r-mode)
1241   )
1242 (use-package polymode
1243   )
1244
1245 #+END_SRC
1246
1247 ** Outlining
1248 *** outline minor mode
1249 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1250 (use-package outline
1251    :straight nil
1252    :delight
1253    :init
1254    (setq outline-minor-mode-prefix "C-c C-2")
1255 )
1256 #+END_SRC
1257 *** outshine (outlining) integration
1258 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1259 (use-package outshine
1260   :after outline
1261   :hook (outline-minor-mode . outshine-mode)
1262 )
1263 #+END_SRC
1264 ** Writeroom Mode
1265 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1266 (use-package writeroom-mode
1267   :config
1268   (defun my/writing-mode ()
1269     "Start my writing mode; enable visual-line-mode and auto-fill-mode"
1270     (interactive)
1271     (if writeroom-mode
1272         (progn
1273           (writeroom-mode -1)
1274           (visual-line-mode -1)
1275           (auto-fill-mode -1)
1276           (visual-fill-column-mode -1)
1277           )
1278       (visual-line-mode 1)
1279       (auto-fill-mode 1)
1280       (visual-fill-column-mode 1)
1281       (writeroom-mode 1))
1282     )
1283   )
1284 #+END_SRC
1285 ** GhostText/Atomic Chrome
1286 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1287 (use-package atomic-chrome
1288   :config
1289   (ignore-errors (atomic-chrome-start-server))
1290   (setq atomic-chrome-buffer-open-style 'full)
1291   )
1292 #+END_SRC
1293 ** Edit Server
1294 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1295 (use-package edit-server
1296   :commands edit-server-start
1297   :init (if after-init-time
1298             (edit-server-start)
1299           (add-hook 'after-init-hook
1300                     #'(lambda() (edit-server-start))))
1301   :config (setq edit-server-new-frame-alist
1302                 '((name . "Edit with Emacs FRAME")
1303                   (top . 200)
1304                   (left . 200)
1305                   (width . 80)
1306                   (height . 25)
1307                   (minibuffer . t)
1308                   (menu-bar-lines . t)
1309                   (window-system . x)))
1310   )
1311 #+END_SRC
1312 ** Multiple Cursors
1313 [[https://github.com/magnars/multiple-cursors.el][Multiple Cursors]]
1314 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1315 (use-package multiple-cursors
1316   :bind* (("C-;" . mc/mark-all-dwim)
1317           ("C-<" . mc/mark-previous-like-this)
1318           ("C->" . mc/mark-next-like-this)
1319           ("C-S-c C-S-c" . mc/edit-lines))
1320   )
1321 #+END_SRC
1322 ** Web Mode
1323 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1324 (use-package web-mode
1325   :mode ("\\.\\(tx|tmpl\\)\\'" . web-mode)
1326   :config
1327   (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.tmpl\\'" . web-mode))
1328   (setq web-mode-enable-engine-detection t)
1329   (setq web-mode-engines-alist
1330         '(("template-toolkit" . "\\.tmpl\\'")))
1331   )
1332 #+END_SRC
1333 ** Spamassassin Mode
1334 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1335 (use-package spamassassin-mode
1336   :straight nil
1337   :load-path "~/lib/emacs_el"
1338   :commands spamassassin-mode
1339   )
1340 #+END_SRC
1341 ** Password Store
1342 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1343 (use-package password-store
1344   :commands password-store-edit password-store-generate
1345   :config
1346   (defun dla/password-store-edit (entry)
1347     "Edit password for ENTRY which doesn't require it to already exist"
1348     (interactive (list (password-store--completing-read nil)))
1349     (password-store--run-edit entry))
1350   (advice-add 'password-store-edit :override #'dla/password-store-edit)
1351   )
1352 #+END_SRC
1353 ** CSS mode
1354 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1355 (use-package css
1356   :straight css-mode
1357   :mode "\\.css'"
1358   :config
1359   ;; fix up css mode to not be silly
1360   ;; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
1361   (setq cssm-indent-level 4)
1362   (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
1363   (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
1364   (setq cssm-mirror-mode nil))
1365 #+END_SRC
1366 ** Abbrev Mode
1367 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1368 (use-package abbrev
1369   :straight nil
1370   :delight abbrev-mode
1371   :config
1372   ;; load abbreviations from 
1373   (setq abbrev-file-name       
1374         "~/.emacs_abbrev_def")
1375
1376   ;; read the abbrev file if it exists
1377   (if (file-exists-p abbrev-file-name)
1378       (quietly-read-abbrev-file))
1379
1380   ;; for now, use abbrev mode everywhere
1381   :init 
1382   (setq default-abbrev-mode t))
1383 #+END_SRC
1384
1385 ** Debugging (realgud)
1386 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1387 (use-package realgud
1388   :commands (realgud:pdb realgud:gdb)
1389   )
1390 #+END_SRC
1391 ** Python Programming
1392 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1393 (use-package python-mode
1394   :delight Py 🐍
1395   :hook
1396   (python-mode . pyvenv-mode)
1397   (python-mode . flycheck-mode)
1398   (python-mode . blacken-mode)
1399   (python-mode . yas-minor-mode)
1400   (python-mode . anaconda-mode)
1401   )
1402 (use-package pyvenv
1403   :delight
1404   :after python-mode
1405   )
1406 (use-package blacken
1407   :delight
1408   :after python-mode
1409   :commands (blacken-buffer)
1410   :config
1411   (setq-default blacken-fast-unsafe t)
1412 )
1413 #+END_SRC
1414 *** Black
1415 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1416 (use-package python-black
1417   :delight
1418   :commands (python-black-buffer python-black-statement)
1419   :after python)
1420 #+end_src
1421 *** Sphinx Documentation
1422 #+begin_src emacs-lisp :tangle yes
1423 (use-package numpydoc
1424   :after python
1425   :bind (:map python-mode-map
1426               ("C-c C-n" . numpydoc-generate)))
1427 (use-package sphinx-doc
1428   :delight 🐈
1429   :config
1430   (setq sphinx-doc-include-types t)
1431   :after python
1432   :hook (python-mode . sphinx-doc-mode)
1433   )
1434 (use-package python-docstring
1435   :delight 
1436   :after python
1437   :hook (python-mode . python-docstring-mode)
1438   )
1439 #+end_src
1440 *** Anaconda Mode (Documentation lookup and completion)
1441 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1442 (use-package anaconda-mode
1443   :delight
1444   :after python
1445 )
1446 #+END_SRC
1447 ** Go language
1448 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1449 (use-package go-mode
1450              :delight "go"
1451              :mode "\\.go"
1452              )
1453 #+END_SRC
1454
1455 ** Expand region
1456 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1457 (use-package expand-region
1458   :bind (("C-=" . 'er/expand-region))
1459   )
1460 #+END_SRC
1461
1462 ** Dockerfile
1463 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1464 (use-package dockerfile-mode
1465   :mode "Dockerfile"
1466   )
1467 #+END_SRC
1468
1469 ** Beancount
1470 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1471 (use-package beancount
1472   :straight nil
1473   :load-path "~/lib/emacs_el/beancount-mode/"
1474   :mode "\\.beancount\\'"
1475   
1476   )
1477 #+END_SRC
1478 ** Apache
1479 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1480 (use-package apache-mode
1481   :delight 🪶
1482   :mode "apache\\.conf\\'"
1483   )
1484 #+END_SRC
1485 ** ELDoc
1486 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1487 (use-package eldoc
1488   :delight
1489   :commands eldoc-mode
1490   :straight nil
1491   )
1492 #+END_SRC
1493
1494 * Email
1495 ** Mutt
1496 *** Message-mode
1497 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1498 (use-package message
1499   :straight nil
1500   :delight (message "✉")
1501   :delight (message-mode "✉")
1502   :mode ("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1503   :mode ("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode)
1504   :hook 'my/message-mode-settings
1505   :hook 'turn-on-flyspell
1506   :bind (:map message-mode-map
1507       ("C-c C-a" . my/post-attach-file)
1508       ("C-x p" . my/message-kill-buffer)
1509       )
1510   :config
1511   (defun my/message-mode-settings ()
1512     (font-lock-add-keywords nil
1513                 '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1514                (0 'message-multiply-quoted-text-face))
1515               ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
1516                (0 'message-double-quoted-text-face))))
1517     )
1518   (defun my/message-kill-buffer ()
1519     (interactive)
1520     (kill-buffer nil)
1521     )
1522   (defun my/post-attach-file ()
1523     "Prompt for an attachment."
1524     (interactive)
1525     (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil)))
1526       (my/header-attach-file file "")))
1527
1528   (defun my/header-attach-file (file description)
1529     "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
1530   Argument DESCRIPTION MIME description."
1531     (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
1532     (when (> (length file) 0)
1533   (save-excursion
1534     (save-match-data
1535       (save-restriction
1536         (widen)
1537         (goto-char (point-min))
1538         (search-forward-regexp "^$")
1539         (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
1540                 description "\n"))
1541         (message (concat "Attached '" file "'."))
1542         (setq post-has-attachment t))))))
1543
1544   (setq mail-yank-prefix "> ")
1545   (setq mail-header-separator "") ; fix broken header detection
1546 )
1547 #+END_SRC
1548 *** Muttrc mode
1549 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1550 (use-package mutt-mode
1551   :mode "muttngrc"
1552   :mode "muttrc"
1553 )
1554 #+END_SRC
1555 *** Set mail User agent
1556 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1557 (setq mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
1558 #+END_SRC
1559 *** Mail aliases
1560 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1561 ; (use-package
1562 ;   :straight t
1563 ;   :hook message
1564 ;   :config
1565 ;   (setq mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
1566 ; )
1567 #+END_SRC
1568 * Base emacs
1569 ** Reverting buffers
1570 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1571 (use-package autorevert
1572   :delight auto-revert-mode
1573   :config
1574   (setq global-auto-revert-non-file-buffers t
1575         global-auto-revert-ignore-modes '(pdf-view-mode)
1576         auto-revert-verbose nil)
1577   (global-auto-revert-mode 1))
1578 #+END_SRC
1579 * Org Mode
1580 ** Use-package and load things
1581 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1582
1583 (use-package org
1584   :delight (org-mode "ø")
1585   :mode ("\\.\\(org\\|org_archive\\|txt\\)\\'" . org-mode)
1586   :bind (("C-c l l" . org-store-link)
1587          ("C-c a"  . org-agenda)
1588          ("C-c b"  . org-iswitchb))
1589 #+END_SRC
1590 ** Agenda Configuration
1591 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1592   :config
1593   (setq-default org-log-done 'time)
1594   (setq-default org-agenda-ndays 5)
1595
1596   (setq org-agenda-sticky t)
1597   (defun dla/show-org-agenda ()
1598     (interactive)
1599     (let (agendabuffer
1600           '(delq nil 
1601                 (mapcar (lambda (x)
1602                           (and (string-match-p
1603                                 "\*Org Agenda.*\*"
1604                                 (buffer-name x))
1605                                x)
1606                           )
1607                         (buffer-list))))
1608       (if agendabuffer
1609           (switch-to-buffer
1610            (buffer-name agendabuffer))
1611         (org-agenda-list)))
1612       (delete-other-windows))
1613
1614   ;; agenda configuration
1615   ;; Do not dim blocked tasks
1616   (setq org-agenda-dim-blocked-tasks nil)
1617   (setq org-agenda-inhibit-startup t)
1618   (setq org-agenda-use-tag-inheritance nil)
1619
1620   ;; Compact the block agenda view
1621   (setq org-agenda-compact-blocks t)
1622
1623   ;; Custom agenda command definitions
1624   (setq org-agenda-custom-commands
1625         (quote (("N" "Notes" tags "NOTE"
1626                  ((org-agenda-overriding-header "Notes")
1627                   (org-tags-match-list-sublevels t)))
1628                 ("h" "Habits" tags-todo "STYLE=\"habit\""
1629                  ((org-agenda-overriding-header "Habits")
1630                   (org-agenda-sorting-strategy
1631                    '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1632                 (" " "Agenda"
1633                  ((agenda "" nil)
1634                   (tags "REFILE"
1635                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Refile")
1636                          (org-tags-match-list-sublevels nil)))
1637                   (tags-todo "-CANCELLED/!"
1638                              ((org-agenda-overriding-header "Stuck Projects")
1639                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-stuck-projects)
1640                               (org-agenda-sorting-strategy
1641                                '(category-keep))))
1642                   (tags-todo "-HOLD-CANCELLED/!"
1643                              ((org-agenda-overriding-header "Projects")
1644                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-projects)
1645                               (org-tags-match-list-sublevels 'indented)
1646                               (org-agenda-sorting-strategy
1647                                '(category-keep))))
1648                   (tags-todo "-CANCELLED/!NEXT"
1649                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Next Tasks"
1650                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1651                                                                         ""
1652                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1653                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-projects-and-habits-and-single-tasks)
1654                               (org-tags-match-list-sublevels t)
1655                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1656                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1657                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1658                               (org-agenda-sorting-strategy
1659                                '(todo-state-down effort-up category-keep))))
1660                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1661                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Project Subtasks"
1662                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1663                                                                         ""
1664                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1665                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-project-tasks)
1666                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1667                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1668                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1669                               (org-agenda-sorting-strategy
1670                                '(category-keep))))
1671                   (tags-todo "-REFILE-CANCELLED-WAITING-HOLD/!"
1672                              ((org-agenda-overriding-header (concat "Standalone Tasks"
1673                                                                     (if bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks
1674                                                                         ""
1675                                                                       " (including WAITING and SCHEDULED tasks)")))
1676                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-project-tasks)
1677                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1678                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1679                               (org-agenda-todo-ignore-with-date bh/hide-scheduled-and-waiting-next-tasks)
1680                               (org-agenda-sorting-strategy
1681                                '(category-keep))))
1682                   (tags-todo "-CANCELLED+WAITING|HOLD/!"
1683                              ((org-agenda-overriding-header "Waiting and Postponed Tasks")
1684                               (org-agenda-skip-function 'bh/skip-stuck-projects)
1685                               (org-tags-match-list-sublevels nil)
1686                               (org-agenda-todo-ignore-scheduled t)
1687                               (org-agenda-todo-ignore-deadlines t)))
1688                   (tags "-REFILE/"
1689                         ((org-agenda-overriding-header "Tasks to Archive")
1690                          (org-agenda-skip-function 'bh/skip-non-archivable-tasks)
1691                          (org-tags-match-list-sublevels nil))))
1692                  nil))))
1693
1694   ; org mode agenda files
1695   (setq org-agenda-files
1696         (append
1697         (file-expand-wildcards "~/projects/org-notes/*.org")
1698         (file-expand-wildcards "~/org-mode/from-mobile.org")
1699         (file-expand-wildcards "~/org-notes-*/*.org")
1700         )
1701   )
1702   (setq my/org-refile-file
1703         (car (seq-filter
1704               (lambda (file) (string-match-p (regexp-quote "/refile.org") file))
1705               org-agenda-files)))
1706
1707   (set-register ?n (cons 'file "~/projects/org-notes/notes.org"))
1708   (set-register ?r (cons 'file my/org-refile-file))
1709   (set-register ?o (cons 'file "~/projects/org-notes/ool.org"))
1710   (set-register ?s (cons 'file "~/projects/org-notes/sndservers.org"))
1711   (set-register ?c (cons 'file "~/projects/org-notes/chaim.org"))
1712   (set-register ?w (cons 'file "~/projects/org-notes/wildman.org"))
1713   (set-register ?u (cons 'file "~/projects/org-notes/uddin.org"))
1714   (set-register ?R (cons 'file "~/projects/reviews/reviews.org"))
1715   (set-register ?d (cons 'file "~/projects/org-notes/diary.org"))
1716   ; from https://emacs.stackexchange.com/questions/909/how-can-i-have-an-agenda-timeline-view-of-multiple-files
1717   ; (defun org-agenda-timeline-all (&optional arg)
1718   ;   (interactive "P")
1719   ;   (with-temp-buffer
1720   ;     (dolist (org-agenda-file org-agenda-files)
1721   ;       (insert-file-contents org-agenda-file nil)
1722   ;       (goto-char (point-max))
1723   ;       (newline))
1724   ;     (write-file "/tmp/timeline.org")
1725   ;     (org-agenda arg "L")))
1726   ; (define-key org-mode-map (kbd "C-c t") 'org-agenda-timeline-all)
1727
1728 #+END_SRC
1729 ** General config
1730 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1731   (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
1732   (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %6Effort{:} %CLOCKSUM %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %TAGS")
1733
1734   (setq org-default-notes-file "~/projects/org-notes/notes.org")
1735   (setq org-id-link-to-org-use-id 'use-existing)
1736 #+END_SRC
1737 ** Capture Templates
1738 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1739   (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
1740         `(("m" "Mail" entry (file my/org-refile-file)
1741            "* %?\n\n  Source: %u, [[%:link][%:description]]\n  %:initial")
1742           ("t" "todo" entry (file my/org-refile-file)
1743            "* TODO %?\n  :PROPERTIES:\n  :END:\n  :LOGBOOK:\n  :END:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1744           ("r" "respond" entry (file my/org-refile-file)
1745            "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
1746           ("n" "note" entry (file my/org-refile-file)
1747            "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1748           ("s" "schedule" entry (file my/org-refile-file)
1749            "* %? :cal:\n%^{scheduled:}t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
1750           ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/org-notes/diary.org")
1751            "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
1752           ("w" "org-protocol" entry (file my/org-refile-file)
1753            "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
1754           ("M" "Meeting" entry (file my/org-refile-file)
1755            "* MEETING with %? :MEETING:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1756           ("S" "Seminar" entry (file my/org-refile-file)
1757            "* SEMINAR notes %? :SEMINAR:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1758           ("P" "Paper to read" entry (file+headline "~/projects/research/papers_to_read.org" "Refile")
1759            "* TODO Get/Read %? \n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1760           ("p" "Phone call" entry (file my/org-refile-file)
1761            "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
1762            ("J" "job" entry (file+olp "~/projects/org-notes/notes.org"
1763                                        "Jobs"
1764                                        ,(format-time-string "Positions %Y"))
1765            "* TODO Apply for %? :job:\nSCHEDULED: <%<%Y-%m-%d>>\n%U\n%x\n" :clock-in t :clock-resume t)
1766           ("h" "Habit" entry (file my/org-refile-file)
1767            "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n%a\n")
1768           )
1769         )
1770
1771   ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
1772   (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
1773     (interactive)
1774     (save-excursion
1775       (beginning-of-line 0)
1776       (org-remove-empty-drawer-at (point))))
1777
1778   (defun my/org-add-id ()
1779     (interactive)
1780     (save-excursion
1781       (if (org-current-level)
1782           ()
1783         (forward-char 1)
1784         )
1785       (org-id-get-create)
1786       )
1787   )
1788
1789 #+END_SRC
1790 ** Org mode key bindings
1791 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1792   ;; org mode configuration from http://doc.norang.ca/org-mode.html
1793   ;; Custom Key Bindings
1794   :bind* (("<f9> a" . org-agenda)
1795           ("<f9> I" . bh/punch-in)
1796           ("<f9> O" . bh/punch-out)
1797           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1798           ("<f12>" . dla/show-org-agenda)
1799           ;; ("<f5>" . bh/org-todo)
1800           ("<S-f5>" . bh/widen)
1801           ("<f7>" . bh/set-truncate-lines)
1802           ("<f8>" . org-cycle-agenda-files)
1803           ("<f9> <f9>" . dla/show-org-agenda)
1804           ("<f9> b" . bbdb)
1805           ("<f9> c" . calendar)
1806           ("<f9> f" . boxquote-insert-file)
1807           ("<f9> h" . bh/hide-other)
1808           ("<f9> n" . bh/toggle-next-task-display)
1809           ("<f9> w" . widen)
1810
1811           ("<f9> r" . boxquote-region)
1812           ("<f9> s" . bh/switch-to-scratch)
1813
1814           ("<f9> t" . bh/insert-inactive-timestamp)
1815           ("<f9> T" . bh/toggle-insert-inactive-timestamp)
1816
1817           ("<f9> v" . visible-mode)
1818           ("<f9> l" . org-toggle-link-display)
1819           ("<f9> SPC" . bh/clock-in-last-task)
1820           ("C-<f9>" . previous-buffer)
1821           ("M-<f9>" . org-toggle-inline-images)
1822           ("C-x n r" . narrow-to-region)
1823           ("C-<f10>" . next-buffer)
1824           ("<f11>" . org-clock-goto)
1825           ("C-<f11>" . org-clock-in)
1826           ("C-s-<f12>" . bh/save-then-publish)
1827           ("C-c c" . org-capture))
1828   :config
1829 #+END_SRC
1830 ** Utility Functions
1831 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1832 (defun bh/hide-other ()
1833   (interactive)
1834   (save-excursion
1835     (org-back-to-heading 'invisible-ok)
1836     (outline-hide-other)
1837     (org-cycle)
1838     (org-cycle)
1839     (org-cycle)))
1840
1841 (defun bh/set-truncate-lines ()
1842   "Toggle value of truncate-lines and refresh window display."
1843   (interactive)
1844   (setq truncate-lines (not truncate-lines))
1845   ;; now refresh window display (an idiom from simple.el):
1846   (save-excursion
1847     (set-window-start (selected-window)
1848                       (window-start (selected-window)))))
1849
1850 (defun bh/switch-to-scratch ()
1851   (interactive)
1852   (switch-to-buffer "*scratch*"))
1853
1854 (setq org-use-fast-todo-selection t)
1855 (setq org-treat-S-cursor-todo-selection-as-state-change nil)
1856
1857 ; create function to create headlines in file. This comes from
1858 ; http://stackoverflow.com/questions/13340616/assign-ids-to-every-entry-in-org-mode
1859 (defun my/org-add-ids-to-headlines-in-file ()
1860   "Add ID properties to all headlines in the current file which
1861 do not already have one."
1862   (interactive)
1863   (save-excursion
1864     (widen)
1865     (goto-char (point-min))
1866     (when (not (re-search-forward "^#\\+OPTIONS:.*auto-id:f" (point-max) t))
1867       (org-map-entries 'org-id-get-create))))
1868 (defun dla/org-update-ids-to-headlines-in-file ()
1869   "Add or replace ID properties to all headlines in the current file 
1870 (or narrowed region)."
1871   (interactive)
1872
1873   (org-map-entries '(lambda () (org-id-get-create t))))
1874 ; if we wanted to do this to every buffer, do the following:
1875 (add-hook 'org-mode-hook
1876           (lambda ()
1877             (add-hook 'before-save-hook 'my/org-add-ids-to-headlines-in-file nil 'local)))
1878 #+END_SRC
1879 ** Org ID locations
1880 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1881 (use-package find-lisp
1882   :demand t)
1883 (setq org-agenda-text-search-extra-files
1884       (append '(agenda-archives)
1885               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org$")
1886               (find-lisp-find-files "~/projects/org-notes" "\.org_archive$")
1887               ))
1888 #+END_SRC
1889 ** Keywords (TODO)
1890 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
1891 (setq org-todo-keywords
1892       (quote ((sequence "TODO(t)" "NEXT(n)" "|" "DONE(d)")
1893               (sequence "WAITING(w@/!)" "HOLD(h@/!)" "|" "CANCELLED(c@/!)" "PHONE" "MEETING"))))
1894
1895 (setq org-todo-keyword-faces
1896       (quote (("TODO" :foreground "red" :weight bold)
1897               ("NEXT" :foreground "blue" :weight bold)
1898               ("DONE" :foreground "forest green" :weight bold)
1899               ("WAITING" :foreground "orange" :weight bold)
1900               ("HOLD" :foreground "magenta" :weight bold)
1901               ("CANCELLED" :foreground "forest green" :weight bold)
1902               ("MEETING" :foreground "forest green" :weight bold)
1903               ("PHONE" :foreground "forest green" :weight bold))))
1904
1905 (setq org-todo-state-tags-triggers
1906       (quote (("CANCELLED" ("CANCELLED" . t))
1907               ("WAITING" ("WAITING" . t))
1908               ("HOLD" ("WAITING") ("HOLD" . t))
1909               (done ("WAITING") ("HOLD"))
1910               ("TODO" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1911               ("NEXT" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD"))
1912               ("DONE" ("WAITING") ("CANCELLED") ("HOLD")))))
1913
1914
1915
1916 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
1917 ; add ids on creation of nodes
1918 (add-hook 'org-capture-prepare-finalize-hook 'my/org-add-id)
1919
1920
1921 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
1922 ; (setq org-clock-idle-time 10)
1923 ; (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
1924
1925 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
1926 ; use C-M-r for org mode capture
1927 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
1928
1929 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
1930 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
1931                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
1932
1933 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
1934 (setq org-refile-use-outline-path t)
1935
1936 ; Targets complete directly with IDO
1937 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
1938
1939 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
1940 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
1941
1942 ; ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
1943 ; (setq org-completion-use-ido t)
1944 ; (setq ido-everywhere t)
1945 ; (setq ido-max-directory-size 100000)
1946 ; (ido-mode (quote both))
1947 ; ; Use the current window when visiting files and buffers with ido
1948 ; (setq ido-default-file-method 'selected-window)
1949 ; (setq ido-default-buffer-method 'selected-window)
1950 ; ; Use the current window for indirect buffer display
1951 ; (setq org-indirect-buffer-display 'current-window)
1952
1953
1954 ;;;; Refile settings
1955 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
1956 (defun bh/verify-refile-target ()
1957   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
1958   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
1959
1960 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
1961
1962 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
1963 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
1964 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
1965 (require 'org-protocol)
1966 ; (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
1967 (setq my-org-protocol-flag nil)
1968 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
1969   "Delete frame at remember finalization"
1970   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1971          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1972 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
1973   "Delete frame at remember refile"
1974   (if my-org-protocol-flag
1975       (progn
1976         (setq my-org-protocol-flag nil)
1977         ad-do-it
1978         (delete-frame))
1979     ad-do-it)
1980   )
1981 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
1982   "Delete frame at remember abort"
1983   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
1984          (setq my-org-protocol-flag nil)))
1985 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
1986   (setq my-org-protocol-flag t))
1987
1988 (defadvice org-insert-todo-heading (after dla/create-id activate)
1989   (unless (org-in-item-p)
1990     (org-id-get-create)
1991     )
1992   )
1993
1994 ;; org modules
1995 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
1996
1997 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
1998 (defun open-mail-in-mutt (message)
1999   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
2000
2001 Message can be specified either by a path pointing inside a
2002 Maildir, or by Message-ID."
2003   (interactive "MPath or Message-ID: ")
2004   (shell-command
2005    (format "faf xterm -e \"%s %s\""
2006        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
2007
2008 ;; add support for "mutt:ID" links
2009 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
2010
2011 (defun my-org-mode-setup ()
2012   ; (load-library "reftex")
2013   (and (buffer-file-name)
2014        (file-exists-p (buffer-file-name))
2015        (progn
2016          ; (reftex-parse-all)
2017          (reftex-set-cite-format
2018           '((?b . "[[bib:%l][%l-bib]]")
2019             (?n . "[[notes:%l][%l-notes]]")
2020             (?c . "\\cite{%l}")
2021             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l xoj]] [[papers-pdf:%l][pdf]]")))
2022          ))
2023   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
2024   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
2025   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
2026   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
2027   )
2028 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
2029
2030 (defun org-mode-reftex-search ()
2031   (interactive)
2032   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (first (reftex-citation t)))))
2033
2034 (defun open-research-paper (bibtexkey)
2035   "Open a paper by bibtex key"
2036   (interactive "bibtex key: ")
2037   (shell-command
2038    (format "%s %s"
2039        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
2040 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
2041 (defun open-research-paper-pdf (bibtexkey)
2042   "Open a paper pdf by bibtex key"
2043   (interactive "bibtex key: ")
2044   (shell-command
2045    (format "%s -p evince_annot %s"
2046        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
2047 (org-add-link-type "papers-pdf" 'open-research-paper-pdf)
2048
2049 (add-to-list 'org-link-abbrev-alist
2050              '("notes" .
2051                "~/projects/research/paper_notes.org::#%s"))
2052
2053 ; I pretty much always want hiearchical checkboxes
2054 (setq org-hierachical-checkbox-statistics nil)
2055
2056 ;; Add \begin{equation}\end{equation} templates to the org mode easy templates
2057 (add-to-list 'org-structure-template-alist
2058              '("E" "\\begin{equation}\n?\n\\end{equation}"))
2059
2060  ;; stolen from
2061 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
2062 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
2063   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
2064   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
2065                    (match-string 1 path)))
2066          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
2067     (cond ((eq format 'latex)
2068            (if (or (not desc) 
2069                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
2070                (format "\\cite{%s}" search)
2071              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
2072
2073 (org-add-link-type "rtcite" 
2074                    'org-bibtex-open
2075                    'my-rtcite-export-handler)
2076
2077
2078 #+END_SRC
2079 ** Org Mobile Configuration
2080 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2081   (setq-default org-mobile-directory "/linnode.donarmstrong.com:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
2082   (when (string= system-name "linnode")
2083     (setq-default org-mobile-directory "/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/"))
2084   (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
2085   (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
2086
2087 #+END_SRC
2088 ** Org iCal Support
2089 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2090   ;; org mode ical export
2091   (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
2092   (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
2093   ;; we already add the id manually
2094   (setq org-icalendar-store-UID t)
2095
2096 #+END_SRC
2097 ** General Org Babel Configuration
2098 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2099 ;; org babel support
2100 (org-babel-do-load-languages
2101  'org-babel-load-languages
2102  '((emacs-lisp . t )
2103    (R . t)
2104    (latex . t)
2105    (ditaa . t)
2106    (dot . t)
2107    ))
2108 ;; set the right path to ditaa.jar
2109 (setq org-ditaa-jar-path "/usr/share/ditaa/ditaa.jar")
2110 ;; use graphviz-dot for dot things
2111 (add-to-list 'org-src-lang-modes '("dot" . graphviz-dot))
2112 ;; do not indent begin_src blocks
2113 (setq org-edit-src-content-indentation 0)
2114 ;; org-babel-by-backend
2115 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
2116    `(case (if (boundp 'backend) 
2117               (org-export-backend-name backend)
2118             nil) ,@body))
2119
2120 (defun my/fix-inline-images ()
2121   (when org-inline-image-overlays
2122     (org-redisplay-inline-images)))
2123
2124 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook
2125            'my/fix-inline-images)
2126
2127 #+END_SRC
2128 ** LaTeX configuration
2129 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2130 (use-package org-contrib
2131   :no-require t
2132   :after org
2133   :config
2134   (require 'ox-extra)
2135   (ox-extras-activate '(latex-header-blocks ignore-headlines))
2136   (require 'ox-latex)
2137 (add-to-list 'org-latex-classes
2138          '("memarticle"
2139        "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
2140        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2141        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2142        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2143        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2144        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2145
2146 (setq org-beamer-outline-frame-options "")
2147 (add-to-list 'org-latex-classes
2148          '("beamer"
2149        "\\documentclass[ignorenonframetext]{beamer}
2150 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2151 [PACKAGES]
2152 [EXTRA]"
2153        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2154        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2155        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2156        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2157        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2158
2159 (add-to-list 'org-latex-classes
2160          '("membook"
2161        "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
2162        ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
2163        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2164        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2165        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
2166
2167 (add-to-list 'org-latex-classes
2168          '("letter"
2169        "\\documentclass[11pt]{letter}
2170 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2171 [PACKAGES]
2172 [EXTRA]"
2173    ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2174        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2175        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2176        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2177        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2178
2179 (add-to-list 'org-latex-classes
2180          '("dlacv"
2181        "\\documentclass{dlacv}
2182 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2183 [NO-PACKAGES]
2184 [NO-EXTRA]"
2185        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2186        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2187        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2188        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2189        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2190
2191
2192 (add-to-list 'org-latex-classes
2193          '("dlaresume"
2194        "\\documentclass{dlaresume}
2195 [NO-DEFAULT-PACKAGES]
2196 [NO-PACKAGES]
2197 [NO-EXTRA]"
2198        ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
2199        ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
2200        ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
2201        ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
2202        ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
2203
2204
2205 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
2206 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.  
2207 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -f -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
2208
2209 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
2210 (setq org-latex-default-packages-alist
2211   '(("" "amsmath" t)
2212     ("" "unicode-math" t)
2213     ))
2214 (setq org-latex-packages-alist
2215   '(("" "graphicx" t)
2216     ("" "fontspec" t)
2217     ("" "xunicode" t)
2218     ("" "hyperref" t)
2219     ("" "url" t)
2220     ("" "rotating" t)
2221     ("" "longtable" nil)
2222     ("" "float" )))
2223
2224 ;; make equations larger
2225 (setq org-format-latex-options (plist-put org-format-latex-options :scale 2.0))
2226
2227 (defun org-create-formula--latex-header ()
2228   "Return LaTeX header appropriate for previewing a LaTeX snippet."
2229   (let ((info (org-combine-plists (org-export--get-global-options
2230            (org-export-get-backend 'latex))
2231           (org-export--get-inbuffer-options
2232            (org-export-get-backend 'latex)))))
2233     (org-latex-guess-babel-language
2234      (org-latex-guess-inputenc
2235   (org-splice-latex-header
2236    org-format-latex-header
2237    org-latex-default-packages-alist
2238    nil t
2239    (plist-get info :latex-header)))
2240      info)))
2241
2242
2243 ; support ignoring headers in org mode export to latex
2244 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
2245 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
2246                   (headline contents info) activate)
2247   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
2248   (setq ad-return-value contents)
2249     ad-do-it))
2250
2251 ;; keep latex logfiles
2252
2253 (setq org-latex-remove-logfiles nil)
2254 )
2255
2256 ;; Resume clocking task when emacs is restarted
2257 (org-clock-persistence-insinuate)
2258 ;;
2259 ;; Show lot of clocking history so it's easy to pick items off the C-F11 list
2260 (setq org-clock-history-length 23)
2261 ;; Resume clocking task on clock-in if the clock is open
2262 (setq org-clock-in-resume t)
2263 ;; Change tasks to NEXT when clocking in; this avoids clocking in when
2264 ;; there are things like PHONE calls
2265 (setq org-clock-in-switch-to-state 'bh/clock-in-to-next)
2266 ;; Separate drawers for clocking and logs
2267 (setq org-drawers (quote ("PROPERTIES" "LOGBOOK")))
2268 ;; Save clock data and state changes and notes in the LOGBOOK drawer
2269 (setq org-clock-into-drawer t)
2270 (setq org-log-into-drawer t)
2271 ;; Sometimes I change tasks I'm clocking quickly - this removes clocked tasks with 0:00 duration
2272 (setq org-clock-out-remove-zero-time-clocks t)
2273 ;; Clock out when moving task to a done state
2274 (setq org-clock-out-when-done t)
2275 ;; Save the running clock and all clock history when exiting Emacs, load it on startup
2276 (setq org-clock-persist t)
2277 ;; Do not prompt to resume an active clock
2278 (setq org-clock-persist-query-resume nil)
2279 ;; Enable auto clock resolution for finding open clocks
2280 (setq org-clock-auto-clock-resolution (quote when-no-clock-is-running))
2281 ;; Include current clocking task in clock reports
2282 (setq org-clock-report-include-clocking-task t)
2283
2284 ;; the cache seems to be broken
2285 (setq org-element-use-cache nil)
2286
2287 (defvar bh/keep-clock-running nil)
2288
2289 (defun bh/is-task-p ()
2290   "Any task with a todo keyword and no subtask"
2291   (save-restriction
2292     (widen)
2293     (let ((has-subtask)
2294           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2295           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2296       (save-excursion
2297         (forward-line 1)
2298         (while (and (not has-subtask)
2299                     (< (point) subtree-end)
2300                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2301           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2302             (setq has-subtask t))))
2303       (and is-a-task (not has-subtask)))))
2304 (defun bh/is-project-p ()
2305   "Any task with a todo keyword subtask"
2306   (save-restriction
2307     (widen)
2308     (let ((has-subtask)
2309           (subtree-end (save-excursion (org-end-of-subtree t)))
2310           (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2311       (save-excursion
2312         (forward-line 1)
2313         (while (and (not has-subtask)
2314                     (< (point) subtree-end)
2315                     (re-search-forward "^\*+ " subtree-end t))
2316           (when (member (org-get-todo-state) org-todo-keywords-1)
2317             (setq has-subtask t))))
2318       (and is-a-task has-subtask))))
2319
2320 (defun bh/is-subproject-p ()
2321   "Any task which is a subtask of another project"
2322   (let ((is-subproject)
2323         (is-a-task (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)))
2324     (save-excursion
2325       (while (and (not is-subproject) (org-up-heading-safe))
2326         (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2327           (setq is-subproject t))))
2328     (and is-a-task is-subproject)))
2329
2330
2331 (defun bh/clock-in-to-next (kw)
2332   "Switch a task from TODO to NEXT when clocking in.
2333 Skips capture tasks, projects, and subprojects.
2334 Switch projects and subprojects from NEXT back to TODO"
2335   (when (not (and (boundp 'org-capture-mode) org-capture-mode))
2336     (cond
2337      ((and (member (org-get-todo-state) (list "TODO"))
2338        (bh/is-task-p))
2339   "NEXT")
2340      ((and (member (org-get-todo-state) (list "NEXT"))
2341        (bh/is-project-p))
2342   "TODO"))))
2343
2344 (defun bh/punch-in (arg)
2345   "Start continuous clocking and set the default task to the
2346 selected task.  If no task is selected set the Organization task
2347 as the default task."
2348   (interactive "p")
2349   (setq bh/keep-clock-running t)
2350   (if (equal major-mode 'org-agenda-mode)
2351   ;;
2352   ;; We're in the agenda
2353   ;;
2354   (let* ((marker (org-get-at-bol 'org-hd-marker))
2355          (tags (org-with-point-at marker (org-get-tags))))
2356     (if (and (eq arg 4) tags)
2357         (org-agenda-clock-in '(16))
2358       (bh/clock-in-organization-task-as-default)))
2359     ;;
2360     ;; We are not in the agenda
2361     ;;
2362     (save-restriction
2363   (widen)
2364   ; Find the tags on the current task
2365   (if (and (equal major-mode 'org-mode) (not (org-before-first-heading-p)) (eq arg 4))
2366       (org-clock-in '(16))
2367     (bh/clock-in-organization-task-as-default)))))
2368
2369 (defun bh/punch-out ()
2370   (interactive)
2371   (setq bh/keep-clock-running nil)
2372   (when (org-clock-is-active)
2373     (org-clock-out))
2374   (org-agenda-remove-restriction-lock))
2375
2376 (defun bh/clock-in-default-task ()
2377   (save-excursion
2378     (org-with-point-at org-clock-default-task
2379   (org-clock-in))))
2380
2381 (defun bh/clock-in-parent-task ()
2382   "Move point to the parent (project) task if any and clock in"
2383   (let ((parent-task))
2384     (save-excursion
2385   (save-restriction
2386     (widen)
2387     (while (and (not parent-task) (org-up-heading-safe))
2388       (when (member (nth 2 (org-heading-components)) org-todo-keywords-1)
2389         (setq parent-task (point))))
2390     (if parent-task
2391         (org-with-point-at parent-task
2392       (org-clock-in))
2393       (when bh/keep-clock-running
2394         (bh/clock-in-default-task)))))))
2395
2396 (defvar bh/organization-task-id "e22cb8bf-07c7-408b-8f60-ff3aadac95e4")
2397
2398 (defun bh/clock-in-organization-task-as-default ()
2399   (interactive)
2400   (org-with-point-at (org-id-find bh/organization-task-id 'marker)
2401     (org-clock-in '(16))))
2402
2403 (defun bh/clock-out-maybe ()
2404   (when (and bh/keep-clock-running
2405          (not org-clock-clocking-in)
2406          (marker-buffer org-clock-default-task)
2407          (not org-clock-resolving-clocks-due-to-idleness))
2408     (bh/clock-in-parent-task)))
2409
2410 ; (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/clock-out-maybe 'append)
2411
2412 (require 'org-id)
2413 (defun bh/clock-in-task-by-id (id)
2414   "Clock in a task by id"
2415   (org-with-point-at (org-id-find id 'marker)
2416     (org-clock-in nil)))
2417
2418 (defun bh/clock-in-last-task (arg)
2419   "Clock in the interrupted task if there is one
2420 Skip the default task and get the next one.
2421 A prefix arg forces clock in of the default task."
2422   (interactive "p")
2423   (let ((clock-in-to-task
2424      (cond
2425       ((eq arg 4) org-clock-default-task)
2426       ((and (org-clock-is-active)
2427         (equal org-clock-default-task (cadr org-clock-history)))
2428        (caddr org-clock-history))
2429       ((org-clock-is-active) (cadr org-clock-history))
2430       ((equal org-clock-default-task (car org-clock-history)) (cadr org-clock-history))
2431       (t (car org-clock-history)))))
2432     (widen)
2433     (org-with-point-at clock-in-to-task
2434   (org-clock-in nil))))
2435
2436
2437 (defun org-export-to-ods ()
2438   (interactive)
2439   (let ((csv-file "data.csv"))
2440     (org-table-export csv-file "orgtbl-to-csv")
2441     (org-odt-convert csv-file "ods" 'open)))
2442
2443 ; allow for zero-width-space to be a break in regexp too
2444 ; (setcar org-emphasis-regexp-components "​ [:space:] \t('\"{")
2445 ; (setcar (nthcdr 1 org-emphasis-regexp-components) "​ [:space:]- \t.,:!?;'\")}\\")
2446 ; (org-set-emph-re 'org-emphasis-regexp-components org-emphasis-regexp-components)
2447
2448 ;; support inserting screen shots
2449 (defun my/org-insert-screenshot ()
2450   "Take a screenshot into a time stamped unique-named file in the
2451 same directory as the org-buffer and insert a link to this file."
2452   (interactive)
2453   (defvar my/org-insert-screenshot/filename)
2454   (setq my/org-insert-screenshot/filename
2455     (read-file-name
2456      "Screenshot to insert: "
2457      nil
2458      (concat (buffer-file-name) "_" (format-time-string "%Y%m%d_%H%M%S") ".png")
2459      )
2460     )
2461   (call-process "import" nil nil nil my/org-insert-screenshot/filename)
2462   (insert (concat "[[" my/org-insert-screenshot/filename "]]"))
2463   (org-display-inline-images))
2464
2465 (defun my/fix-inline-images ()
2466   (when org-inline-image-overlays
2467     (org-redisplay-inline-images)))
2468
2469 (add-hook 'org-babel-after-execute-hook 'my/fix-inline-images)
2470
2471 ;; use xelatex to preview with imagemagick
2472 (add-to-list 'org-preview-latex-process-alist
2473          '(xelateximagemagick
2474       :programs ("xelatex" "convert")
2475       :description "pdf > png"
2476       :message "you need to install xelatex and imagemagick"
2477       :use-xcolor t
2478       :image-input-type "pdf"
2479       :image-output-type "png"
2480       :image-size-adjust (1.0 . 1.0)
2481       :latex-compiler ("xelatex -interaction nonstopmode -output-directory %o %f")
2482       :image-converter ("convert -density %D -trim -antialias %f -quality 100 %O"))
2483          )
2484 ;; use xelatex by default
2485 (setq org-preview-latex-default-process 'xelateximagemagick)
2486
2487 ; from http://orgmode.org/Changes.html
2488 (defun my/org-repair-property-drawers ()
2489   "Fix properties drawers in current buffer.
2490  Ignore non Org buffers."
2491   (interactive)
2492   (when (eq major-mode 'org-mode)
2493     (org-with-wide-buffer
2494      (goto-char (point-min))
2495      (let ((case-fold-search t)
2496        (inline-re (and (featurep 'org-inlinetask)
2497                (concat (org-inlinetask-outline-regexp)
2498                    "END[ \t]*$"))))
2499    (org-map-entries
2500     (lambda ()
2501       (unless (and inline-re (org-looking-at-p inline-re))
2502         (save-excursion
2503       (let ((end (save-excursion (outline-next-heading) (point))))
2504         (forward-line)
2505         (when (org-looking-at-p org-planning-line-re) (forward-line))
2506         (when (and (< (point) end)
2507                (not (org-looking-at-p org-property-drawer-re))
2508                (save-excursion
2509                  (and (re-search-forward org-property-drawer-re end t)
2510                   (eq (org-element-type
2511                    (save-match-data (org-element-at-point)))
2512                   'drawer))))
2513           (insert (delete-and-extract-region
2514                (match-beginning 0)
2515                (min (1+ (match-end 0)) end)))
2516           (unless (bolp) (insert "\n"))))))))))))
2517
2518 #+END_SRC
2519 ** Org-Gcal
2520 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2521 (use-package calfw
2522   :ensure f
2523   )
2524 (use-package calfw-org
2525   :ensure f
2526   )
2527 (use-package org-gcal
2528   :if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2529   :ensure f
2530   :config '((if (file-readable-p "~/.hide/org_gcal.el")
2531                 (load-file "~/.hide/org_gcal.el"))
2532             )
2533   )
2534 #+END_SRC
2535 ** appt integration
2536 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2537 (use-package appt
2538   :straight nil
2539   :config
2540   ;; Show notification 10 minutes before event
2541   (setq appt-message-warning-time 10)
2542   ;; Disable multiple reminders
2543   (setq appt-display-interval appt-message-warning-time)
2544   (setq appt-display-mode-line nil)
2545
2546   ;; add automatic reminders for appointments
2547   (defun my/org-agenda-to-appt ()
2548     (interactive)
2549     (setq appt-time-msg-list nil)
2550     (org-agenda-to-appt))
2551   ;; add reminders when starting emacs
2552   (my/org-agenda-to-appt)
2553   ;; when rebuilding the agenda
2554   (defadvice  org-agenda-redo (after org-agenda-redo-add-appts)
2555     "Pressing `r' on the agenda will also add appointments."
2556     (my/org-agenda-to-appt)
2557     )
2558   ;; when saving all org buffers
2559   (defadvice org-save-all-org-buffers (after org-save-all-org-buffers-add-appts)
2560     "Re-add appts after saving all org buffers"
2561     (my/org-agenda-to-appt))
2562   ;; Display appointments as a window manager notification
2563   (setq appt-disp-window-function 'my/appt-display)
2564   (setq appt-delete-window-function (lambda () t))
2565
2566   (setq my/appt-notification-app (concat (getenv "HOME") "/bin/appt_notification"))
2567
2568   (defun my/appt-display (min-to-app new-time msg)
2569     (if (atom min-to-app)
2570     (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app min-to-app msg)
2571   (dolist (i (number-sequence 0 (1- (length min-to-app))))
2572     (start-process "my/appt-notification-app" nil my/appt-notification-app
2573              (nth i min-to-app) (nth i msg))))
2574     )
2575   )
2576
2577
2578 #+END_SRC
2579 ** End use-package
2580 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2581   )
2582 #+END_SRC
2583 * Keybindings
2584 ** Home/End Begining/End of line
2585 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2586   (global-set-key [home] 'move-beginning-of-line)
2587   (global-set-key [end] 'move-end-of-line)
2588 #+END_SRC
2589 ** Goto line
2590 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2591   ; (global-unset-key "\M-g")
2592   ; (global-set-key (kbd "M-g l") 'goto-line)
2593 #+END_SRC
2594 * Debian
2595 ** debian-changelog
2596 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2597 (use-package debian-changelog-mode
2598   :mode "debian/changelog"
2599   :ensure debian-el
2600   :config
2601   (setq debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
2602   (setq debian-changelog-full-name "Don Armstrong"))
2603 #+END_SRC
2604 * Misc (uncharacterized)
2605 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2606   (setq calendar-latitude 38.6)
2607   (setq calendar-longitude -121.5)
2608   (setq case-fold-search t)
2609   (setq confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
2610
2611 #+END_SRC
2612 ** Turn on fontlock
2613 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2614   (global-font-lock-mode 1)
2615 #+END_SRC
2616 ** PS Printing
2617 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2618   (setq ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
2619   (setq ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
2620   (setq ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
2621   (setq ps-line-number-color "blue")
2622   (setq ps-print-footer t)
2623   (setq ps-print-footer-frame nil)
2624   (setq ps-print-only-one-header t)
2625 #+END_SRC
2626 ** Only single spacing on sentences
2627 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2628   (setq sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[    
2629   ]*")
2630   (setq sentence-end-double-space nil)
2631   ; enable matching parenthesis
2632 #+END_SRC
2633 ** Display paren mode
2634 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2635   (show-paren-mode 1)
2636   (setq show-paren-delay 0.2)
2637
2638 #+END_SRC
2639 ** My Username
2640 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2641   (setq user-mail-address "don@donarmstrong.com")
2642
2643 #+END_SRC
2644 ** Use primary selection on unix machines
2645 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2646 ;; switch back to the old primary selection method
2647 (if (or (string-equal system-type "darwin")
2648         (string-equal system-type "windows")
2649         )
2650     (progn
2651       (setq select-enable-clipboard t)
2652       (setq select-enable-primary nil)
2653       )
2654   (progn
2655     (setq select-enable-clipboard nil)
2656     (setq select-enable-primary t)
2657     ))
2658 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
2659
2660 (setq-default c-indent-level 4)
2661 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
2662 (setq-default c-brace-offset -4)
2663 (setq-default c-argdecl-indent 4)
2664 (setq-default c-label-offset -4)
2665 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
2666 ; tabs are annoying
2667 (setq-default indent-tabs-mode nil)
2668 (setq-default tab-width 4)
2669
2670 (defun insert-date ()
2671   "Insert date at point."
2672   (interactive)
2673   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
2674 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
2675
2676 (defun unfill-paragraph (arg)
2677   "Pull this whole paragraph up onto one line."
2678   (interactive "*p")
2679   (let ((fill-column 10000))
2680     (fill-paragraph arg))
2681   )
2682
2683 (column-number-mode t)
2684
2685 #+END_SRC
2686 ** Desktop-save-mode
2687 If the envvar EMACS_SERVER_NAME is set, consider this a separate
2688 emacs, and use a different desktop file to restore history
2689 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2690 (use-package desktop
2691   :demand
2692   :config
2693   (setq desktop-base-file-name
2694         (convert-standard-filename
2695          (concat ".emacs"
2696                  (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2697                      "")
2698                  ".desktop")
2699          ))
2700   (setq desktop-base-lock-name
2701         (convert-standard-filename
2702          (concat desktop-base-file-name
2703                  ".lock")))
2704   (setq desktop-auto-save-timeout 60)
2705   (setq desktop-restore-eager 5)
2706   (setq desktop-lazy-verbose nil)
2707   (desktop-save-mode 1)
2708   ; (desktop-read)
2709 )
2710 #+END_SRC
2711 ** Misc (Uncharacterized)
2712 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2713
2714 (put 'upcase-region 'disabled nil)
2715 (put 'downcase-region 'disabled nil)
2716 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
2717
2718 ; Outline-minor-mode key map
2719 (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
2720 ; HIDE
2721 (define-key cm-map "q" 'outline-hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
2722 (define-key cm-map "t" 'outline-hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
2723 (define-key cm-map "o" 'outline-hide-other)        ; Hide other branches
2724 (define-key cm-map "c" 'outline-hide-entry)        ; Hide this entry's body
2725 (define-key cm-map "l" 'outline-hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
2726 (define-key cm-map "d" 'outline-hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
2727 ; SHOW
2728 (define-key cm-map "a" 'outline-show-all)          ; Show (expand) everything
2729 (define-key cm-map "e" 'outline-show-entry)        ; Show this heading's body
2730 (define-key cm-map "i" 'outline-show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
2731 (define-key cm-map "k" 'outline-show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
2732 (define-key cm-map "s" 'outline-show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
2733 ; MOVE
2734 (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
2735 (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
2736 (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
2737 (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
2738 (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
2739 (global-set-key "\M-o" cm-map)
2740 ; fix up tmux xterm keys
2741 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
2742 (defun fix-up-tmux-keys ()
2743     "Fix up tmux xterm keys"
2744     (if (getenv "TMUX")
2745         (progn
2746           (let ((x 2) (tkey ""))
2747             (while (<= x 8)
2748               ;; shift
2749               (if (= x 2)
2750                   (setq tkey "S-"))
2751               ;; alt
2752               (if (= x 3)
2753                   (setq tkey "M-"))
2754               ;; alt + shift
2755               (if (= x 4)
2756                   (setq tkey "M-S-"))
2757               ;; ctrl
2758               (if (= x 5)
2759                   (setq tkey "C-"))
2760               ;; ctrl + shift
2761               (if (= x 6)
2762                   (setq tkey "C-S-"))
2763               ;; ctrl + alt
2764               (if (= x 7)
2765                   (setq tkey "C-M-"))
2766               ;; ctrl + alt + shift
2767               (if (= x 8)
2768                   (setq tkey "C-M-S-"))
2769
2770               ;; arrows
2771               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
2772               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
2773               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
2774               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
2775               ;; home
2776               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
2777               ;; end
2778               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
2779               ;; page up
2780               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
2781               ;; page down
2782               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
2783               ;; insert
2784               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2785               ;; delete
2786               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
2787               ;; f1
2788               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
2789               ;; f2
2790               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
2791               ;; f3
2792               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
2793               ;; f4
2794               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
2795               ;; f5
2796               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
2797               ;; f6
2798               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
2799               ;; f7
2800               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
2801               ;; f8
2802               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
2803               ;; f9
2804               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
2805               ;; f10
2806               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
2807               ;; f11
2808               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
2809               ;; f12
2810               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
2811               ;; f13
2812               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
2813               ;; f14
2814               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
2815               ;; f15
2816               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
2817               ;; f16
2818               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
2819               ;; f17
2820               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
2821               ;; f18
2822               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
2823               ;; f19
2824               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
2825               ;; f20
2826               (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
2827
2828               (setq x (+ x 1))
2829               ))
2830           )
2831       )
2832     )
2833 ; (add-hook 'tty-setup-hook 'fix-up-tmux-keys)
2834
2835 (defadvice ask-user-about-supersession-threat (around ask-user-about-supersession-threat-if-necessary)
2836   "Call ask-user-about-supersession-threat only if the buffer is actually obsolete."
2837   (if (or (buffer-modified-p)
2838           (verify-visited-file-modtime)
2839           (< (* 8 1024 1024) (buffer-size))
2840           (/= 0 (call-process-region 1 (+ 1 (buffer-size)) "diff" nil nil nil "-q" (buffer-file-name) "-")))
2841       ad-do-it
2842     (clear-visited-file-modtime)
2843     (not-modified)))
2844 (ad-activate 'ask-user-about-supersession-threat)
2845 #+END_SRC
2846
2847 * Start Server
2848 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2849   (use-package server
2850     :config
2851     (setq server-name
2852           (or (getenv "EMACS_SERVER_NAME")
2853               "server"))
2854     (unless (server-running-p)
2855       ; (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
2856       (server-start)))
2857 #+END_SRC
2858
2859 * END
2860 #+BEGIN_SRC emacs-lisp
2861 (provide 'don-configuration)
2862 #+END_SRC