blastalign.hpp

   1 #ifndef BlastAlignment_H
   2 #define BlastAlignment_H
   3
   4
   5 /*
   6  *  blastalign.hpp
   7  *
   8  *
   9  *  Created by Pat Schloss on 12/16/08.
  10  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights reserved.
  11  *
  12  *      This is a basic alignment method that gets the blast program to do the heavy lifting.  In the future, we should
  13  *      probably incorporate NCBI's library so that we don't have to call on a user-supplied executable.  This is a child
  14  *      of the Alignment class, which requires a constructor and align method.
  15  *
  16  */
  17
  18 #include "mothur.h"
  19
  20
  21 class BlastAlignment : public Alignment {
  22
  23 public:
  24         BlastAlignment(float, float, float, float);
  25         ~BlastAlignment();
  26         void align(string, string);
  27         void setMatrix(int){};
  28
  29 private:
  30
  31         string candidateFileName;
  32         string templateFileName;
  33         string blastFileName;
  34         string path;
  35
  36         void setPairwiseSeqs();
  37         float match;
  38         float mismatch;
  39         float gapOpen;
  40         float gapExtend;
  41 };
  42
  43 #endif
  44
  45
  46