doc/fastq-qscale.1

   1 .TH FASTQ-QSCORE 1
   2
   3 .SH NAME
   4 fastq-qscore - detect a files quality score encoding
   5
   6 .SH SYNOPSIS
   7 .B fastq-qscore [OPTION]... [FILE]...
   8
   9 .SH DESCRIPTION
  10 The program looks inspects a FASTQ file to try to determine the quality score
  11 encoding used.  Specifically, it will classify a file as one of:
  12
  13 Sanger/Phred+33
  14 .br
  15 Illumina 1.8/Phred+33
  16 .br
  17 Illumina 1.5/Phred+64
  18 .br
  19 Illumina 1.3/Phred+64
  20 .br
  21 Solexa/Solexa+64
  22
  23 The program is modeled roughly after the Unix file command, which inspects files
  24 to determine their type.
  25
  26
  27 .SH OPTIONS
  28 .TP
  29 \fB\-h\fR, \fB\-\-help\fR
  30 Output a help message and exit.
  31 .TP
  32 \fB\-V\fR, \fB\-\-version\fR
  33 Output version information and exit.
  34
  35
  36 .SH AUTHOR
  37 Written by Daniel C. Jones <dcjones@cs.washington.edu>
  38
  39