Merge tag 'upstream/0.6'

Upstream version 0.6

Imported Upstream version 0.6

Fix linker error for fastq-sample. (fixes #4)

Add missing man page (fixes #5)

Link against libm

Add missing sys/stat.h include.

Add a program to detect quality score encoding (fastq-qscale).

HTML output for man pages.

Man page for fastq-sort. Bump version.

Sort by gc content and mean quality score, and seededing of random sort.

Fix a bug causing random sort to be not so random.

Rename hash to hash_table.

Buffer size option.

Reverse sort option.

An essentially functional fastq-sort program.

WIP on a fastq-sort program.

Fix the weird output behavior of fastq-sample.

Much simpler faster code for parsing fastq files.

An option for fastq-grep to output non-matching entries to a file (e.g. for splitting a fastq file)

Add the offset, not subtract.

Remove an extraneous printf.

fastq-qualadj: Prevent getopt from choking on negative number arguments.

Added a program to adjust quality scores by a fixed offset.

README clarifications.

Fix inverted match option in fastq-grep.

fastq-sample: options to set the rng seed and output the complement of the sample

A program to randomly sample reads from a fastq file.

An option to let fastq-grep match read ids instead of sequence.

a few fixes, and a program to tabulate quality scores

man pages

a little documentation

(limited) support for fasta

a program to output a nonredundant list of readss

a couple fixes to smith-waterman

reimplemented smith-waterman

a new and improved parser

a program to print smith-waterman scores against a query sequence

autotool script

a program to tally kmer frequencies from fastq files

fastq-grep works

initial work on some useful fastq tools