fpkm_from_srr

   1 #!/bin/bash
   2 # PBS -M id -un
   3
   4 CORES=8
   5 MAX_MEM=32
   6
   7
   8 function actually_run_the_alignment {
   9     module load sratoolkit/2.3.5-2;
  10     module load bwa/0.7.10;
  11     module load cufflinks/2.2.1;
  12     (cd $SRR;
  13      fastq-dump ${SRR}.sra;
  14      bwa mem -t ${CORES} $REF ${SRR}.fastq.gz | samtools view -b -o ${SRR}.bam;
  15      samtools sort ${SRR}.bam -o ${SRR}.sorted.bam -T temp
  16      cufflinks -p ${MAX_MEM} -G $GTF ${SRR}.sorted.bam;
  17      rm -f ${SRR}.fastq.gz ${SRR}.bam
  18     );
  19 };
  20
  21 function set_up_the_run {
  22     FROM_SRR_SRR=$1
  23     FROM_SRR_REF=$2
  24     FROM_SRR_GTF=$3
  25     export FROM_SRR_SRR FROM_SRR_GTF FROM_SRR_REF;
  26     mkdir -p $SRR;
  27     (cd $SRR;
  28      wget -O ${SRR}.sra ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/${SRR:0:6}/${SRR}/${SRR}.sra;
  29     );
  30     qsub -q budget -v FROM_SRR_SRR,FROM_SRR_GTF,FROM_SRR_REF -S /bin/bash -d $(pwd) -M donarm@illinois.edu -l "nodes=1:ppn=${CORES},mem=${MAX_MEM}" "$0"
  31 };
  32
  33
  34 if [ -z "$1" ] || [ -z "$2"] || [ -z "$3" ]; then
  35     if [ -z "$FROM_SRR_SRR" ]; then
  36         actually_run_the_alignment;
  37         exit 0;
  38     fi;
  39 else
  40     set_up_the_run;
  41     exit 0;
  42 fi;
  43 echo "You need to give an SRR, REF, and GTF on the command line";
  44 exit 1;
  45