* samtools-0.1.7-9 (r586)
 * added "reheader" to replace the BAM header

 * samtools-0.1.7-8 (r585)
 * speed up "view"

 * samtools-0.1.7-7 (r584)
 * ported tabix BGZF to samtools
 * flush BGZF after writing the BAM header and between alignment boundaries

Initial release on behalf of Aylwyn Scally

Added a note about the indels coordinates

Added the possibility to print or not to print the reference allele

More descriptive message for space separated tags

Speedup with -i, no need to query the reference all the time

Fixed the order of sequences in the header

Added possibility to select indels only and fixed a bug in reporting homozygous indels.

Improve the invalid 'BAM\1' magic number error message, and also print it
when no bytes can be read from the alleged BAM file, e.g., in the common
user error case when a SAM file has accidentally been supplied.

Improved efficiency of header parsing

Updated export2sam.pl by Chris Saunders from Illumina.

Fixed filtering of SNPs near indels. Added min indel and SNP quality filter.

Print an error for pileups in simple format

added a hidden option in pileup to output the base position (for Erin)

Added possibility to specify a custom column title for the data column

Added the -d option to limit maximum depth for indels.

Added VCF header

 * samtools-0.1.7-6
 * fixed a bug in faidx

Put the right filename in the error message.

 * samtools-0.1.7-5 (r528)
 * further add new consensus generation strategy

Fixed a bug in knet_seek

Small fix in VCF format: dot for the empty INFO field

Allow tabs in the CO header field

Depend on libbam.a rather than the phony target, so that samtools is not
unnecessarily rebuilt every time.  Also clean bgzip.

Fix a bug in compiling bgzip: this also needs knetfile.o when _USE_KNETFILE
is defined.  Also introduce $(KNETFILE_O) which can be set to empty to
facilitate non-knet builds.

 * samtools-0.1.7-4 (r522)
 * fixed a bug in "view -r"
 * added a new option "view -R" to read required read groups from a file

 * samtools-0.1.7-3 (r521)
 * calmd: optionally mask matching bases as N

 * samtools-0.1.7-2 (r520)
 * fixed a few issues with compilation in Windows (on behalf of John)
 * choose a random base as the consensus (for population genetics studies)

Put libraries at the end, so they can resolve references from libbam.a
as well, even with old-fashioned linkers.

Also use libbam.a explicitly rather than "-L. -lbam" to ensure that we get
the freshly built library, not some other libbam.a lying around the system.

Also clean *.exe (for Cygwin users using this makefile).

Index files should be opened in binary mode, not text mode.

another example program

 * samtools-0.1.7-1 (r515)
 * report an error when .fai contains duplicated names, instead of segfault

Format 'c'-encoded auxiliary fields correctly, as *signed* integers.

Update Makefile.mingw for the same reason

Fixed a bug in compiling razip

Release samtools-0.1.7 (r510)

 * samtools-0.1.6-22 (r509)
 * forget to fix a similar problem in glfgen

 * samtools-0.1.6-21 (r508)
 * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome

 * samtools-0.1.6-19 (r494)
 * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality

 * samtools-0.1.6-18 (r493)
 * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
 * a little code clean up in sam_header.c

Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2

 * BUGGY VERSION
 * fixed a minor bug

 * BUGGY VERSION
 * improved the interface a bit
 * bug unfixed

 * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
 * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.

 * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
 * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek

Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries

 * samtools-0.1.6-17 (r484)
 * fixed a memory leak in rmdupse
 * fixed a bug in parsing @RG header lines
 * test rmdup in examples/

 * samtools-0.1.6-16 (r483)
 * unify the interface of rmdup and rmdupse
 * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.

 * samtools-0.1.6-15 (r482)
 * rewrite rmdupse
 * rmdupse is now library aware

 * samtools-0.1.6-14 (r480)
 * rmdup is now RG aware

added a small unitity to parse SRA XML files

 * samtools-0.1.6-13 (r479)
 * merge: optionally use file names as RG tags

 * samtools-0.1.6-12 (r478)
 * fixed a bug in the indel caller

 * samtools-0.1.6-11 (r477)
 * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)

Added the sam2vcf.pl script.

Unfinished modification. Please do not use this revision...

Removed the offending knet_seek message.

Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.

Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".

Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)

 * samtools-0.1.6-9 (r470)
 * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)

 * samtools-0.1.6-9 (r469)
 * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.

 * samtools-0.1.6-7 (r468)
 * make merge stable

Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).

 * samtools-0.1.6-6 (r466)
 * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.

Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
no way to seek on a pipe and the messages always appear.

A bug fix, "samtools view" is now working again.

 * samtools-0.1.6-5 (r462)
 * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)

fixed a formatting issue

 * samtools-0.1.6-4 (r459)
 * make sort output the result to stdout when -o is in use

 * samtools-0.1.6-2 (r458)
 * added more interface to faidx (by Nils)
 * updated documentation

 * samtools-0.1.6-2 (r457)
 * get rid of three assert() in bam_sort.c

Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
when opening the file fails.

Release samtools-0.1.6

 * samtools-0.1.5-34 (r451)
 * applied the patch by John
 * improved the help message a little bit

 * samtools-0.1.5-33 (r450)
 * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)

 * samtools-0.1.5-32 (r449)
 * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
 * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.

 * samtools-0.1.5-31 (r448)
 * fixed an issue when the last CIGAR is I or D

 * samtools-0.1.5-30 (r447)
 * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked

 *

 * samtools-0.1.5-28 (r444)
 * bug in "merge -n"

 * samtools-0.1.5-27 (r443)
 * SEQ and QUAL can be "*"
 * parse CIGAR "=" and "X" as "M"

 * samtools-0.1.5-26 (r442)
 * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
 * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup

Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.

 * samtools-0.1.5-25 (r436)
 * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped

fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag

fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)

 * samtools-0.1.5-24 (r435)
 * fixed a typo

 * samtools-0.1.5-23 (r434)
 * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences

 * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".

 * samtools-0.1.5-22 (r432)
 * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 * PDCurses support in Windows

replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.

add comments

 * samtools-0.1.5-21 (r428)
 * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock

simplify MinGW Makefile