Fixed a bug in compiling razip

Release samtools-0.1.7 (r510)

 * samtools-0.1.6-22 (r509)
 * forget to fix a similar problem in glfgen

 * samtools-0.1.6-21 (r508)
 * fixed a potential bug in the indel caller towards the end of a chromosome

 * samtools-0.1.6-19 (r494)
 * allow to convert Illumina quality (64 based) to the BAM quality

 * samtools-0.1.6-18 (r493)
 * fixed the bugs due to improperly incorporating Petr's header parser
 * a little code clean up in sam_header.c

Added sam_header_line_free call for sam_header_parse2

 * BUGGY VERSION
 * fixed a minor bug

 * BUGGY VERSION
 * improved the interface a bit
 * bug unfixed

 * BUGGY VERSION. Please NOT use it.
 * Fixed a minor bug, but the major bug is still there.

 * This revision is SERIOUSLY BUGGY. Please NOT use it.
 * Start to incorporate header parsing from Petr Danecek

Now possible to merge multiple HeaderDict dictionaries

 * samtools-0.1.6-17 (r484)
 * fixed a memory leak in rmdupse
 * fixed a bug in parsing @RG header lines
 * test rmdup in examples/

 * samtools-0.1.6-16 (r483)
 * unify the interface of rmdup and rmdupse
 * a new bug found in rg2lib(). Have not been fixed yet.

 * samtools-0.1.6-15 (r482)
 * rewrite rmdupse
 * rmdupse is now library aware

 * samtools-0.1.6-14 (r480)
 * rmdup is now RG aware

added a small unitity to parse SRA XML files

 * samtools-0.1.6-13 (r479)
 * merge: optionally use file names as RG tags

 * samtools-0.1.6-12 (r478)
 * fixed a bug in the indel caller

 * samtools-0.1.6-11 (r477)
 * fixed a bug due to recent change in bam_index.c (thank Nicole Washington for the patch)

Added the sam2vcf.pl script.

Unfinished modification. Please do not use this revision...

Removed the offending knet_seek message.

Bug fix - faidx on RAZF compressed files now working.

Clarify the meaning of a region like "chr2:1,000,000".

Fixed minor bugs in novo2sam.pl (on behalf of Ken Chen and Colin Hercus)

 * samtools-0.1.6-9 (r470)
 * make knetfile.c compatible with MinGW (thank Martin Morgan for the patch)

 * samtools-0.1.6-9 (r469)
 * refactor bam_fetch() for Python binding. On behalf of Leo Goodstadt.

 * samtools-0.1.6-7 (r468)
 * make merge stable

Changed the mode for newly created files to 0666. This allows less strict permissions with umask properly set (e.g. 0002 vs. 0022).

 * samtools-0.1.6-6 (r466)
 * do not crash calmd when some sequences are absent from the reference.

Suppress bgzf_check_EOF() messages when reading from a pipe, as there is
no way to seek on a pipe and the messages always appear.

A bug fix, "samtools view" is now working again.

 * samtools-0.1.6-5 (r462)
 * Added knetfile support in razf and faidx (on behalf of Petr Danecek)

fixed a formatting issue

 * samtools-0.1.6-4 (r459)
 * make sort output the result to stdout when -o is in use

 * samtools-0.1.6-2 (r458)
 * added more interface to faidx (by Nils)
 * updated documentation

 * samtools-0.1.6-2 (r457)
 * get rid of three assert() in bam_sort.c

Return NULL from _razf_open() (and hence razf_open()/razf_open2())
when opening the file fails.

Release samtools-0.1.6

 * samtools-0.1.5-34 (r451)
 * applied the patch by John
 * improved the help message a little bit

 * samtools-0.1.5-33 (r450)
 * fixed a bug in bam_color.c (on behalf of Nils Homer)

 * samtools-0.1.5-32 (r449)
 * fillmd: fixed a bug in modifying MD/NM tags
 * in import, give a warning if the read is aligned but there is no CIGAR.

 * samtools-0.1.5-31 (r448)
 * fixed an issue when the last CIGAR is I or D

 * samtools-0.1.5-30 (r447)
 * fixed a bug in bam_aux_get(): 'A' is not checked

 *

 * samtools-0.1.5-28 (r444)
 * bug in "merge -n"

 * samtools-0.1.5-27 (r443)
 * SEQ and QUAL can be "*"
 * parse CIGAR "=" and "X" as "M"

 * samtools-0.1.5-26 (r442)
 * replace RSA Inc md5.* with ones under permissive lincense
 * fixed a bug in detecting unsorted bam in pileup

Change copyright notices now that MIT has approved open source distribution.

 * samtools-0.1.5-25 (r436)
 * in flagstats, do not report singletons if both ends are unmapped

fixed a SERIOUS bug in setting 0x20 flag

fixed two minor bugs (suggested by Tim M Storm)

 * samtools-0.1.5-24 (r435)
 * fixed a typo

 * samtools-0.1.5-23 (r434)
 * in tview, press 'r' to show read names rather than sequences

 * tried to fixed the buggy FTP random access in Windows. FAILED.
 * anyway, MinGW seems to have problem with "%lld".

 * samtools-0.1.5-22 (r432)
 * faidx: fixed compitability issue with _WIN32
 * razf: fixed potential compitability issue with _WIN32
 * PDCurses support in Windows

replace the GnuWin32 version of libz.a with my own build with MinGW.

add comments

 * samtools-0.1.5-21 (r428)
 * knetfile.c is now compatible with mingw-winsock

simplify MinGW Makefile

 * samtools-0.1.5-20 (r427)
 * MinGW support. At least SAM<->BAM conversion is working. Other
   functionality are not tested at the moment.
 * zlib headers and Windows version of libz.a are included in win32/

 * samtools-0.1.5-19 (r426)
 * fixed a bug caused by recent modifications. Sorry.

compatible with Windows binary files

 * samtools-0.1.5-18 (r423)
 * output additional information in pileup indel lines, for the purepose
   of debugging at the moment
 * in tview, optionally allow to treat reference skip as deletion

convert BLAT psl to SAM.

 * samtools-0.1.5-17 (r422)
 * fixed a but in knetfile.c when seek type is not SEEK_SET
 * write an empty BGZF block to every BGZF file
 * check BGZF EOF marker in bam_header_read()
 * update ChangeLog

 * samtools-0.1.5-16 (r421)
 * in view and pileup, load header from FASTA index if the input is SAM.

do not set "read 1" if reads are not mapped in the PE mode of maq

 * samtools-0.1.5-15 (r419)
 * in sam_open(), return NULL when the file cannot be opened.
 * make wgsim_eval.pl more robust to imperfect SAM
 * add "unique" command to samtools.pl

skip @header lines in SAM

 * samtools-0.1.5-14 (r417)
 * more help in "samtools view" due to the recent changes.

 * samtools-0.1.5-17 (r416)
 * support import/export SAM with string tags

 * samtools-0.1.5-12 (r415)
 * FLAG now can be in HEX

fixed a compiling error (thank Ken for fixing it)

Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.

do not include knetfile.h when _USE_KNETFILE is not defined

 * samtools-0.1.5-11 (r408)
 * force to overwirte existing MD if it is different from the one calculated
   from fillmd.
 * bgzf.c: improved the compatibility with Windows headers

 * samtools-0.1.5-10 (r407)
 * implemented bam_aux_del() to remove a tag
 * fillmd: generate the NM tag
 * fillmd: cmd interface improvement

Sorry. The old Makefile is for PDCurses...

 * samtools-0.1.5-9 (r405)
 * improved the compatibility with PDCurses a little bit

 * samtools-0.1.5-8 (r404)
 * compatible with PDCurses

 * samtools-0.1.5-7 (r403)
 * fixed a bug in kseq.h for binary files (text files are fine)

 * samtools-0.1.5-6 (r402)
 * fixed compiling error when "-D_USE_NETFILE" is not applied
 * improve portability to MinGW

 * move bam_lite.c to bam-lite
 * copy bam.h to bam-lite

 * samtools-0.1.5-5 (r395)
 * added bam_pileup_file() and removed bam_lpileup_file()

 * samtools-0.1.5-4 (r394)
 * http_proxy support in knetfile library (check http_proxy ENV)

 * samtools-0.1.5-3 (r393)
 * knetfile now supports HTTP (no proxy at the moment)
 * fixed a potential issue in knetfile on opening ordinary file, although I have
   not seen the sideeffect so far.

Remove the warning in tview

 * samtools-0.1.5-2 (r391)
 * do not show a blank screen when no reads mapped

 * samtools-0.1.5-1 (r390)
 * removed useless _IOLIB in bam.h. This should cause no change at all.
 * added bam_lite.c for light-weight BAM reading

Release samtools-0.1.5c (fixed a bug in piping)

Release samtools-0.1.5b (BUG! so embarrassing!)

Release samtools-0.1.5a (for compatibility with Bio::DB::Sam)

Release samtools-0.1.5

 * samtools-0.1.4-23 (r372)
 * keep header text if "view -t" is used (by Gerton)

update documentation

Introduced LIBPATH variable so this could be overridden to allow samtools to build correct at the Broad.