* samtools-0.1.8-19 (r777)
 * integrate mpileup features to pileup: min_baseQ, capQ, prob_realn, paired-only and biased prior

remove local realignment (probabilistic realignment is still there)

Add the relevant filename or region to error messages, and cause a failure
exit status where appropriate.  Based on a patch provided by Marcel Martin.

 * Minor code changes. No real effect.
 * change quality to 30 in toy.sam

added another toy example

improve the LD statistics

 * a minor fix to the -L option
 * add ldstats to vcfutils.pl

a minor change

forget to add the key file

 * vcfutils.pl: fixed a typo in help message
 * added APIs: bcf_append_info() and bcf_cpy()
 * calculate adjacent LD

added filter for samtools/bcftools genetated VCFs

 * removed a comment line in kaln.c
 * vcfutils.pl fillac works when GT is not the first field

Convert VCF output of "bcftools view -bgcv" to a valid VCF file

 * samtools-0.1.8-18 (r763)
 * added bcftools manual page
 * minor fix to mpileup and view command lines

 * vcfutils.pl qstats: calculate marginal ts/tv
 * allow to call genotypes at variant sites

I am changing the gap open probability back to 0.001. It seems that
being conservative here is a good thing...

 * samtools-0.1.8-17 (r760)
 * the default gap open penalty is too small (a typo)
 * added comments on hmm_realn
 * Java implementation

mark samtools-0.1.8-16 (r759)

round to the nearest integer

I was trying to accelerate ka_prob_glocal() as this will be the
bottleneck. After an hour, the only gain is to change division to
multiplication. OK. I will stop.

this is interesting. multiplication is much faster than division, at least on my Mac

minor changes

prob_realn() seems working!

minor

Convert phredQ to probabilities

Implement the glocal HMM; discard the extention HMM

improve numerical stability

more comments

fixed a bug in banded DP

 * fixed that weird issue.
 * the banded version is NOT working

More comments. This version seems working, but something is a little weird...

A little code cleanup. Now the forward and backback algorithms give
nearly identical P(x), which means both are close to the correct
forms. However, I have only tested on toy examples. Minor errors in
the implementation may not be obvious.

...

Abort if merge -h's INH.SAM cannot be opened, just as we abort
if any of the IN#.BAM input files cannot be opened.

Also propagate any error indication returned by bam_merge_core()
to samtools merge's exit status.

Use bam_validate1() to detect garbage records in the event of a corrupt
BAI index file that causes a bam_seek() to an invalid position.  At most
one record (namely, the bam_iter_read terminator) is tested per bam_fetch()
call, so the cost is insignificant in the normal case.

Add bam_validate1().

 * samtools-0.1.8-15 (r379)
 * allow to change capQ parameter in calmd

When bam_read1() returns an error (return value <= -2), propagate that error
to bam_iter_read()'s own return value.  Similarly, also propagate it up to
bam_fetch()'s return value.  Previously bam_fetch() always returned 0, and
callers ignored its return value anyway.  With this change, 0 continues to
indicate success, while <= -2 (which can be written as < 0, as -1 is never
returned) indicates corrupted input.

bam_iter_read() ought also to propagate errors returned by bam_seek().

main_samview() can now print an error message and fail when bam_fetch()
detects that a .bai index file is corrupted or otherwise does not correspond
to the .bam file it is being used with.

0 is a successful return value from bam_read1().  (In practice, it never
returns 0 anyway; but all the other callers treat 0 as successful.)

 * merge files region-by-region. work on small examples but more tests are needed.

improve qstats by checking the alleles as well

convert UCSC SNP SQL dump to VCF

hapmap2vcf convertor

 * added comments
 * VCF->BCF is not possible without knowing the sequence dictionary before hand...

 * put n_smpl to "bcf1_t" to simplify API a little

fixed a bug in indexing

 * fixed a bug in capQ
 * valgrind identifies a use of uninitialised value, but I have not fixed it.

 * fixed a bug in razip: -c will delete the input file
 * copy tabix/bgzip to here

 * samtools-0.1.8-14 (r727)
 * allow to change the capQ parameter at the command line

 * added varFilter to vcfutils.pl
 * reimplement realn(). now it performs a local alignment
 * added cap_mapQ() to cap mapping quality when there are many substitutions

 * convert BCF to QCALL input

dynamic band width in realignment

fixed a bug in realignment

fixed a minor issue

fixed a bug in realignment

minor changes. It is BUGGY now!

 * aggressive gapped aligner is implemented in calmd.
 * distinguish gap_open and gap_end_open in banded alignment
 * make tview accepts alignment with heading and tailing D

Add svn:ignore properties for generated files that don't appear in "make all".

Add svn:ignore properties listing the generated files.
(Except for *.o, which we'll assume is in global-ignores.)

 * samtools-0.1.8-13 (r715)
 * fixed a bug in identifying SM across files
 * bcftools: estimate heterozygosity
 * bcftools: allow to skip sites without reference bases

quite a lot changes to the contrast caller, but I still feel something is missing...

 * changed 3.434 to 4.343 (typo!)
 * fixed a bug in the contrast caller
 * calculate heterozygosity

SNP calling from the GL field

fixed another problem

 * fixed bugs in parsing VCF
 * parser now works with GT/GQ/DP/PL/GL

Do not compile _BCF_QUAD by default

Write the correct ALT and PL in the SNP calling mode.

more commands for my own uses

Utilities for processing VCF

preliminary contrast variant caller

z' and z'' can be calculated

 * rename vcfout.c as call1.c
 * prepare to add two-sample comparison

fixed a bug in calculating the t statistics

 * samtools-0.1.8-13 (r698)
 * perform one-tailed t-test for baseQ, mapQ and endDist

added regularized incomplete beta function

change the default correlation coefficient

print QUAL as floating numbers

 * samtools-0.1.8-12 (r692)
 * group data by samples in "mpileup -g"

remove VCF output in mpileup

 * use the revised MAQ error model for mpileup
 * prepare to remove the independent model from mpileup

added revised MAQ error model

allow to read the prior from the error output. EM iteration is working.

 * write a little more VCF header
 * concatenate BCFs

use float for QUAL

faster for large sample size (in principle)

 * a numerically stable method to calculate z_{jk}
 * currently slower than the old method but will be important for large sample size
 * in principle, we can speed up for large n, but have not tried

fixed an issue in parsing integer

do not print refname if file is converted from VCF

 * parse PL
 * fixed a bug in parsing VCF

 * fixed a bug in kstrtok@kstring.c
 * preliminary VCF parser (not parse everything for now)
 * improved view interface

 * improved kstring (added kstrtok)
 * removed the limit on the format string length in bcftools
 * use kstrtok to parse format which fixed a bug in the old code

help messages

perform single-tail test for ED4

 * test depth, end distance and HWE

reimplement incomplete gamma functions. no copy-paste

 * bcftools: add HWE (no testing for now)
 * record end dist in a 2x2 table, not avg, std any more

 * Special functions: log(gamma()), erfc(), P(a,x) (incomplete gamma)
 * Not using Numerical Recipe due to licensing issues

Fisher's exact test

 * samtools-0.1.8-11 (r672)
 * collect more stats for allele balance test in bcftools (not yet)

 * the code base is stablized again.
 * I will delay the vcf parser, which is quite complicated but with little value for now