sample.c

   1 #include <stdlib.h>
   2 #include <string.h>
   3 #include "sample.h"
   4 #include "khash.h"
   5 KHASH_MAP_INIT_STR(sm, int)
   6
   7 bam_sample_t *bam_smpl_init(void)
   8 {
   9         bam_sample_t *s;
  10         s = calloc(1, sizeof(bam_sample_t));
  11         s->rg2smid = kh_init(sm);
  12         return s;
  13 }
  14
  15 void bam_smpl_destroy(bam_sample_t *sm)
  16 {
  17         int i;
  18         khint_t k;
  19         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
  20         if (sm == 0) return;
  21         for (i = 0; i < sm->n; ++i) free(sm->smpl[i]);
  22         free(sm->smpl);
  23         for (k = kh_begin(rg2smid); k != kh_end(rg2smid); ++k)
  24                 if (kh_exist(rg2smid, k)) free((char*)kh_key(rg2smid, k));
  25         kh_destroy(sm, sm->rg2smid);
  26         free(sm);
  27 }
  28
  29 static void add_pair(bam_sample_t *sm, khash_t(sm) *sm2id, const char *key, const char *val)
  30 {
  31         khint_t k_rg, k_sm;
  32         int ret;
  33         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
  34         k_rg = kh_get(sm, rg2smid, key);
  35         if (k_rg != kh_end(rg2smid)) return; // duplicated @RG-ID
  36         k_rg = kh_put(sm, rg2smid, strdup(key), &ret);
  37         k_sm = kh_get(sm, sm2id, val);
  38         if (k_sm == kh_end(sm2id)) { // absent
  39                 if (sm->n == sm->m) {
  40                         sm->m = sm->m? sm->m<<1 : 1;
  41                         sm->smpl = realloc(sm->smpl, sizeof(void*) * sm->m);
  42                 }
  43                 sm->smpl[sm->n] = strdup(val);
  44                 k_sm = kh_put(sm, sm2id, sm->smpl[sm->n], &ret);
  45                 kh_val(sm2id, k_sm) = sm->n++;
  46         }
  47         kh_val(rg2smid, k_rg) = kh_val(sm2id, k_sm);
  48 }
  49
  50 int bam_smpl_add(bam_sample_t *sm, const char *fn, const char *txt)
  51 {
  52         const char *p = txt, *q, *r;
  53         kstring_t buf;
  54         int n = 0;
  55         khash_t(sm) *sm2id;
  56         sm2id = kh_init(sm);
  57         memset(&buf, 0, sizeof(kstring_t));
  58         while ((q = strstr(p, "@RG")) != 0) {
  59                 p = q + 3;
  60                 r = q = 0;
  61                 if ((q = strstr(p, "\tID:")) != 0) q += 4;
  62                 if ((r = strstr(p, "\tSM:")) != 0) r += 4;
  63                 if (r && q) {
  64                         char *u, *v;
  65                         int oq, or;
  66                         for (u = (char*)q; *u && *u != '\t' && *u != '\n'; ++u);
  67                         for (v = (char*)r; *v && *v != '\t' && *v != '\n'; ++v);
  68                         oq = *u; or = *v; *u = *v = '\0';
  69                         buf.l = 0; kputs(fn, &buf); kputc('/', &buf); kputs(q, &buf);
  70                         add_pair(sm, sm2id, buf.s, r);
  71                         *u = oq; *v = or;
  72                 } else break;
  73                 p = q > r? q : r;
  74                 ++n;
  75         }
  76         if (n == 0) add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
  77         free(buf.s);
  78         kh_destroy(sm, sm2id);
  79         return 0;
  80 }
  81
  82 int bam_smpl_rg2smid(const bam_sample_t *sm, const char *fn, const char *rg, kstring_t *str)
  83 {
  84         khint_t k;
  85         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
  86         if (rg) {
  87                 str->l = 0;
  88                 kputs(fn, str); kputc('/', str); kputs(rg, str);
  89                 k = kh_get(sm, rg2smid, str->s);
  90         } else k = kh_get(sm, rg2smid, fn);
  91         return k == kh_end(rg2smid)? -1 : kh_val(rg2smid, k);
  92 }