sam_header.h

   1 #ifndef __SAM_HEADER_H__
   2 #define __SAM_HEADER_H__
   3
   4 #include "khash.h"
   5 KHASH_MAP_INIT_STR(str,const char *)
   6
   7 // HeaderDict is a list_t of header lines. Each HeaderLine holds a list of tags.
   8 struct _list_t
   9 {
  10     struct _list_t *next;
  11     void *data;
  12 };
  13 typedef struct _list_t list_t;
  14 typedef list_t HeaderDict;
  15
  16 typedef struct
  17 {
  18     char key[2];
  19     char *value;
  20 }
  21 HeaderTag;
  22
  23 typedef struct
  24 {
  25     char type[2];
  26     list_t *tags;
  27 }
  28 HeaderLine;
  29
  30
  31 void debug(const char *format, ...);
  32 void error(const char *format, ...);
  33
  34 HeaderDict *sam_header_parse(const char *headerText);
  35 HeaderDict *sam_header_merge(int n, const HeaderDict **dicts);
  36 void sam_header_free(HeaderDict *header);
  37 char *sam_header_write(const HeaderDict *headerDict);   // returns a newly allocated string
  38
  39 khash_t(str) *sam_header_lookup_table(const HeaderDict *dict, char type[2], char key_tag[2], char value_tag[2]);
  40
  41 list_t *list_append(list_t *root, void *data);
  42 void list_free(list_t *root);
  43
  44 //char *sam_header_get(const HeaderDict *d, char type[2], int i, char tag[2]);
  45 //int sam_header_ins(HeaderDict *d, char tp[2], int i, char tg[2], const char *s);
  46 //int sam_header_del(HeaderDict *d, char type[2], int i, char tag[2]);
  47
  48 #endif