sam.h

   1 #ifndef BAM_SAM_H
   2 #define BAM_SAM_H
   3
   4 #include "bam.h"
   5
   6 typedef struct {
   7         int type;
   8         union {
   9                 tamFile tamr;
  10                 bamFile bam;
  11                 FILE *tamw;
  12         } x;
  13         bam_header_t *header;
  14 } samfile_t;
  15
  16 #ifdef __cplusplus
  17 extern "C" {
  18 #endif
  19
  20         // mode can be: r/w/rb/wb. On writing, aux points to bam_header_t; on reading, aux points to the name of fn_list for SAM
  21         samfile_t *samopen(const char *fn, const char *mode, const void *aux);
  22         void samclose(samfile_t *fp);
  23         int samread(samfile_t *fp, bam1_t *b);
  24         int samwrite(samfile_t *fp, const bam1_t *b);
  25         int sampileup(samfile_t *fp, int mask, bam_pileup_f func, void *func_data);
  26
  27 #ifdef __cplusplus
  28 }
  29 #endif
  30
  31 #endif