misc/Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CXX=            g++
   3 CFLAGS=         -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
   4 CXXFLAGS=       $(CFLAGS)
   5 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64
   6 OBJS=
   7 PROG=           md5sum-lite md5fa maq2sam-short maq2sam-long ace2sam wgsim bamcheck
   8 INCLUDES=       -I..
   9 SUBDIRS=        .
  10
  11 .SUFFIXES:.c .o
  12
  13 .c.o:
  14                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  15
  16 all:$(PROG)
  17
  18 lib-recur all-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  19                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  20                 wdir=`pwd`; \
  21                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  22                         cd $$subdir; \
  23                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  24                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" $$target || exit 1; \
  25                         cd $$wdir; \
  26                 done;
  27
  28 lib:
  29
  30 bamcheck:bamcheck.o
  31                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bamcheck.o -lm -lz -L.. -lbam -lpthread
  32
  33 bamcheck.o:bamcheck.c ../faidx.h ../khash.h ../sam.h ../razf.h
  34                 $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ bamcheck.c
  35
  36 ace2sam:ace2sam.o
  37                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ ace2sam.o -lz
  38
  39 wgsim:wgsim.o
  40                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ wgsim.o -lm -lz
  41
  42 md5fa:md5.o md5fa.o md5.h ../kseq.h
  43                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5.o md5fa.o -lz
  44
  45 md5sum-lite:md5sum-lite.o
  46                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5sum-lite.o
  47
  48 md5sum-lite.o:md5.c md5.h
  49                 $(CC) -c $(CFLAGS) -DMD5SUM_MAIN -o $@ md5.c
  50
  51 maq2sam-short:maq2sam.c
  52                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ maq2sam.c -lz
  53
  54 maq2sam-long:maq2sam.c
  55                 $(CC) $(CFLAGS) -DMAQ_LONGREADS -o $@ maq2sam.c -lz
  56
  57 md5fa.o:md5.h md5fa.c
  58                 $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ md5fa.c
  59
  60 wgsim.o:wgsim.c ../kseq.h
  61                 $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ wgsim.c
  62
  63 ace2sam.o:ace2sam.c ../kstring.h ../kseq.h
  64                 $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ ace2sam.c
  65
  66 cleanlocal:
  67                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM $(PROG) *~ *.a
  68
  69 clean:cleanlocal-recur