misc/Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CXX=            g++
   3 CFLAGS=         -g -Wall -O2 -m64 #-arch ppc
   4 CXXFLAGS=       $(CFLAGS)
   5 DFLAGS=         #-D_FILE_OFFSET_BITS=64
   6 OBJS=
   7 PROG=           faidx md5sum-lite md5fa maq2sam-short maq2sam-long wgsim fa2csfa
   8 INCLUDES=       -I..
   9 LIBS=           -lm -lz
  10 SUBDIRS=        .
  11
  12 .SUFFIXES:.c .o
  13
  14 .c.o:
  15                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  16
  17 all:$(PROG)
  18
  19 lib-recur all-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  20                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  21                 wdir=`pwd`; \
  22                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  23                         cd $$subdir; \
  24                         $(MAKE) CC="$(CC)" CXX="$(CXX)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  25                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" $$target || exit 1; \
  26                         cd $$wdir; \
  27                 done;
  28
  29 lib:
  30
  31 wgsim:wgsim.o
  32                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ wgsim.o -lm
  33
  34 faidx:../faidx.c ../faidx.h
  35                 $(CC) $(CFLAGS) -D_NO_RAZF -DFAIDX_MAIN -o $@ ../faidx.c
  36
  37 fa2csfa:fa2csfa.o
  38                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ fa2csfa.o -lz
  39
  40 md5fa:md5.o md5fa.o md5.h ../kseq.h
  41                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5.o md5fa.o -lz
  42
  43 md5sum-lite:md5sum-lite.o
  44                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5sum-lite.o
  45
  46 md5sum-lite.o:md5.c md5.h
  47                 $(CC) -c $(CFLAGS) -DMD5SUM_MAIN -o $@ md5.c
  48
  49 fa2csfa:fa2csfa.c ../kseq.h
  50
  51 maq2sam-short:maq2sam.c
  52                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ maq2sam.c -lz
  53
  54 maq2sam-long:maq2sam.c
  55                 $(CC) $(CFLAGS) -DMAQ_LONGREADS -o $@ maq2sam.c -lz
  56
  57 md5fa.o:md5.h md5fa.c
  58                 $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ md5fa.c
  59
  60 cleanlocal:
  61                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a
  62
  63 clean:cleanlocal-recur