misc/Makefile.am

   1 dist_bin_SCRIPTS = bowtie2sam.pl export2sam.pl novo2sam.pl samtools.pl soap2sam.pl wgsim_eval.pl zoom2sam.pl
   2 bin_PROGRAMS = faidx maq2sam-short maq2sam-long md5fa md5sum-lite wgsim
   3
   4 faidx_SOURCES = ../faidx.c ../faidx.c
   5 #faidx_LDFLAGS = -D_NO_RAZF -DFAIDX_MAIN
   6
   7 md5fa_SOURCES = md5.c md5.h md5fa.c ../kseq.h
   8 #md5fa_LDADD = -lz
   9
  10 md5sum_lite_SOURCES = md5.c md5.h
  11 #md5sum_lite_LDFLAGS = -DMD5SUM_MAIN
  12
  13 maq2sam_short_SOURCES = maq2sam.c
  14 #maq2sam_short_LDADD = -lz
  15
  16 maq2sam_long_SOURCES = maq2sam.c
  17 #maq2sam_long_LDADD = -lz
  18
  19 wgsim_SOURCES = wgsim.c
  20 wgsim_LDADD = -lm
  21
  22 faidx:../faidx.c ../faidx.h
  23         $(CC) $(CFLAGS) -D_NO_RAZF -DFAIDX_MAIN -o $@ ../faidx.c
  24 md5fa:md5.o md5fa.o md5.h ../kseq.h
  25         $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5.o md5fa.o -lz
  26 md5fa.o:md5.h md5fa.c
  27         $(CC) $(CFLAGS) -c -I.. -o $@ md5fa.c
  28 md5sum-lite:md5sum-lite.o
  29         $(CC) $(CFLAGS) -o $@ md5sum-lite.o
  30 md5sum-lite.o:md5.c md5.h
  31         $(CC) -c $(CFLAGS) -DMD5SUM_MAIN -o $@ md5.c
  32 maq2sam-short:maq2sam-short.o
  33         $(CC) $(CFLAGS) -o $@ maq2sam-short.o -lz
  34 maq2sam-short.o:maq2sam.c
  35         $(CC) -c $(CFLAGS) -o $@ maq2sam.c
  36 maq2sam-long:maq2sam-long.o
  37         $(CC) $(CFLAGS) -o $@ maq2sam-long.o -lz
  38 maq2sam-long.o:maq2sam.c
  39         $(CC) -c $(CFLAGS) -DMAQ_LONGREADS -D_MAQ_LONGREADS -o $@ maq2sam.c