]> git.donarmstrong.com Git - samtools.git/blob - kstring.h
Implemented Boyer-Moore search in the kstring library.
[samtools.git] / kstring.h
1 #ifndef KSTRING_H
2 #define KSTRING_H
3
4 #include <stdlib.h>
5 #include <string.h>
6
7 #ifndef kroundup32
8 #define kroundup32(x) (--(x), (x)|=(x)>>1, (x)|=(x)>>2, (x)|=(x)>>4, (x)|=(x)>>8, (x)|=(x)>>16, ++(x))
9 #endif
10
11 #ifndef KSTRING_T
12 #define KSTRING_T kstring_t
13 typedef struct __kstring_t {
14         size_t l, m;
15         char *s;
16 } kstring_t;
17 #endif
18
19 int ksprintf(kstring_t *s, const char *fmt, ...);
20 int ksplit_core(char *s, int delimiter, int *_max, int **_offsets);
21
22 // calculate the auxiliary array, allocated by calloc()
23 int *ksBM_prep(const uint8_t *pat, int m);
24
25 /* Search pat in str and returned the list of matches. The size of the
26  * list is returned as n_matches. _prep is the array returned by
27  * ksBM_prep(). If it is a NULL pointer, ksBM_prep() will be called. */
28 int *ksBM_search(const uint8_t *str, int n, const uint8_t *pat, int m, int *_prep, int *n_matches);
29
30 static inline int kputsn(const char *p, int l, kstring_t *s)
31 {
32         if (s->l + l + 1 >= s->m) {
33                 s->m = s->l + l + 2;
34                 kroundup32(s->m);
35                 s->s = (char*)realloc(s->s, s->m);
36         }
37         strncpy(s->s + s->l, p, l);
38         s->l += l;
39         s->s[s->l] = 0;
40         return l;
41 }
42
43 static inline int kputs(const char *p, kstring_t *s)
44 {
45         return kputsn(p, strlen(p), s);
46 }
47
48 static inline int kputc(int c, kstring_t *s)
49 {
50         if (s->l + 1 >= s->m) {
51                 s->m = s->l + 2;
52                 kroundup32(s->m);
53                 s->s = (char*)realloc(s->s, s->m);
54         }
55         s->s[s->l++] = c;
56         s->s[s->l] = 0;
57         return c;
58 }
59
60 static inline int *ksplit(kstring_t *s, int delimiter, int *n)
61 {
62         int max = 0, *offsets = 0;
63         *n = ksplit_core(s->s, delimiter, &max, &offsets);
64         return offsets;
65 }
66
67 #endif