knetfile.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <netdb.h>
   3 #include <ctype.h>
   4 #include <stdlib.h>
   5 #include <string.h>
   6 #include <unistd.h>
   7 #include <sys/types.h>
   8 #include <arpa/inet.h>
   9 #include <sys/socket.h>
  10 #include "knetfile.h"
  11
  12 static int kftp_get_response(knetFile *ftp)
  13 {
  14         unsigned char c;
  15         int n = 0;
  16         char *p;
  17         while (read(ftp->ctrl_fd, &c, 1)) { // FIXME: this is *VERY BAD* for unbuffered I/O
  18                 //fputc(c, stderr);
  19                 if (n >= ftp->max_response) {
  20                         ftp->max_response = ftp->max_response? ftp->max_response<<1 : 256;
  21                         ftp->response = realloc(ftp->response, ftp->max_response);
  22                 }
  23                 ftp->response[n++] = c;
  24                 if (c == '\n') {
  25                         if (n >= 4 && isdigit(ftp->response[0]) && isdigit(ftp->response[1]) && isdigit(ftp->response[2])
  26                                 && ftp->response[3] != '-') break;
  27                         n = 0;
  28                         continue;
  29                 }
  30         }
  31         if (n < 2) return -1;
  32         ftp->response[n-2] = 0;
  33         return strtol(ftp->response, &p, 0);
  34 }
  35
  36 static int kftp_send_cmd(knetFile *ftp, const char *cmd, int is_get)
  37 {
  38         write(ftp->ctrl_fd, cmd, strlen(cmd));
  39         return is_get? kftp_get_response(ftp) : 0;
  40 }
  41
  42 static int kftp_pasv_prep(knetFile *ftp)
  43 {
  44         char *p;
  45         int v[6];
  46         kftp_send_cmd(ftp, "PASV\r\n", 1);
  47         for (p = ftp->response; *p && *p != '('; ++p);
  48         if (*p != '(') return -1;
  49         ++p;
  50         sscanf(p, "%d,%d,%d,%d,%d,%d", &v[0], &v[1], &v[2], &v[3], &v[4], &v[5]);
  51         memcpy(ftp->pasv_ip, v, 4 * sizeof(int));
  52         ftp->pasv_port = (v[4]<<8&0xff00) + v[5];
  53         return 0;
  54 }
  55
  56 static int kftp_pasv_connect(knetFile *ftp)
  57 {
  58 #define __err_pasv_connect(func) do { perror(func); freeaddrinfo(res); return -1; } while (0)
  59
  60         struct addrinfo hints, *res;
  61         struct linger lng = { 0, 0 };
  62         int on = 1;
  63         char host[80], port[10];
  64
  65         if (ftp->pasv_port == 0) {
  66                 fprintf(stderr, "[kftp_pasv_connect] kftp_pasv_prep() is not called before hand.\n");
  67                 return -1;
  68         }
  69         memset(&hints, 0, sizeof(struct addrinfo));
  70         hints.ai_family = AF_UNSPEC;
  71         hints.ai_socktype = SOCK_STREAM;
  72         sprintf(host, "%d.%d.%d.%d", ftp->pasv_ip[0], ftp->pasv_ip[1], ftp->pasv_ip[2], ftp->pasv_ip[3]);
  73         sprintf(port, "%d", ftp->pasv_port);
  74         if (getaddrinfo(host, port, &hints, &res) != 0) { perror("getaddrinfo"); return -1; }
  75         if ((ftp->fd = socket(res->ai_family, res->ai_socktype, res->ai_protocol)) == -1) __err_pasv_connect("socket");
  76         if (setsockopt(ftp->fd, SOL_SOCKET, SO_REUSEADDR, &on, sizeof(on)) == -1) __err_pasv_connect("setsockopt");
  77         if (setsockopt(ftp->fd, SOL_SOCKET, SO_LINGER, &lng, sizeof(lng)) == -1) __err_pasv_connect("setsockopt");
  78         if (connect(ftp->fd, res->ai_addr, res->ai_addrlen) != 0) __err_pasv_connect("connect");
  79         freeaddrinfo(res);
  80         return 0;
  81 }
  82
  83 int kftp_connect(knetFile *ftp)
  84 {
  85 #define __err_connect(func) do { perror(func); return -1; } while (0)
  86
  87         int on = 1;
  88         { // open socket
  89                 struct addrinfo hints, *res;
  90                 memset(&hints, 0, sizeof(struct addrinfo));
  91                 hints.ai_family = AF_UNSPEC;
  92                 hints.ai_socktype = SOCK_STREAM;
  93                 if (getaddrinfo(ftp->host, "21", &hints, &res) != 0) __err_connect("getaddrinfo");
  94                 if ((ftp->ctrl_fd = socket(res->ai_family, res->ai_socktype, res->ai_protocol)) == -1) __err_connect("socket");
  95                 if (setsockopt(ftp->ctrl_fd, SOL_SOCKET, SO_REUSEADDR, &on, sizeof(on)) == -1) __err_connect("setsockopt");
  96                 if (connect(ftp->ctrl_fd, res->ai_addr, res->ai_addrlen) != 0) __err_connect("connect");
  97                 freeaddrinfo(res);
  98                 kftp_get_response(ftp);
  99         }
 100         { // login
 101                 kftp_send_cmd(ftp, "USER anonymous\r\n", 1);
 102                 kftp_send_cmd(ftp, "PASS kftp@\r\n", 1);
 103                 kftp_send_cmd(ftp, "TYPE I\r\n", 1);
 104         }
 105         return 0;
 106 }
 107
 108 int kftp_reconnect(knetFile *ftp)
 109 {
 110         if (ftp->ctrl_fd) {
 111                 close(ftp->ctrl_fd);
 112                 ftp->ctrl_fd = 0;
 113         }
 114         close(ftp->fd);
 115         return kftp_connect(ftp);
 116 }
 117
 118 // initialize ->type, ->host and ->retr
 119 knetFile *kftp_prep(const char *fn, const char *mode)
 120 {
 121         knetFile *fp;
 122         char *p;
 123         int l;
 124         if (strstr(fn, "ftp://") != fn) return 0;
 125         for (p = (char*)fn + 6; *p && *p != '/'; ++p);
 126         if (*p != '/') return 0;
 127         l = p - fn - 6;
 128         fp = calloc(1, sizeof(knetFile));
 129         fp->type = KNF_TYPE_FTP;
 130         fp->host = calloc(l + 1, 1);
 131         if (strchr(mode, 'c')) fp->no_reconnect = 1;
 132         strncpy(fp->host, fn + 6, l);
 133         fp->retr = calloc(strlen(p) + 8, 1);
 134         sprintf(fp->retr, "RETR %s\r\n", p);
 135         fp->seek_offset = -1;
 136         return fp;
 137 }
 138 // place ->fd at offset off
 139 int kftp_connect_file(knetFile *fp)
 140 {
 141         int ret;
 142         if (fp->fd) {
 143                 close(fp->fd);
 144                 if (fp->no_reconnect) kftp_get_response(fp);
 145         }
 146         kftp_pasv_prep(fp);
 147         if (fp->offset) {
 148                 char tmp[32];
 149                 sprintf(tmp, "REST %lld\r\n", (long long)fp->offset);
 150                 kftp_send_cmd(fp, tmp, 1);
 151         }
 152         kftp_send_cmd(fp, fp->retr, 0);
 153         kftp_pasv_connect(fp);
 154         ret = kftp_get_response(fp);
 155         if (ret != 150) {
 156                 fprintf(stderr, "[kftp_connect_file] %s\n", fp->response);
 157                 close(fp->fd);
 158                 fp->fd = -1;
 159         }
 160         fp->is_ready = 1;
 161         return 0;
 162 }
 163
 164 knetFile *knet_open(const char *fn, const char *mode)
 165 {
 166         knetFile *fp = 0;
 167         if (mode[0] != 'r') {
 168                 fprintf(stderr, "[kftp_open] only mode \"r\" is supported.\n");
 169                 return 0;
 170         }
 171         if (strstr(fn, "ftp://") == fn) {
 172                 fp = kftp_prep(fn, mode);
 173                 if (fp == 0) return 0;
 174                 if (kftp_connect(fp) == -1) {
 175                         knet_close(fp);
 176                         return 0;
 177                 }
 178                 kftp_connect_file(fp);
 179                 if (fp->fd == -1) {
 180                         knet_close(fp);
 181                         return 0;
 182                 }
 183         } else {
 184                 int fd = open(fn, O_RDONLY);
 185                 if (fd == -1) {
 186                         perror("open");
 187                         return 0;
 188                 }
 189                 fp = (knetFile*)calloc(1, sizeof(knetFile));
 190                 fp->type = KNF_TYPE_LOCAL;
 191                 fp->fd = fd;
 192         }
 193         return fp;
 194 }
 195
 196 knetFile *knet_dopen(int fd, const char *mode)
 197 {
 198         knetFile *fp = (knetFile*)calloc(1, sizeof(knetFile));
 199         fp->type = KNF_TYPE_LOCAL;
 200         fp->fd = fd;
 201         return fp;
 202 }
 203
 204 off_t knet_read(knetFile *fp, void *buf, off_t len)
 205 {
 206         off_t l = 0;
 207         if (fp->fd < 0) return 0;
 208         if (fp->type == KNF_TYPE_LOCAL) {
 209                 l = read(fp->fd, buf, len);
 210                 fp->offset += l;
 211         } else {
 212                 off_t rest = len, curr;
 213                 if (fp->is_ready == 0) {
 214                         if (!fp->no_reconnect) kftp_reconnect(fp);
 215                         kftp_connect_file(fp);
 216                         fp->is_ready = 1;
 217                 }
 218                 while (rest) {
 219                         curr = read(fp->fd, buf + l, rest);
 220                         if (curr == 0) break; // FIXME: end of file or bad network? I do not know...
 221                         l += curr; rest -= curr;
 222                 }
 223                 fp->offset += l;
 224         }
 225         return l;
 226 }
 227
 228 int knet_seek(knetFile *fp, off_t off, int whence)
 229 {
 230         if (fp->type == KNF_TYPE_LOCAL) {
 231                 if (lseek(fp->fd, off, whence) == -1) {
 232                         perror("lseek");
 233                         return -1;
 234                 }
 235                 fp->offset = off;
 236                 return 0;
 237         }
 238         if (fp->type == KNF_TYPE_FTP) {
 239                 if (whence != SEEK_SET) { // FIXME: we can surely allow SEEK_CUR and SEEK_END in future
 240                         fprintf(stderr, "[knet_seek] only SEEK_SET is supported for FTP. Offset is unchanged.\n");
 241                         return -1;
 242                 }
 243                 fp->offset = off;
 244                 fp->is_ready = 0;
 245                 return 0;
 246         }
 247         return -1;
 248 }
 249
 250 int knet_close(knetFile *fp)
 251 {
 252         if (fp == 0) return 0;
 253         if (fp->ctrl_fd > 0) close(fp->ctrl_fd);
 254         if (fp->fd > 0) close(fp->fd);
 255         free(fp->response); free(fp->retr); free(fp->host);
 256         free(fp);
 257         return 0;
 258 }
 259
 260 #ifdef KNETFILE_MAIN
 261 int main(void)
 262 {
 263         char buf[256];
 264         knetFile *fp;
 265 //      fp = knet_open("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/NA12878/alignment/NA12878.chrom6.SLX.SRP000032.2009_06.bam", "r"); knet_seek(fp, 2500000000ll, SEEK_SET);
 266         fp = knet_open("ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub4/treefam/tmp/index.shtml", "r"); knet_seek(fp, 2000, SEEK_SET);
 267 //      fp = knet_open("knetfile.c", "r"); knet_seek(fp, 2000, SEEK_SET);
 268         knet_read(fp, buf, 255);
 269         buf[255] = 0;
 270         printf("%s\n", buf);
 271         knet_close(fp);
 272         return 0;
 273 }
 274 #endif