glf.h

   1 #ifndef GLF_H_
   2 #define GLF_H_
   3
   4 typedef struct {
   5         unsigned char ref_base:4, dummy:4; /** "XACMGRSVTWYHKDBN"[ref_base] gives the reference base */
   6         unsigned char max_mapQ; /** maximum mapping quality */
   7         unsigned char lk[10];   /** log likelihood ratio, capped at 255 */
   8         unsigned min_lk:8, depth:24; /** minimum lk capped at 255, and the number of mapped reads */
   9 } glf1_t;
  10
  11 #include <stdint.h>
  12 #include "bgzf.h"
  13 typedef BGZF *glfFile;
  14
  15 #define GLF_TYPE_NORMAL 0
  16 #define GLF_TYPE_INDEL  1
  17 #define GLF_TYPE_END   15
  18
  19 typedef struct {
  20         unsigned char ref_base:4, type:4; /** "XACMGRSVTWYHKDBN"[ref_base] gives the reference base */
  21         unsigned char max_mapQ; /** maximum mapping quality */
  22         unsigned char lk[10];   /** log likelihood ratio, capped at 255 */
  23         unsigned min_lk:8, depth:24; /** minimum lk capped at 255, and the number of mapped reads */
  24         unsigned offset; /** the first base in a chromosome has offset zero. */
  25 } glf3_t;
  26
  27 typedef struct {
  28         int32_t l_text;
  29         uint8_t *text;
  30 } glf_header_t;
  31
  32 #ifdef __cplusplus
  33 extern "C" {
  34 #endif
  35
  36         glf_header_t *glf_header_init();
  37         glf_header_t *glf_header_read(glfFile fp);
  38         void glf_header_write(glfFile fp, const glf_header_t *h);
  39         void glf_header_destroy(glf_header_t *h);
  40         char *glf_ref_read(glfFile fp);
  41         void glf_ref_write(glfFile fp, const char *str);
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 }
  45 #endif
  46
  47 #endif