examples/00README.txt

   1 NA18507_part.fa contains two sequences cut from the human genome
   2 build36. They were exatracted with command:
   3
   4   samtools faidx human_b36.fa 2:2043966-2045540 20:67967-69550
   5
   6 Sequence names were changed manually for simplicity. ex1.fa.fai is the
   7 index for the sequence file, generated by:
   8
   9   samtools faidx ex1.fa
  10
  11 This index file also works as the reference list file used by `import'
  12 and `pileup' commands of samtools. ex1.sam.gz contains MAQ alignments
  13 exatracted with:
  14
  15   (samtools view NA18507_maq.bam 2:2044001-2045500;
  16    samtools view NA18507_maq.bam 20:68001-69500)
  17
  18 and processed with an awk command to make everything consistent as a
  19 standalone alignment.
  20
  21 To try samtools, you may run the following commands:
  22
  23   samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
  24   samtools index ex1.bam
  25   samtools tview ex1.bam ex1.fa
  26   samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam
  27   samtools pileup -cf ex1.fa -t ex1.fa.fai ex1.sam.gz
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