bcftools/vcfout.c

   1 #include <unistd.h>
   2 #include <stdlib.h>
   3 #include <math.h>
   4 #include <zlib.h>
   5 #include "bcf.h"
   6 #include "prob1.h"
   7 #include "kstring.h"
   8
   9 #include "khash.h"
  10 KHASH_SET_INIT_INT64(set64)
  11
  12 #include "kseq.h"
  13 KSTREAM_INIT(gzFile, gzread, 16384)
  14
  15 #define VC_NO_PL   1
  16 #define VC_NO_GENO 2
  17 #define VC_BCF     4
  18 #define VC_CALL    8
  19 #define VC_VARONLY 16
  20
  21 typedef struct {
  22         int flag, prior_type;
  23         char *fn_list;
  24         double theta;
  25 } viewconf_t;
  26
  27 khash_t(set64) *bcf_load_pos(const char *fn, bcf_hdr_t *_h)
  28 {
  29         void *str2id;
  30         gzFile fp;
  31         kstream_t *ks;
  32         int ret, dret, lineno = 1;
  33         kstring_t *str;
  34         khash_t(set64) *hash = 0;
  35
  36         hash = kh_init(set64);
  37         str2id = bcf_build_refhash(_h);
  38         str = calloc(1, sizeof(kstring_t));
  39         fp = strcmp(fn, "-")? gzopen(fn, "r") : gzdopen(fileno(stdin), "r");
  40         ks = ks_init(fp);
  41         while (ks_getuntil(ks, 0, str, &dret) >= 0) {
  42                 int tid = bcf_str2id(str2id, str->s);
  43                 if (tid >= 0 && dret != '\n') {
  44                         if (ks_getuntil(ks, 0, str, &dret) >= 0) {
  45                                 uint64_t x = (uint64_t)tid<<32 | (atoi(str->s) - 1);
  46                                 kh_put(set64, hash, x, &ret);
  47                         } else break;
  48                 } else fprintf(stderr, "[%s] %s is not a reference name (line %d).\n", __func__, str->s, lineno);
  49                 if (dret != '\n') while ((dret = ks_getc(ks)) > 0 && dret != '\n');
  50                 if (dret < 0) break;
  51                 ++lineno;
  52         }
  53         bcf_str2id_destroy(str2id);
  54         ks_destroy(ks);
  55         gzclose(fp);
  56         free(str->s); free(str);
  57         return hash;
  58 }
  59
  60 static int update_bcf1(bcf1_t *b, const bcf_p1aux_t *pa, const bcf_p1rst_t *pr, int flag)
  61 {
  62         kstring_t s;
  63         int x, is_var = (pr->p_ref < .5);
  64         double r = is_var? pr->p_ref : 1. - pr->p_ref;
  65         memset(&s, 0, sizeof(kstring_t));
  66         kputc('\0', &s); kputs(b->ref, &s); kputc('\0', &s);
  67         if (is_var) {
  68                 kputs(b->alt, &s);
  69         }
  70         kputc('\0', &s); kputc('\0', &s);
  71         kputs(b->info, &s);
  72         if (b->info[0]) kputc(';', &s);
  73         ksprintf(&s, "AF1=%.3lf;AFE=%.3lf", 1.-pr->f_em, 1.-pr->f_exp);
  74         kputc('\0', &s);
  75         kputs(b->fmt, &s); kputc('\0', &s);
  76         free(b->str);
  77         b->m_str = s.m; b->l_str = s.l; b->str = s.s;
  78         x = (int)(r < 1e-100? 99 : -3.434 * log(r) + .499);
  79         b->qual = x > 99? 99 : x;
  80         return is_var;
  81 }
  82
  83 int bcfview(int argc, char *argv[])
  84 {
  85         bcf_t *bp, *bout = 0;
  86         bcf1_t *b;
  87         int c;
  88         uint64_t n_processed = 0;
  89         viewconf_t vc;
  90         bcf_p1aux_t *p1 = 0;
  91         int tid, begin, end;
  92         khash_t(set64) *hash = 0;
  93
  94         tid = begin = end = -1;
  95         memset(&vc, 0, sizeof(viewconf_t));
  96         vc.prior_type = -1; vc.theta = 1e-3;
  97         while ((c = getopt(argc, argv, "l:cGvLbP:t:")) >= 0) {
  98                 switch (c) {
  99                 case 'l': vc.fn_list = strdup(optarg); break;
 100                 case 'G': vc.flag |= VC_NO_GENO; break;
 101                 case 'L': vc.flag |= VC_NO_PL; break;
 102                 case 'b': vc.flag |= VC_BCF; break;
 103                 case 'c': vc.flag |= VC_CALL; break;
 104                 case 'v': vc.flag |= VC_VARONLY; break;
 105                 case 't': vc.theta = atof(optarg); break;
 106                 case 'P':
 107                         if (strcmp(optarg, "full") == 0) vc.prior_type = MC_PTYPE_FULL;
 108                         else if (strcmp(optarg, "cond2") == 0) vc.prior_type = MC_PTYPE_COND2;
 109                         else if (strcmp(optarg, "flat") == 0) vc.prior_type = MC_PTYPE_FLAT;
 110                         break;
 111                 }
 112         }
 113         if (argc == optind) {
 114                 fprintf(stderr, "Usage: bcftools view [-cGPb] [-l list] <in.bcf> [reg]\n");
 115                 return 1;
 116         }
 117
 118         b = calloc(1, sizeof(bcf1_t));
 119         bp = bcf_open(argv[optind], "r");
 120         if (vc.flag & VC_BCF) {
 121                 bout = bcf_open("-", "w");
 122                 bcf_hdr_cpy(&bout->h, &bp->h);
 123                 bcf_hdr_write(bout);
 124         }
 125         if (vc.flag & VC_CALL) {
 126                 p1 = bcf_p1_init(bp->h.n_smpl);
 127                 bcf_p1_init_prior(p1, vc.prior_type, vc.theta);
 128         }
 129         if (vc.fn_list) hash = bcf_load_pos(vc.fn_list, &bp->h);
 130         if (optind + 1 < argc) {
 131                 void *str2id = bcf_build_refhash(&bp->h);
 132                 if (bcf_parse_region(str2id, argv[optind+1], &tid, &begin, &end) >= 0) {
 133                         bcf_idx_t *idx;
 134                         idx = bcf_idx_load(argv[optind]);
 135                         if (idx) {
 136                                 uint64_t off;
 137                                 off = bcf_idx_query(idx, tid, begin, end);
 138                                 bgzf_seek(bp->fp, off, SEEK_SET);
 139                                 bcf_idx_destroy(idx);
 140                         }
 141                 }
 142         }
 143         while (bcf_read(bp, b) > 0) {
 144                 if (hash) {
 145                         uint64_t x = (uint64_t)b->tid<<32 | b->pos;
 146                         khint_t k = kh_get(set64, hash, x);
 147                         if (k == kh_end(hash)) continue;
 148                 }
 149                 if (tid >= 0) {
 150                         int l = strlen(b->ref);
 151                         l = b->pos + (l > 0? l : 1);
 152                         if (b->tid != tid || b->pos >= end) break;
 153                         if (!(l > begin && end > b->pos)) continue;
 154                 }
 155                 if (vc.flag & VC_CALL) {
 156                         bcf_p1rst_t pr;
 157                         int is_var;
 158                         bcf_p1_cal(b, p1, &pr);
 159                         is_var = update_bcf1(b, p1, &pr, vc.flag);
 160                         bcf_sync(bp->h.n_smpl, b);
 161                         if ((n_processed + 1) % 50000 == 0) bcf_p1_dump_afs(p1);
 162                         if ((vc.flag & VC_VARONLY) && !is_var) continue;
 163                 }
 164                 if (vc.flag & VC_BCF) bcf_write(bout, b);
 165                 else {
 166                         char *vcf;
 167                         if (vc.flag & VC_NO_GENO) {
 168                                 b->n_gi = 0;
 169                                 b->fmt[0] = '\0';
 170                         }
 171                         vcf = bcf_fmt(bp, b);
 172                         puts(vcf);
 173                         free(vcf);
 174                 }
 175                 ++n_processed;
 176         }
 177         if (vc.flag & VC_CALL) bcf_p1_dump_afs(p1);
 178         bcf_close(bp); bcf_close(bout);
 179         bcf_destroy(b);
 180         if (hash) kh_destroy(set64, hash);
 181         if (vc.fn_list) free(vc.fn_list);
 182         if (p1) bcf_p1_destroy(p1);
 183         return 0;
 184 }
 185