bcftools/prob1.h

   1 #ifndef BCF_PROB1_H
   2 #define BCF_PROB1_H
   3
   4 #include "bcf.h"
   5
   6 struct __bcf_p1aux_t;
   7 typedef struct __bcf_p1aux_t bcf_p1aux_t;
   8
   9 typedef struct {
  10         int rank0;
  11         double f_em, f_exp, f_flat, p_ref, g[3];
  12 } bcf_p1rst_t;
  13
  14 #define MC_PTYPE_FULL  1
  15 #define MC_PTYPE_COND2 2
  16 #define MC_PTYPE_FLAT  3
  17
  18 #ifdef __cplusplus
  19 extern "C" {
  20 #endif
  21
  22         bcf_p1aux_t *bcf_p1_init(int n);
  23         void bcf_p1_init_prior(bcf_p1aux_t *ma, int type, double theta);
  24         void bcf_p1_destroy(bcf_p1aux_t *ma);
  25         int bcf_p1_cal(bcf1_t *b, bcf_p1aux_t *ma, bcf_p1rst_t *rst);
  26         int bcf_p1_call_gt(const bcf_p1aux_t *ma, double f0, int k);
  27         void bcf_p1_dump_afs(bcf_p1aux_t *ma);
  28
  29 #ifdef __cplusplus
  30 }
  31 #endif
  32
  33 #endif