bcftools/main.c

   1 #include <string.h>
   2 #include <stdlib.h>
   3 #include "bcf.h"
   4
   5 int bcfview(int argc, char *argv[]);
   6 int bcf_main_index(int argc, char *argv[]);
   7
   8 int main(int argc, char *argv[])
   9 {
  10         if (argc == 1) {
  11                 fprintf(stderr, "\n");
  12                 fprintf(stderr, "Usage:   bcftools <command> <arguments>\n\n");
  13                 fprintf(stderr, "Command: view      print, extract, convert and call SNPs from BCF\n");
  14                 fprintf(stderr, "         index     index BCF\n");
  15                 fprintf(stderr, "\n");
  16                 return 1;
  17         }
  18         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return bcfview(argc-1, argv+1);
  19         if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bcf_main_index(argc-1, argv+1);
  20         if (strcmp(argv[1], "test") == 0) return vcf_test(argc-1, argv+1);
  21         else {
  22                 fprintf(stderr, "[main] Unrecognized command.\n");
  23                 return 1;
  24         }
  25         return 0;
  26 }