bcftools/call1.c

   1 #include <unistd.h>
   2 #include <stdlib.h>
   3 #include <math.h>
   4 #include <zlib.h>
   5 #include <errno.h>
   6 #include "bcf.h"
   7 #include "prob1.h"
   8 #include "kstring.h"
   9
  10 #include "khash.h"
  11 KHASH_SET_INIT_INT64(set64)
  12
  13 #include "kseq.h"
  14 KSTREAM_INIT(gzFile, gzread, 16384)
  15
  16 #define VC_NO_GENO 2
  17 #define VC_BCFOUT  4
  18 #define VC_CALL    8
  19 #define VC_VARONLY 16
  20 #define VC_VCFIN   32
  21 #define VC_UNCOMP  64
  22 #define VC_KEEPALT 256
  23 #define VC_ACGT_ONLY 512
  24 #define VC_QCALL   1024
  25 #define VC_CALL_GT 2048
  26 #define VC_ADJLD   4096
  27 #define VC_NO_INDEL 8192
  28 #define VC_ANNO_MAX 16384
  29
  30 typedef struct {
  31         int flag, prior_type, n1, n_sub, *sublist;
  32         char *fn_list, *prior_file, **subsam, *fn_dict;
  33         uint8_t *ploidy;
  34         double theta, pref, indel_frac;
  35 } viewconf_t;
  36
  37 khash_t(set64) *bcf_load_pos(const char *fn, bcf_hdr_t *_h)
  38 {
  39         void *str2id;
  40         gzFile fp;
  41         kstream_t *ks;
  42         int ret, dret, lineno = 1;
  43         kstring_t *str;
  44         khash_t(set64) *hash = 0;
  45
  46         hash = kh_init(set64);
  47         str2id = bcf_build_refhash(_h);
  48         str = calloc(1, sizeof(kstring_t));
  49         fp = strcmp(fn, "-")? gzopen(fn, "r") : gzdopen(fileno(stdin), "r");
  50         ks = ks_init(fp);
  51         while (ks_getuntil(ks, 0, str, &dret) >= 0) {
  52                 int tid = bcf_str2id(str2id, str->s);
  53                 if (tid >= 0 && dret != '\n') {
  54                         if (ks_getuntil(ks, 0, str, &dret) >= 0) {
  55                                 uint64_t x = (uint64_t)tid<<32 | (atoi(str->s) - 1);
  56                                 kh_put(set64, hash, x, &ret);
  57                         } else break;
  58                 } else fprintf(stderr, "[%s] %s is not a reference name (line %d).\n", __func__, str->s, lineno);
  59                 if (dret != '\n') while ((dret = ks_getc(ks)) > 0 && dret != '\n');
  60                 if (dret < 0) break;
  61                 ++lineno;
  62         }
  63         bcf_str2id_destroy(str2id);
  64         ks_destroy(ks);
  65         gzclose(fp);
  66         free(str->s); free(str);
  67         return hash;
  68 }
  69
  70 typedef struct {
  71         double p[4];
  72         int mq, depth, is_tested, d[4];
  73 } anno16_t;
  74
  75 static double ttest(int n1, int n2, int a[4])
  76 {
  77         extern double kf_betai(double a, double b, double x);
  78         double t, v, u1, u2;
  79         if (n1 == 0 || n2 == 0 || n1 + n2 < 3) return 1.0;
  80         u1 = (double)a[0] / n1; u2 = (double)a[2] / n2;
  81         if (u1 <= u2) return 1.;
  82         t = (u1 - u2) / sqrt(((a[1] - n1 * u1 * u1) + (a[3] - n2 * u2 * u2)) / (n1 + n2 - 2) * (1./n1 + 1./n2));
  83         v = n1 + n2 - 2;
  84 //      printf("%d,%d,%d,%d,%lf,%lf,%lf\n", a[0], a[1], a[2], a[3], t, u1, u2);
  85         return t < 0.? 1. : .5 * kf_betai(.5*v, .5, v/(v+t*t));
  86 }
  87
  88 static int test16_core(int anno[16], anno16_t *a)
  89 {
  90         extern double kt_fisher_exact(int n11, int n12, int n21, int n22, double *_left, double *_right, double *two);
  91         double left, right;
  92         int i;
  93         a->p[0] = a->p[1] = a->p[2] = a->p[3] = 1.;
  94         memcpy(a->d, anno, 4 * sizeof(int));
  95         a->depth = anno[0] + anno[1] + anno[2] + anno[3];
  96         a->is_tested = (anno[0] + anno[1] > 0 && anno[2] + anno[3] > 0);
  97         if (a->depth == 0) return -1;
  98         a->mq = (int)(sqrt((anno[9] + anno[11]) / a->depth) + .499);
  99         kt_fisher_exact(anno[0], anno[1], anno[2], anno[3], &left, &right, &a->p[0]);
 100         for (i = 1; i < 4; ++i)
 101                 a->p[i] = ttest(anno[0] + anno[1], anno[2] + anno[3], anno+4*i);
 102         return 0;
 103 }
 104
 105 static int test16(bcf1_t *b, anno16_t *a)
 106 {
 107         char *p;
 108         int i, anno[16];
 109         a->p[0] = a->p[1] = a->p[2] = a->p[3] = 1.;
 110         a->d[0] = a->d[1] = a->d[2] = a->d[3] = 0.;
 111         a->mq = a->depth = a->is_tested = 0;
 112         if ((p = strstr(b->info, "I16=")) == 0) return -1;
 113         p += 4;
 114         for (i = 0; i < 16; ++i) {
 115                 errno = 0; anno[i] = strtol(p, &p, 10);
 116                 if (anno[i] == 0 && (errno == EINVAL || errno == ERANGE)) return -2;
 117                 ++p;
 118         }
 119         return test16_core(anno, a);
 120 }
 121
 122 static void rm_info(bcf1_t *b, const char *key)
 123 {
 124         char *p, *q;
 125         if ((p = strstr(b->info, key)) == 0) return;
 126         for (q = p; *q && *q != ';'; ++q);
 127         if (p > b->info && *(p-1) == ';') --p;
 128         memmove(p, q, b->l_str - (q - b->str));
 129         b->l_str -= q - p;
 130         bcf_sync(b);
 131 }
 132
 133 static int update_bcf1(int n_smpl, bcf1_t *b, const bcf_p1aux_t *pa, const bcf_p1rst_t *pr, double pref, int flag)
 134 {
 135         kstring_t s;
 136         int is_var = (pr->p_ref < pref);
 137         double r = is_var? pr->p_ref : pr->p_var, fq;
 138         anno16_t a;
 139
 140         test16(b, &a);
 141         rm_info(b, "I16=");
 142
 143         memset(&s, 0, sizeof(kstring_t));
 144         kputc('\0', &s); kputs(b->ref, &s); kputc('\0', &s);
 145         kputs(b->alt, &s); kputc('\0', &s); kputc('\0', &s);
 146         kputs(b->info, &s);
 147         if (b->info[0]) kputc(';', &s);
 148 //      ksprintf(&s, "AF1=%.4lg;AFE=%.4lg;CI95=%.4lg,%.4lg", 1.-pr->f_em, 1.-pr->f_exp, pr->cil, pr->cih);
 149         ksprintf(&s, "AF1=%.4g;CI95=%.4g,%.4g", 1.-pr->f_em, pr->cil, pr->cih);
 150         ksprintf(&s, ";DP4=%d,%d,%d,%d;MQ=%d", a.d[0], a.d[1], a.d[2], a.d[3], a.mq);
 151         fq = pr->p_ref_folded < 0.5? -4.343 * log(pr->p_ref_folded) : 4.343 * log(pr->p_var_folded);
 152         if (fq < -999) fq = -999;
 153         if (fq > 999) fq = 999;
 154         ksprintf(&s, ";FQ=%.3g", fq);
 155         if (a.is_tested) {
 156                 if (pr->pc[0] >= 0.) ksprintf(&s, ";PC4=%g,%g,%g,%g", pr->pc[0], pr->pc[1], pr->pc[2], pr->pc[3]);
 157                 ksprintf(&s, ";PV4=%.2g,%.2g,%.2g,%.2g", a.p[0], a.p[1], a.p[2], a.p[3]);
 158         }
 159         kputc('\0', &s);
 160         kputs(b->fmt, &s); kputc('\0', &s);
 161         free(b->str);
 162         b->m_str = s.m; b->l_str = s.l; b->str = s.s;
 163         b->qual = r < 1e-100? 999 : -4.343 * log(r);
 164         if (b->qual > 999) b->qual = 999;
 165         bcf_sync(b);
 166         if (!is_var) bcf_shrink_alt(b, 1);
 167         else if (!(flag&VC_KEEPALT))
 168                 bcf_shrink_alt(b, pr->rank0 < 2? 2 : pr->rank0+1);
 169         if (is_var && (flag&VC_CALL_GT)) { // call individual genotype
 170                 int i, x, old_n_gi = b->n_gi;
 171                 s.m = b->m_str; s.l = b->l_str - 1; s.s = b->str;
 172                 kputs(":GT:GQ", &s); kputc('\0', &s);
 173                 b->m_str = s.m; b->l_str = s.l; b->str = s.s;
 174                 bcf_sync(b);
 175                 for (i = 0; i < b->n_smpl; ++i) {
 176                         x = bcf_p1_call_gt(pa, pr->f_em, i);
 177                         ((uint8_t*)b->gi[old_n_gi].data)[i] = (x&3) == 0? 1<<3|1 : (x&3) == 1? 1 : 0;
 178                         ((uint8_t*)b->gi[old_n_gi+1].data)[i] = x>>2;
 179                 }
 180         }
 181         return is_var;
 182 }
 183
 184 static char **read_samples(const char *fn, int *_n)
 185 {
 186         gzFile fp;
 187         kstream_t *ks;
 188         kstring_t s;
 189         int dret, n = 0, max = 0;
 190         char **sam = 0;
 191         *_n = 0;
 192         s.l = s.m = 0; s.s = 0;
 193         fp = gzopen(fn, "r");
 194         if (fp == 0) return 0; // fail to open file
 195         ks = ks_init(fp);
 196         while (ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret) >= 0) {
 197                 int l;
 198                 if (max == n) {
 199                         max = max? max<<1 : 4;
 200                         sam = realloc(sam, sizeof(void*)*max);
 201                 }
 202                 l = s.l;
 203                 sam[n] = malloc(s.l + 2);
 204                 strcpy(sam[n], s.s);
 205                 sam[n][l+1] = 2; // by default, diploid
 206                 if (dret != '\n') {
 207                         if (ks_getuntil(ks, 0, &s, &dret) >= 0) { // read ploidy, 1 or 2
 208                                 int x = (int)s.s[0] - '0';
 209                                 if (x == 1 || x == 2) sam[n][l+1] = x;
 210                                 else fprintf(stderr, "(%s) ploidy can only be 1 or 2; assume diploid\n", __func__);
 211                         }
 212                         if (dret != '\n') ks_getuntil(ks, '\n', &s, &dret);
 213                 }
 214                 ++n;
 215         }
 216         ks_destroy(ks);
 217         gzclose(fp);
 218         free(s.s);
 219         *_n = n;
 220         return sam;
 221 }
 222
 223 static void write_header(bcf_hdr_t *h)
 224 {
 225         kstring_t str;
 226         str.l = h->l_txt? h->l_txt - 1 : 0;
 227         str.m = str.l + 1; str.s = h->txt;
 228         if (!strstr(str.s, "##INFO=<ID=DP,"))
 229                 kputs("##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description=\"Raw read depth\">\n", &str);
 230         if (!strstr(str.s, "##INFO=<ID=DP4,"))
 231                 kputs("##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description=\"# high-quality ref-forward bases, ref-reverse, alt-forward and alt-reverse bases\">\n", &str);
 232         if (!strstr(str.s, "##INFO=<ID=MQ,"))
 233                 kputs("##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Integer,Description=\"Root-mean-square mapping quality of covering reads\">\n", &str);
 234         if (!strstr(str.s, "##INFO=<ID=FQ,"))
 235                 kputs("##INFO=<ID=FQ,Number=1,Type=Float,Description=\"Phred probability that sample chromosomes are not all the same\">\n", &str);
 236         if (!strstr(str.s, "##INFO=<ID=AF1,"))
 237                 kputs("##INFO=<ID=AF1,Number=1,Type=Float,Description=\"Max-likelihood estimate of the site allele frequency of the first ALT allele\">\n", &str);
 238         if (!strstr(str.s, "##INFO=<ID=CI95,"))
 239                 kputs("##INFO=<ID=CI95,Number=2,Type=Float,Description=\"Equal-tail Bayesian credible interval of the site allele frequency at the 95% level\">\n", &str);
 240         if (!strstr(str.s, "##INFO=<ID=PV4,"))
 241                 kputs("##INFO=<ID=PV4,Number=4,Type=Float,Description=\"P-values for strand bias, baseQ bias, mapQ bias and tail distance bias\">\n", &str);
 242     if (!strstr(str.s, "##INFO=<ID=INDEL,"))
 243         kputs("##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description=\"Indicates that the variant is an INDEL.\">\n", &str);
 244     if (!strstr(str.s, "##INFO=<ID=GT,"))
 245         kputs("##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description=\"Genotype\">\n", &str);
 246     if (!strstr(str.s, "##FORMAT=<ID=GQ,"))
 247         kputs("##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description=\"Genotype Quality\">\n", &str);
 248     if (!strstr(str.s, "##FORMAT=<ID=GL,"))
 249         kputs("##FORMAT=<ID=GL,Number=3,Type=Float,Description=\"Likelihoods for RR,RA,AA genotypes (R=ref,A=alt)\">\n", &str);
 250         if (!strstr(str.s, "##FORMAT=<ID=DP,"))
 251                 kputs("##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description=\"# high-quality bases\">\n", &str);
 252         if (!strstr(str.s, "##FORMAT=<ID=SP,"))
 253                 kputs("##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description=\"Phred-scaled strand bias P-value\">\n", &str);
 254         if (!strstr(str.s, "##FORMAT=<ID=PL,"))
 255                 kputs("##FORMAT=<ID=PL,Number=-1,Type=Integer,Description=\"List of Phred-scaled genotype likelihoods, number of values is (#ALT+1)*(#ALT+2)/2\">\n", &str);
 256         h->l_txt = str.l + 1; h->txt = str.s;
 257 }
 258
 259 double bcf_ld_freq(const bcf1_t *b0, const bcf1_t *b1, double f[4]);
 260
 261 int bcfview(int argc, char *argv[])
 262 {
 263         extern int bcf_2qcall(bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
 264         extern void bcf_p1_indel_prior(bcf_p1aux_t *ma, double x);
 265         extern int bcf_fix_gt(bcf1_t *b);
 266         extern int bcf_anno_max(bcf1_t *b);
 267         bcf_t *bp, *bout = 0;
 268         bcf1_t *b, *blast;
 269         int c;
 270         uint64_t n_processed = 0;
 271         viewconf_t vc;
 272         bcf_p1aux_t *p1 = 0;
 273         bcf_hdr_t *hin, *hout;
 274         int tid, begin, end;
 275         char moder[4], modew[4];
 276         khash_t(set64) *hash = 0;
 277
 278         tid = begin = end = -1;
 279         memset(&vc, 0, sizeof(viewconf_t));
 280         vc.prior_type = vc.n1 = -1; vc.theta = 1e-3; vc.pref = 0.5; vc.indel_frac = -1.;
 281         while ((c = getopt(argc, argv, "N1:l:cHAGvbSuP:t:p:QgLi:IMs:D:")) >= 0) {
 282                 switch (c) {
 283                 case '1': vc.n1 = atoi(optarg); break;
 284                 case 'l': vc.fn_list = strdup(optarg); break;
 285                 case 'D': vc.fn_dict = strdup(optarg); break;
 286                 case 'N': vc.flag |= VC_ACGT_ONLY; break;
 287                 case 'G': vc.flag |= VC_NO_GENO; break;
 288                 case 'A': vc.flag |= VC_KEEPALT; break;
 289                 case 'b': vc.flag |= VC_BCFOUT; break;
 290                 case 'S': vc.flag |= VC_VCFIN; break;
 291                 case 'c': vc.flag |= VC_CALL; break;
 292                 case 'v': vc.flag |= VC_VARONLY | VC_CALL; break;
 293                 case 'u': vc.flag |= VC_UNCOMP | VC_BCFOUT; break;
 294                 case 'g': vc.flag |= VC_CALL_GT | VC_CALL; break;
 295                 case 'I': vc.flag |= VC_NO_INDEL; break;
 296                 case 'M': vc.flag |= VC_ANNO_MAX; break;
 297                 case 't': vc.theta = atof(optarg); break;
 298                 case 'p': vc.pref = atof(optarg); break;
 299                 case 'i': vc.indel_frac = atof(optarg); break;
 300                 case 'Q': vc.flag |= VC_QCALL; break;
 301                 case 'L': vc.flag |= VC_ADJLD; break;
 302                 case 's': vc.subsam = read_samples(optarg, &vc.n_sub);
 303                         vc.ploidy = calloc(vc.n_sub + 1, 1);
 304                         for (tid = 0; tid < vc.n_sub; ++tid) vc.ploidy[tid] = vc.subsam[tid][strlen(vc.subsam[tid]) + 1];
 305                         tid = -1;
 306                         break;
 307                 case 'P':
 308                         if (strcmp(optarg, "full") == 0) vc.prior_type = MC_PTYPE_FULL;
 309                         else if (strcmp(optarg, "cond2") == 0) vc.prior_type = MC_PTYPE_COND2;
 310                         else if (strcmp(optarg, "flat") == 0) vc.prior_type = MC_PTYPE_FLAT;
 311                         else vc.prior_file = strdup(optarg);
 312                         break;
 313                 }
 314         }
 315         if (argc == optind) {
 316                 fprintf(stderr, "\n");
 317                 fprintf(stderr, "Usage:   bcftools view [options] <in.bcf> [reg]\n\n");
 318                 fprintf(stderr, "Options: -c        SNP calling\n");
 319                 fprintf(stderr, "         -v        output potential variant sites only (force -c)\n");
 320                 fprintf(stderr, "         -g        call genotypes at variant sites (force -c)\n");
 321                 fprintf(stderr, "         -b        output BCF instead of VCF\n");
 322                 fprintf(stderr, "         -u        uncompressed BCF output (force -b)\n");
 323                 fprintf(stderr, "         -S        input is VCF\n");
 324                 fprintf(stderr, "         -A        keep all possible alternate alleles at variant sites\n");
 325                 fprintf(stderr, "         -G        suppress all individual genotype information\n");
 326                 fprintf(stderr, "         -H        perform Hardy-Weinberg test (slower)\n");
 327                 fprintf(stderr, "         -N        skip sites where REF is not A/C/G/T\n");
 328                 fprintf(stderr, "         -Q        output the QCALL likelihood format\n");
 329                 fprintf(stderr, "         -L        calculate LD for adjacent sites\n");
 330                 fprintf(stderr, "         -I        skip indels\n");
 331                 fprintf(stderr, "         -D FILE   sequence dictionary for VCF->BCF conversion [null]\n");
 332                 fprintf(stderr, "         -1 INT    number of group-1 samples [0]\n");
 333                 fprintf(stderr, "         -l FILE   list of sites to output [all sites]\n");
 334                 fprintf(stderr, "         -t FLOAT  scaled substitution mutation rate [%.4g]\n", vc.theta);
 335                 fprintf(stderr, "         -i FLOAT  indel-to-substitution ratio [%.4g]\n", vc.indel_frac);
 336                 fprintf(stderr, "         -p FLOAT  variant if P(ref|D)<FLOAT [%.3g]\n", vc.pref);
 337                 fprintf(stderr, "         -P STR    type of prior: full, cond2, flat [full]\n");
 338                 fprintf(stderr, "         -s FILE   list of samples to use [all samples]\n");
 339                 fprintf(stderr, "\n");
 340                 return 1;
 341         }
 342
 343         if ((vc.flag & VC_VCFIN) && (vc.flag & VC_BCFOUT) && vc.fn_dict == 0) {
 344                 fprintf(stderr, "[%s] For VCF->BCF conversion please specify the sequence dictionary with -D\n", __func__);
 345                 return 1;
 346         }
 347         b = calloc(1, sizeof(bcf1_t));
 348         blast = calloc(1, sizeof(bcf1_t));
 349         strcpy(moder, "r");
 350         if (!(vc.flag & VC_VCFIN)) strcat(moder, "b");
 351         strcpy(modew, "w");
 352         if (vc.flag & VC_BCFOUT) strcat(modew, "b");
 353         if (vc.flag & VC_UNCOMP) strcat(modew, "u");
 354         bp = vcf_open(argv[optind], moder);
 355         hin = hout = vcf_hdr_read(bp);
 356         if (vc.fn_dict && (vc.flag & VC_VCFIN))
 357                 vcf_dictread(bp, hin, vc.fn_dict);
 358         bout = vcf_open("-", modew);
 359         if (!(vc.flag & VC_QCALL)) {
 360                 if (vc.n_sub) {
 361                         vc.sublist = calloc(vc.n_sub, sizeof(int));
 362                         hout = bcf_hdr_subsam(hin, vc.n_sub, vc.subsam, vc.sublist);
 363                 }
 364                 if (vc.flag & VC_CALL) write_header(hout);
 365                 vcf_hdr_write(bout, hout);
 366         }
 367         if (vc.flag & VC_CALL) {
 368                 p1 = bcf_p1_init(hout->n_smpl, vc.ploidy);
 369                 if (vc.prior_file) {
 370                         if (bcf_p1_read_prior(p1, vc.prior_file) < 0) {
 371                                 fprintf(stderr, "[%s] fail to read the prior AFS.\n", __func__);
 372                                 return 1;
 373                         }
 374                 } else bcf_p1_init_prior(p1, vc.prior_type, vc.theta);
 375                 if (vc.n1 > 0) {
 376                         bcf_p1_set_n1(p1, vc.n1);
 377                         bcf_p1_init_subprior(p1, vc.prior_type, vc.theta);
 378                 }
 379                 if (vc.indel_frac > 0.) bcf_p1_indel_prior(p1, vc.indel_frac); // otherwise use the default indel_frac
 380         }
 381         if (vc.fn_list) hash = bcf_load_pos(vc.fn_list, hin);
 382         if (optind + 1 < argc && !(vc.flag&VC_VCFIN)) {
 383                 void *str2id = bcf_build_refhash(hout);
 384                 if (bcf_parse_region(str2id, argv[optind+1], &tid, &begin, &end) >= 0) {
 385                         bcf_idx_t *idx;
 386                         idx = bcf_idx_load(argv[optind]);
 387                         if (idx) {
 388                                 uint64_t off;
 389                                 off = bcf_idx_query(idx, tid, begin);
 390                                 if (off == 0) {
 391                                         fprintf(stderr, "[%s] no records in the query region.\n", __func__);
 392                                         return 1; // FIXME: a lot of memory leaks...
 393                                 }
 394                                 bgzf_seek(bp->fp, off, SEEK_SET);
 395                                 bcf_idx_destroy(idx);
 396                         }
 397                 }
 398         }
 399         while (vcf_read(bp, hin, b) > 0) {
 400                 int is_indel;
 401                 if (vc.n_sub) bcf_subsam(vc.n_sub, vc.sublist, b);
 402                 is_indel = bcf_is_indel(b);
 403                 if ((vc.flag & VC_NO_INDEL) && is_indel) continue;
 404                 if ((vc.flag & VC_ACGT_ONLY) && !is_indel) {
 405                         int x;
 406                         if (b->ref[0] == 0 || b->ref[1] != 0) continue;
 407                         x = toupper(b->ref[0]);
 408                         if (x != 'A' && x != 'C' && x != 'G' && x != 'T') continue;
 409                 }
 410                 if (hash) {
 411                         uint64_t x = (uint64_t)b->tid<<32 | b->pos;
 412                         khint_t k = kh_get(set64, hash, x);
 413                         if (kh_size(hash) == 0) break;
 414                         if (k == kh_end(hash)) continue;
 415                         kh_del(set64, hash, k);
 416                 }
 417                 if (tid >= 0) {
 418                         int l = strlen(b->ref);
 419                         l = b->pos + (l > 0? l : 1);
 420                         if (b->tid != tid || b->pos >= end) break;
 421                         if (!(l > begin && end > b->pos)) continue;
 422                 }
 423                 ++n_processed;
 424                 if (vc.flag & VC_QCALL) { // output QCALL format; STOP here
 425                         bcf_2qcall(hout, b);
 426                         continue;
 427                 }
 428                 if (vc.flag & (VC_CALL|VC_ADJLD)) bcf_gl2pl(b);
 429                 if (vc.flag & VC_CALL) { // call variants
 430                         bcf_p1rst_t pr;
 431                         bcf_p1_cal(b, p1, &pr); // pr.g[3] is not calculated here
 432                         if (n_processed % 100000 == 0) {
 433                                 fprintf(stderr, "[%s] %ld sites processed.\n", __func__, (long)n_processed);
 434                                 bcf_p1_dump_afs(p1);
 435                         }
 436                         if (pr.p_ref >= vc.pref && (vc.flag & VC_VARONLY)) continue;
 437                         update_bcf1(hout->n_smpl, b, p1, &pr, vc.pref, vc.flag);
 438                 }
 439                 if (vc.flag & VC_ADJLD) { // compute LD
 440                         double f[4], r2;
 441                         if ((r2 = bcf_ld_freq(blast, b, f)) >= 0) {
 442                                 kstring_t s;
 443                                 s.m = s.l = 0; s.s = 0;
 444                                 if (*b->info) kputc(';', &s);
 445                                 ksprintf(&s, "NEIR=%.3f;NEIF=%.3f,%.3f", r2, f[0]+f[2], f[0]+f[1]);
 446                                 bcf_append_info(b, s.s, s.l);
 447                                 free(s.s);
 448                         }
 449                         bcf_cpy(blast, b);
 450                 }
 451                 if (vc.flag & VC_ANNO_MAX) bcf_anno_max(b);
 452                 if (vc.flag & VC_NO_GENO) { // do not output GENO fields
 453                         b->n_gi = 0;
 454                         b->fmt[0] = '\0';
 455                         b->l_str = b->fmt - b->str + 1;
 456                 } else bcf_fix_gt(b);
 457                 vcf_write(bout, hout, b);
 458         }
 459         if (vc.prior_file) free(vc.prior_file);
 460         if (vc.flag & VC_CALL) bcf_p1_dump_afs(p1);
 461         if (hin != hout) bcf_hdr_destroy(hout);
 462         bcf_hdr_destroy(hin);
 463         bcf_destroy(b); bcf_destroy(blast);
 464         vcf_close(bp); vcf_close(bout);
 465         if (hash) kh_destroy(set64, hash);
 466         if (vc.fn_list) free(vc.fn_list);
 467         if (vc.fn_dict) free(vc.fn_dict);
 468         if (vc.ploidy) free(vc.ploidy);
 469         if (vc.n_sub) {
 470                 int i;
 471                 for (i = 0; i < vc.n_sub; ++i) free(vc.subsam[i]);
 472                 free(vc.subsam); free(vc.sublist);
 473         }
 474         if (p1) bcf_p1_destroy(p1);
 475         return 0;
 476 }