bcftools/bcfutils.c

   1 #include "bcf.h"
   2 #include "khash.h"
   3 KHASH_MAP_INIT_STR(str2id, int)
   4
   5 void *bcf_build_refhash(bcf_hdr_t *h)
   6 {
   7         khash_t(str2id) *hash;
   8         int i, ret;
   9         hash = kh_init(str2id);
  10         for (i = 0; i < h->n_ref; ++i) {
  11                 khint_t k;
  12                 k = kh_put(str2id, hash, h->ns[i], &ret); // FIXME: check ret
  13                 kh_val(hash, k) = i;
  14         }
  15         return hash;
  16 }
  17
  18 void bcf_str2id_destroy(void *_hash)
  19 {
  20         khash_t(str2id) *hash = (khash_t(str2id)*)_hash;
  21         if (hash) kh_destroy(str2id, hash); // Note that strings are not freed.
  22 }
  23
  24 int bcf_str2id(void *_hash, const char *str)
  25 {
  26         khash_t(str2id) *hash = (khash_t(str2id)*)_hash;
  27         khint_t k;
  28         if (!hash) return -1;
  29         k = kh_get(str2id, hash, str);
  30         return k == kh_end(hash)? -1 : kh_val(hash, k);
  31 }
  32