bcftools/bcf.h

   1 #ifndef BCF_H
   2 #define BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include <zlib.h>
   6 #include "bgzf.h"
   7
   8 typedef struct {
   9         int fmt, len; // len is the unit length
  10         void *data;
  11         // derived info: fmt, len
  12 } bcf_ginfo_t;
  13
  14 typedef struct {
  15         int32_t tid, pos;
  16         uint32_t qual:8, l_str:24;
  17         int m_str;
  18         char *str, *ref, *alt, *flt, *info, *fmt; // fmt, ref, alt and info point to str
  19         int n_gi, m_gi;
  20         bcf_ginfo_t *gi;
  21         int n_alleles;
  22         // derived info: ref, alt, flt, info, fmt, n_gi, n_alleles
  23 } bcf1_t;
  24
  25 typedef struct {
  26         int32_t n_ref, n_smpl;
  27         int32_t l_nm;
  28         int32_t l_smpl;
  29         int32_t l_txt;
  30         char *name, *sname, *txt;
  31         char **ns, **sns;
  32         // derived info: n_ref, n_smpl, ns, sns
  33 } bcf_hdr_t;
  34
  35 typedef struct {
  36         int is_vcf;
  37         void *v;
  38         BGZF *fp;
  39 } bcf_t;
  40
  41 struct __bcf_idx_t;
  42 typedef struct __bcf_idx_t bcf_idx_t;
  43
  44 #ifdef __cplusplus
  45 extern "C" {
  46 #endif
  47
  48         bcf_t *bcf_open(const char *fn, const char *mode);
  49         int bcf_close(bcf_t *b);
  50         int bcf_read(bcf_t *bp, const bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
  51         int bcf_sync(int n_smpl, bcf1_t *b);
  52         int bcf_write(bcf_t *bp, const bcf_hdr_t *h, const bcf1_t *b);
  53         bcf_hdr_t *bcf_hdr_read(bcf_t *b);
  54         int bcf_hdr_write(bcf_t *b, const bcf_hdr_t *h);
  55         int bcf_hdr_sync(bcf_hdr_t *b);
  56         void bcf_hdr_destroy(bcf_hdr_t *h);
  57         int bcf_destroy(bcf1_t *b);
  58         char *bcf_fmt(const bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
  59
  60         int vcf_close(bcf_t *bp);
  61
  62         void *bcf_build_refhash(bcf_hdr_t *h);
  63         void bcf_str2id_destroy(void *_hash);
  64         int bcf_str2id(void *_hash, const char *str);
  65
  66         int bcf_idx_build(const char *fn);
  67         uint64_t bcf_idx_query(const bcf_idx_t *idx, int tid, int beg, int end);
  68         int bcf_parse_region(void *str2id, const char *str, int *tid, int *begin, int *end);
  69         bcf_idx_t *bcf_idx_load(const char *fn);
  70         void bcf_idx_destroy(bcf_idx_t *idx);
  71
  72 #ifdef __cplusplus
  73 }
  74 #endif
  75
  76 #endif