bcftools/bcf.h

   1 #ifndef BCF_H
   2 #define BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include <zlib.h>
   6 #include "bgzf.h"
   7
   8 typedef struct {
   9         uint32_t fmt;
  10         int len; // len is the unit length
  11         void *data;
  12         // derived info: fmt, len
  13 } bcf_ginfo_t;
  14
  15 typedef struct {
  16         int32_t tid, pos;
  17         int32_t l_str, m_str;
  18         float qual;
  19         char *str, *ref, *alt, *flt, *info, *fmt; // fmt, ref, alt and info point to str
  20         int n_gi, m_gi;
  21         bcf_ginfo_t *gi;
  22         int n_alleles, n_smpl;
  23         // derived info: ref, alt, flt, info, fmt, n_gi, n_alleles
  24 } bcf1_t;
  25
  26 typedef struct {
  27         int32_t n_ref, n_smpl;
  28         int32_t l_nm;
  29         int32_t l_smpl;
  30         int32_t l_txt;
  31         char *name, *sname, *txt;
  32         char **ns, **sns;
  33         // derived info: n_ref, n_smpl, ns, sns
  34 } bcf_hdr_t;
  35
  36 typedef struct {
  37         int is_vcf;
  38         void *v;
  39         BGZF *fp;
  40 } bcf_t;
  41
  42 struct __bcf_idx_t;
  43 typedef struct __bcf_idx_t bcf_idx_t;
  44
  45 #ifdef __cplusplus
  46 extern "C" {
  47 #endif
  48
  49         bcf_t *bcf_open(const char *fn, const char *mode);
  50         int bcf_close(bcf_t *b);
  51         int bcf_read(bcf_t *bp, const bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
  52         int bcf_sync(bcf1_t *b);
  53         int bcf_write(bcf_t *bp, const bcf_hdr_t *h, const bcf1_t *b);
  54         bcf_hdr_t *bcf_hdr_read(bcf_t *b);
  55         int bcf_hdr_write(bcf_t *b, const bcf_hdr_t *h);
  56         int bcf_hdr_sync(bcf_hdr_t *b);
  57         void bcf_hdr_destroy(bcf_hdr_t *h);
  58         int bcf_destroy(bcf1_t *b);
  59         char *bcf_fmt(const bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
  60
  61         bcf_t *vcf_open(const char *fn, const char *mode);
  62         int vcf_close(bcf_t *bp);
  63         bcf_hdr_t *vcf_hdr_read(bcf_t *bp);
  64         int vcf_hdr_write(bcf_t *bp, const bcf_hdr_t *h);
  65         int vcf_write(bcf_t *bp, bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
  66         int vcf_read(bcf_t *bp, bcf_hdr_t *h, bcf1_t *b);
  67
  68         int bcf_shrink_alt(bcf1_t *b, int n);
  69         int bcf_gl2pl(bcf1_t *b);
  70
  71         void *bcf_build_refhash(bcf_hdr_t *h);
  72         void bcf_str2id_destroy(void *_hash);
  73         int bcf_str2id_add(void *_hash, const char *str);
  74         int bcf_str2id(void *_hash, const char *str);
  75         void *bcf_str2id_init();
  76
  77         int bcf_idx_build(const char *fn);
  78         uint64_t bcf_idx_query(const bcf_idx_t *idx, int tid, int beg);
  79         int bcf_parse_region(void *str2id, const char *str, int *tid, int *begin, int *end);
  80         bcf_idx_t *bcf_idx_load(const char *fn);
  81         void bcf_idx_destroy(bcf_idx_t *idx);
  82
  83 #ifdef __cplusplus
  84 }
  85 #endif
  86
  87 static inline uint32_t bcf_str2int(const char *str, int l)
  88 {
  89         int i;
  90         uint32_t x = 0;
  91         for (i = 0; i < l && i < 4; ++i) {
  92                 if (str[i] == 0) return x;
  93                 x = x<<8 | str[i];
  94         }
  95         return x;
  96 }
  97
  98 #endif