bcf.h

   1 #ifndef BCF_H
   2 #define BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "bgzf.h"
   6
   7 typedef struct {
   8         int fmt, len; // len is the unit length
   9         void *data;
  10         // derived info: fmt, len
  11 } bcf_ginfo_t;
  12
  13 typedef struct {
  14         int32_t tid, pos;
  15         uint32_t qual:8, l_str:24;
  16         int m_str;
  17         char *str, *ref, *alt, *flt, *info, *fmt; // fmt, ref, alt and info point to str
  18         int n_gi, m_gi;
  19         bcf_ginfo_t *gi;
  20         int n_alleles;
  21         // derived info: ref, alt, flt, info, fmt, n_gi, n_alleles
  22 } bcf1_t;
  23
  24 typedef struct {
  25         int32_t n_ref, n_smpl;
  26         int32_t l_nm;
  27         int32_t l_smpl;
  28         int32_t l_txt;
  29         char *name, *sname, *txt;
  30         char **ns, **sns;
  31         // derived info: n_ref, n_smpl, ns, sns
  32 } bcf_hdr_t;
  33
  34 typedef struct {
  35         BGZF *fp;
  36         bcf_hdr_t h;
  37 } bcf_t;
  38
  39 #ifdef __cplusplus
  40 extern "C" {
  41 #endif
  42
  43         bcf_t *bcf_open(const char *fn, const char *mode);
  44         int bcf_close(bcf_t *b);
  45         int bcf_read(bcf_t *bp, bcf1_t *b);
  46         int bcf_sync(int n_smpl, bcf1_t *b);
  47         int bcf_write(bcf_t *bp, const bcf1_t *b);
  48         int bcf_hdr_write(bcf_t *b);
  49         int bcf_hdr_sync(bcf_hdr_t *b);
  50         int bcf_destroy(bcf1_t *b);
  51         char *bcf_fmt(bcf_t *bp, bcf1_t *b);
  52
  53 #ifdef __cplusplus
  54 }
  55 #endif
  56
  57 #endif