bamtk.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <unistd.h>
   3 #include "bam.h"
   4
   5 #ifndef PACKAGE_VERSION
   6 #define PACKAGE_VERSION "0.1.2-26"
   7 #endif
   8
   9 int bam_taf2baf(int argc, char *argv[]);
  10 int bam_pileup(int argc, char *argv[]);
  11 int bam_merge(int argc, char *argv[]);
  12 int bam_index(int argc, char *argv[]);
  13 int bam_sort(int argc, char *argv[]);
  14 int bam_tview_main(int argc, char *argv[]);
  15 int bam_mating(int argc, char *argv[]);
  16 int bam_rmdup(int argc, char *argv[]);
  17 int bam_flagstat(int argc, char *argv[]);
  18
  19 int faidx_main(int argc, char *argv[]);
  20 int glf3_view_main(int argc, char *argv[]);
  21
  22 static int view_aux(const bam1_t *b, void *data)
  23 {
  24         bam_view1((bam_header_t*)data, b);
  25         return 0;
  26 }
  27 static int view_auxb(const bam1_t *b, void *data)
  28 {
  29         bam_write1((bamFile)data, b);
  30         return 0;
  31 }
  32
  33 int bam_view(int argc, char *argv[])
  34 {
  35         bamFile fp, fpout = 0;
  36         bam_header_t *header;
  37         bam1_t *b;
  38         int ret, c, is_bam = 0, is_header = 0, is_headeronly = 0;
  39         while ((c = getopt(argc, argv, "bhH")) >= 0) {
  40                 switch (c) {
  41                 case 'b': is_bam = 1; break;
  42                 case 'h': is_header = 1; break;
  43                 case 'H': is_headeronly = 1; break;
  44                 default: fprintf(stderr, "Unrecognized option: -%c\n", c); return 1;
  45                 }
  46         }
  47         if (argc == optind) {
  48                 fprintf(stderr, "Usage: samtools view [-bhH] <in.bam> [<region> [...]]\n");
  49                 return 1;
  50         }
  51         fp = strcmp(argv[optind], "-")? bam_open(argv[optind], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
  52         assert(fp);
  53         header = bam_header_read(fp);
  54         if (is_bam) {
  55                 assert(fpout = bam_dopen(fileno(stdout), "w"));
  56                 bam_header_write(fpout, header);
  57         }
  58         if (is_header || is_headeronly) {
  59                 int i, c;
  60                 c = header->text[header->l_text-1];
  61                 header->text[header->l_text-1] = 0;
  62                 printf("%s", header->text);
  63                 if (c) putchar(c);
  64                 header->text[header->l_text-1] = c;
  65                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i)
  66                         printf("@SQ\tSN:%s\tLN:%d\n", header->target_name[i], header->target_len[i]);
  67                 if (is_headeronly) {
  68                         bam_header_destroy(header);
  69                         bam_close(fp);
  70                         return 0;
  71                 }
  72         }
  73         if (optind + 1 == argc) {
  74                 b = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
  75                 while ((ret = bam_read1(fp, b)) >= 0) bam_view1(header, b);
  76                 if (ret < -1) fprintf(stderr, "[bam_view] truncated file? Continue anyway. (%d)\n", ret);
  77                 free(b->data); free(b);
  78         } else {
  79                 int i;
  80                 bam_index_t *idx;
  81                 idx = bam_index_load(argv[optind]);
  82                 for (i = optind + 1; i < argc; ++i) {
  83                         int tid, beg, end;
  84                         bam_parse_region(header, argv[i], &tid, &beg, &end);
  85                         if (tid < 0) return 0;
  86                         if (is_bam) bam_fetch(fp, idx, tid, beg, end, fpout, view_auxb);
  87                         else bam_fetch(fp, idx, tid, beg, end, header, view_aux);
  88                 }
  89                 bam_index_destroy(idx);
  90         }
  91         bam_header_destroy(header);
  92         bam_close(fp);
  93         if (is_bam) bam_close(fpout);
  94         return 0;
  95 }
  96
  97 static int usage()
  98 {
  99         fprintf(stderr, "\n");
 100         fprintf(stderr, "Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)\n");
 101         fprintf(stderr, "Version: %s\n\n", PACKAGE_VERSION);
 102         fprintf(stderr, "Usage:   samtools <command> [options]\n\n");
 103         fprintf(stderr, "Command: import      import from the text format\n");
 104         fprintf(stderr, "         view        export to the text format\n");
 105         fprintf(stderr, "         sort        sort alignment file\n");
 106         fprintf(stderr, "         merge       merge multiple sorted alignment files\n");
 107         fprintf(stderr, "         pileup      generate pileup output\n");
 108         fprintf(stderr, "         faidx       index/extract FASTA\n");
 109 #ifndef _NO_CURSES
 110         fprintf(stderr, "         tview       text alignment viewer\n");
 111 #endif
 112         fprintf(stderr, "         index       index alignment\n");
 113         fprintf(stderr, "         fixmate     fix mate information\n");
 114         fprintf(stderr, "         rmdup       remove PCR duplicates\n");
 115         fprintf(stderr, "         glfview     print GLFv2 file\n");
 116         fprintf(stderr, "         flagstat    simple stats\n");
 117         fprintf(stderr, "\n");
 118         return 1;
 119 }
 120
 121 int main(int argc, char *argv[])
 122 {
 123         if (argc < 2) return usage();
 124         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return bam_view(argc-1, argv+1);
 125         else if (strcmp(argv[1], "import") == 0) return bam_taf2baf(argc-1, argv+1);
 126         else if (strcmp(argv[1], "pileup") == 0) return bam_pileup(argc-1, argv+1);
 127         else if (strcmp(argv[1], "merge") == 0) return bam_merge(argc-1, argv+1);
 128         else if (strcmp(argv[1], "sort") == 0) return bam_sort(argc-1, argv+1);
 129         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bam_index(argc-1, argv+1);
 130         else if (strcmp(argv[1], "faidx") == 0) return faidx_main(argc-1, argv+1);
 131         else if (strcmp(argv[1], "fixmate") == 0) return bam_mating(argc-1, argv+1);
 132         else if (strcmp(argv[1], "rmdup") == 0) return bam_rmdup(argc-1, argv+1);
 133         else if (strcmp(argv[1], "glfview") == 0) return glf3_view_main(argc-1, argv+1);
 134         else if (strcmp(argv[1], "flagstat") == 0) return bam_flagstat(argc-1, argv+1);
 135 #ifndef _NO_CURSES
 136         else if (strcmp(argv[1], "tview") == 0) return bam_tview_main(argc-1, argv+1);
 137 #endif
 138         else {
 139                 fprintf(stderr, "[main] unrecognized command '%s'\n", argv[1]);
 140                 return 1;
 141         }
 142         return 0;
 143 }