bamtk.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <unistd.h>
   3 #include "bam.h"
   4
   5 #ifndef PACKAGE_VERSION
   6 #define PACKAGE_VERSION "0.1.3-8 (r251)"
   7 #endif
   8
   9 int bam_taf2baf(int argc, char *argv[]);
  10 int bam_pileup(int argc, char *argv[]);
  11 int bam_merge(int argc, char *argv[]);
  12 int bam_index(int argc, char *argv[]);
  13 int bam_sort(int argc, char *argv[]);
  14 int bam_tview_main(int argc, char *argv[]);
  15 int bam_mating(int argc, char *argv[]);
  16 int bam_rmdup(int argc, char *argv[]);
  17 int bam_flagstat(int argc, char *argv[]);
  18 int bam_fillmd(int argc, char *argv[]);
  19
  20 int faidx_main(int argc, char *argv[]);
  21 int glf3_view_main(int argc, char *argv[]);
  22
  23 static int view_aux(const bam1_t *b, void *data)
  24 {
  25         bam_view1((bam_header_t*)data, b);
  26         return 0;
  27 }
  28 static int view_auxb(const bam1_t *b, void *data)
  29 {
  30         bam_write1((bamFile)data, b);
  31         return 0;
  32 }
  33
  34 int bam_view(int argc, char *argv[])
  35 {
  36         bamFile fp, fpout = 0;
  37         bam_header_t *header;
  38         bam1_t *b;
  39         int ret, c, is_bam = 0, is_header = 0, is_headeronly = 0;
  40         while ((c = getopt(argc, argv, "bhH")) >= 0) {
  41                 switch (c) {
  42                 case 'b': is_bam = 1; break;
  43                 case 'h': is_header = 1; break;
  44                 case 'H': is_headeronly = 1; break;
  45                 default: fprintf(stderr, "Unrecognized option: -%c\n", c); return 1;
  46                 }
  47         }
  48         if (argc == optind) {
  49                 fprintf(stderr, "Usage: samtools view [-bhH] <in.bam> [<region> [...]]\n");
  50                 return 1;
  51         }
  52         fp = strcmp(argv[optind], "-")? bam_open(argv[optind], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
  53         assert(fp);
  54         header = bam_header_read(fp);
  55         if (header == 0) {
  56                 fprintf(stderr, "[bam_view] fail to read the BAM header. Abort!\n");
  57                 return 1;
  58         }
  59         if (is_bam) {
  60                 assert(fpout = bam_dopen(fileno(stdout), "w"));
  61                 bam_header_write(fpout, header);
  62         }
  63         if (is_header || is_headeronly) {
  64                 int i, c;
  65                 c = header->text[header->l_text-1];
  66                 header->text[header->l_text-1] = 0;
  67                 printf("%s", header->text);
  68                 if (c) putchar(c);
  69                 header->text[header->l_text-1] = c;
  70                 for (i = 0; i < header->n_targets; ++i)
  71                         printf("@SQ\tSN:%s\tLN:%d\n", header->target_name[i], header->target_len[i]);
  72                 if (is_headeronly) {
  73                         bam_header_destroy(header);
  74                         bam_close(fp);
  75                         return 0;
  76                 }
  77         }
  78         if (optind + 1 == argc) {
  79                 b = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
  80                 while ((ret = bam_read1(fp, b)) >= 0) bam_view1(header, b);
  81                 if (ret < -1) fprintf(stderr, "[bam_view] truncated file? Continue anyway. (%d)\n", ret);
  82                 free(b->data); free(b);
  83         } else {
  84                 int i;
  85                 bam_index_t *idx;
  86                 idx = bam_index_load(argv[optind]);
  87                 for (i = optind + 1; i < argc; ++i) {
  88                         int tid, beg, end;
  89                         bam_parse_region(header, argv[i], &tid, &beg, &end);
  90                         if (tid < 0) {
  91                                 fprintf(stderr, "[bam_view] fail to get the reference name. Abort!\n");
  92                                 return 1;
  93                         }
  94                         if (is_bam) bam_fetch(fp, idx, tid, beg, end, fpout, view_auxb);
  95                         else bam_fetch(fp, idx, tid, beg, end, header, view_aux);
  96                 }
  97                 bam_index_destroy(idx);
  98         }
  99         bam_header_destroy(header);
 100         bam_close(fp);
 101         if (is_bam) bam_close(fpout);
 102         return 0;
 103 }
 104
 105 int bam_tagview(int argc, char *argv[])
 106 {
 107         bamFile fp;
 108         bam_header_t *header;
 109         bam1_t *b;
 110         char tag[2];
 111         int ret;
 112         if (argc < 3) {
 113                 fprintf(stderr, "Usage: samtools tagview <in.bam> <tag>\n");
 114                 return 1;
 115         }
 116         fp = strcmp(argv[1], "-")? bam_open(argv[1], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
 117         assert(fp);
 118         header = bam_header_read(fp);
 119         if (header == 0) {
 120                 fprintf(stderr, "[bam_view] fail to read the BAM header. Abort!\n");
 121                 return 1;
 122         }
 123         tag[0] = argv[2][0]; tag[1] = argv[2][1];
 124         b = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
 125         while ((ret = bam_read1(fp, b)) >= 0) {
 126                 uint8_t *d = bam_aux_get(b, tag);
 127                 if (d) {
 128                         printf("%s\t%d\t", bam1_qname(b), b->core.flag);
 129                         if (d[0] == 'Z' || d[0] == 'H') printf("%s\n", bam_aux2Z(d));
 130                         else if (d[0] == 'f') printf("%f\n", bam_aux2f(d));
 131                         else if (d[0] == 'd') printf("%lf\n", bam_aux2d(d));
 132                         else if (d[0] == 'A') printf("%c\n", bam_aux2A(d));
 133                         else if (d[0] == 'c' || d[0] == 's' || d[0] == 'i') printf("%d\n", bam_aux2i(d));
 134                         else if (d[0] == 'C' || d[0] == 'S' || d[0] == 'I') printf("%u\n", bam_aux2i(d));
 135                         else printf("\n");
 136                 }
 137         }
 138         if (ret < -1) fprintf(stderr, "[bam_view] truncated file? Continue anyway. (%d)\n", ret);
 139         free(b->data); free(b);
 140         bam_header_destroy(header);
 141         bam_close(fp);
 142         return 0;
 143 }
 144
 145 static int usage()
 146 {
 147         fprintf(stderr, "\n");
 148         fprintf(stderr, "Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)\n");
 149         fprintf(stderr, "Version: %s\n\n", PACKAGE_VERSION);
 150         fprintf(stderr, "Usage:   samtools <command> [options]\n\n");
 151         fprintf(stderr, "Command: import      import from the text format\n");
 152         fprintf(stderr, "         view        export to the text format\n");
 153         fprintf(stderr, "         sort        sort alignment file\n");
 154         fprintf(stderr, "         merge       merge multiple sorted alignment files\n");
 155         fprintf(stderr, "         pileup      generate pileup output\n");
 156         fprintf(stderr, "         faidx       index/extract FASTA\n");
 157 #ifndef _NO_CURSES
 158         fprintf(stderr, "         tview       text alignment viewer\n");
 159 #endif
 160         fprintf(stderr, "         index       index alignment\n");
 161         fprintf(stderr, "         fixmate     fix mate information\n");
 162         fprintf(stderr, "         rmdup       remove PCR duplicates\n");
 163         fprintf(stderr, "         glfview     print GLFv3 file\n");
 164         fprintf(stderr, "         flagstat    simple stats\n");
 165         fprintf(stderr, "         fillmd      fill the MD tag and change identical base to =\n");
 166         fprintf(stderr, "\n");
 167         return 1;
 168 }
 169
 170 int main(int argc, char *argv[])
 171 {
 172         if (argc < 2) return usage();
 173         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return bam_view(argc-1, argv+1);
 174         else if (strcmp(argv[1], "import") == 0) return bam_taf2baf(argc-1, argv+1);
 175         else if (strcmp(argv[1], "pileup") == 0) return bam_pileup(argc-1, argv+1);
 176         else if (strcmp(argv[1], "merge") == 0) return bam_merge(argc-1, argv+1);
 177         else if (strcmp(argv[1], "sort") == 0) return bam_sort(argc-1, argv+1);
 178         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bam_index(argc-1, argv+1);
 179         else if (strcmp(argv[1], "faidx") == 0) return faidx_main(argc-1, argv+1);
 180         else if (strcmp(argv[1], "fixmate") == 0) return bam_mating(argc-1, argv+1);
 181         else if (strcmp(argv[1], "rmdup") == 0) return bam_rmdup(argc-1, argv+1);
 182         else if (strcmp(argv[1], "glfview") == 0) return glf3_view_main(argc-1, argv+1);
 183         else if (strcmp(argv[1], "flagstat") == 0) return bam_flagstat(argc-1, argv+1);
 184         else if (strcmp(argv[1], "tagview") == 0) return bam_tagview(argc-1, argv+1);
 185         else if (strcmp(argv[1], "fillmd") == 0) return bam_fillmd(argc-1, argv+1);
 186 #ifndef _NO_CURSES
 187         else if (strcmp(argv[1], "tview") == 0) return bam_tview_main(argc-1, argv+1);
 188 #endif
 189         else {
 190                 fprintf(stderr, "[main] unrecognized command '%s'\n", argv[1]);
 191                 return 1;
 192         }
 193         return 0;
 194 }