bamtk.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <unistd.h>
   3 #include "bam.h"
   4
   5 #ifndef PACKAGE_VERSION
   6 #define PACKAGE_VERSION "0.1.2-10"
   7 #endif
   8
   9 int bam_taf2baf(int argc, char *argv[]);
  10 int bam_pileup(int argc, char *argv[]);
  11 int bam_merge(int argc, char *argv[]);
  12 int bam_index(int argc, char *argv[]);
  13 int bam_sort(int argc, char *argv[]);
  14 int bam_tview_main(int argc, char *argv[]);
  15 int bam_mating(int argc, char *argv[]);
  16 int bam_rmdup(int argc, char *argv[]);
  17 int bam_flagstat(int argc, char *argv[]);
  18
  19 int faidx_main(int argc, char *argv[]);
  20 int glf_view_main(int argc, char *argv[]);
  21
  22 static int view_aux(const bam1_t *b, void *data)
  23 {
  24         bam_view1((bam_header_t*)data, b);
  25         return 0;
  26 }
  27 static int view_auxb(const bam1_t *b, void *data)
  28 {
  29         bam_write1((bamFile)data, b);
  30         return 0;
  31 }
  32
  33 int bam_view(int argc, char *argv[])
  34 {
  35         bamFile fp, fpout = 0;
  36         bam_header_t *header;
  37         bam1_t *b;
  38         int ret, c, is_bam = 0;
  39         while ((c = getopt(argc, argv, "b")) >= 0) {
  40                 switch (c) {
  41                 case 'b': is_bam = 1; break;
  42                 default: fprintf(stderr, "Unrecognized option: -%c\n", c); return 1;
  43                 }
  44         }
  45         if (argc == optind) {
  46                 fprintf(stderr, "Usage: samtools view [-b] <in.bam> [<region> [...]]\n");
  47                 return 1;
  48         }
  49         fp = strcmp(argv[optind], "-")? bam_open(argv[optind], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
  50         assert(fp);
  51         header = bam_header_read(fp);
  52         if (is_bam) {
  53                 assert(fpout = bam_dopen(fileno(stdout), "w"));
  54                 bam_header_write(fpout, header);
  55         }
  56         if (optind + 1 == argc) {
  57                 b = (bam1_t*)calloc(1, sizeof(bam1_t));
  58                 while ((ret = bam_read1(fp, b)) >= 0) bam_view1(header, b);
  59                 if (ret < -1) fprintf(stderr, "[bam_view] truncated file? Continue anyway. (%d)\n", ret);
  60                 free(b->data); free(b);
  61         } else {
  62                 int i;
  63                 bam_index_t *idx;
  64                 idx = bam_index_load(argv[optind]);
  65                 for (i = optind + 1; i < argc; ++i) {
  66                         int tid, beg, end;
  67                         bam_parse_region(header, argv[i], &tid, &beg, &end);
  68                         if (tid < 0) return 0;
  69                         if (is_bam) bam_fetch(fp, idx, tid, beg, end, fpout, view_auxb);
  70                         else bam_fetch(fp, idx, tid, beg, end, header, view_aux);
  71                 }
  72                 bam_index_destroy(idx);
  73         }
  74         bam_header_destroy(header);
  75         bam_close(fp);
  76         if (is_bam) bam_close(fpout);
  77         return 0;
  78 }
  79
  80 static int usage()
  81 {
  82         fprintf(stderr, "\n");
  83         fprintf(stderr, "Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)\n");
  84         fprintf(stderr, "Version: %s\n\n", PACKAGE_VERSION);
  85         fprintf(stderr, "Usage:   samtools <command> [options]\n\n");
  86         fprintf(stderr, "Command: import      import from the text format\n");
  87         fprintf(stderr, "         view        export to the text format\n");
  88         fprintf(stderr, "         sort        sort alignment file\n");
  89         fprintf(stderr, "         merge       merge multiple sorted alignment files\n");
  90         fprintf(stderr, "         pileup      generate pileup output\n");
  91         fprintf(stderr, "         faidx       index/extract FASTA\n");
  92 #ifndef _NO_CURSES
  93         fprintf(stderr, "         tview       text alignment viewer\n");
  94 #endif
  95         fprintf(stderr, "         index       index alignment\n");
  96         fprintf(stderr, "         fixmate     fix mate information\n");
  97         fprintf(stderr, "         rmdup       remove PCR duplicates\n");
  98         fprintf(stderr, "         glfview     print GLFv2 file\n");
  99         fprintf(stderr, "         flagstat    simple stats\n");
 100         fprintf(stderr, "\n");
 101         return 1;
 102 }
 103
 104 int main(int argc, char *argv[])
 105 {
 106         if (argc < 2) return usage();
 107         if (strcmp(argv[1], "view") == 0) return bam_view(argc-1, argv+1);
 108         else if (strcmp(argv[1], "import") == 0) return bam_taf2baf(argc-1, argv+1);
 109         else if (strcmp(argv[1], "pileup") == 0) return bam_pileup(argc-1, argv+1);
 110         else if (strcmp(argv[1], "merge") == 0) return bam_merge(argc-1, argv+1);
 111         else if (strcmp(argv[1], "sort") == 0) return bam_sort(argc-1, argv+1);
 112         else if (strcmp(argv[1], "index") == 0) return bam_index(argc-1, argv+1);
 113         else if (strcmp(argv[1], "faidx") == 0) return faidx_main(argc-1, argv+1);
 114         else if (strcmp(argv[1], "fixmate") == 0) return bam_mating(argc-1, argv+1);
 115         else if (strcmp(argv[1], "rmdup") == 0) return bam_rmdup(argc-1, argv+1);
 116         else if (strcmp(argv[1], "glfview") == 0) return glf_view_main(argc-1, argv+1);
 117         else if (strcmp(argv[1], "flagstat") == 0) return bam_flagstat(argc-1, argv+1);
 118 #ifndef _NO_CURSES
 119         else if (strcmp(argv[1], "tview") == 0) return bam_tview_main(argc-1, argv+1);
 120 #endif
 121         else {
 122                 fprintf(stderr, "[main] unrecognized command '%s'\n", argv[1]);
 123                 return 1;
 124         }
 125         return 0;
 126 }